科研产出
苏博美利奴羊毛囊发育不同时期ncRNA调控网络的构建
《中国畜牧杂志 》 2022 北大核心
摘要：为探索苏博美利奴羊毛囊发育相关ncRNA分子调控网络,本研究通过挖掘苏博美利奴羊皮肤组织样本不同时期转录组数据,利用生物信息学方法构建lncRNA-miRNA-mRNA分子调控网络.结果表明:不同时期mRNA与lncRNA及miRNA具有复杂的网络连接.通过GO富集分析发现靶基因主要参与细胞增殖调控、凋亡过程及毛囊形态发生等生物学过程;参与细胞外空间、细胞外泌体、转录因子复合体、质膜的整体成分等细胞组分;参与转录因子活性、结构分子活性、细胞外基质结构组成等分子功能.通过KEGG通路分析发现差异的靶基因主要参与TGF-beta信号通路、癌症途径、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、细胞因子与细胞因子受体的相互作用等多种途径.筛选寻找调控网络中的关键基因,发现G2 vs.G1组中miR-133、miR-433-5p的靶基因TGFβ2和NOTCH1参与毛囊形态发生(GO:0031069)的生物学过程,因此TGFβ2和NOTCH1为毛囊发育的关键基因.通过构建苏博美利奴羊毛囊发育相关ncRNA分子调控网络,解析毛囊发生发育的分子调控机制,从转录组学层面对毛囊生长发育进行探讨,能够对苏博美利奴羊毛囊发育的分子作用机制进行系统性挖掘.
关键词： miRNA lncRNA mRNA 毛囊发育 调控网络 苏博美利奴羊
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不同绒细度的西藏绒山羊皮肤组织miRNA分析与鉴定
《农业生物技术学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：微小核糖核酸（microRNA, miRNA）作为重要的基因调控元件,在多种哺乳动物皮肤及毛囊中均有表达,并在转录后水平调节皮肤和毛发的生长和发育过程。本研究旨在对西藏绒山羊（Capra hircus）皮肤组织miRNA进行分析与鉴定,探讨miRNA在绒毛纤维直径性状中可能发挥的作用及调控机制。分别选取细绒（平均纤维直径（12.04±0.03）μm）和粗绒（平均纤维直径（14.88±0.05）μm）的西藏绒山羊各4只,对肩胛部皮肤组织提取RNA建立文库进行高通量测序。对原始序列进行过滤,并与参考基因组（ARS1）比对;根据miRBase中已知miRNA和参考基因组中其他非编码RNA （non coding RNA, ncRNA）的位置信息,对miRNA和其他小RNA进行鉴定,筛选出不同绒毛细度的西藏绒山羊皮肤组织差异表达miRNA,并进行靶基因预测及功能分析;进一步利用qPCR验证5个miRNAs与测序结果的一致性。结果表明,每个样本至少获得20.09 M条原始读长,过滤后至少得到19.46 M条有效读长（clean reads）,共鉴定出426个已知miRNAs和119个新miRNAs;筛选获得12个差异表达miRNAs,其中5个miRNAs在细绒型西藏绒山羊皮肤组织中显著上调表达,7个miRNAs显著下调表达;差异表达miRNAs共预测到621个靶基因,KEGG分析显示靶基因富集到B细胞受体信号通路、FcεRI信号通路、T细胞受体信号通路等生物学通路中;同时,选取的5个miRNAs的qPCR验证结果与测序分析的表达趋势一致。本研究结果提示,西藏绒山羊的绒细度可能受不同miRNAs调控,这些miRNAs进一步影响靶基因的表达并参与调控不同的信号通路。本研究为深入揭示调控山羊绒细度的miRNAs和相关信号通路提供参考依据。
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玉米粗缩病抗性相关miRNA的筛选
《山东农业科学 》 2020
摘要：水稻黑条矮缩病毒(Rice black streaked dwarfvirus,RBSDV)引起的玉米粗缩病是我国玉米生产中的一类重要病害,严重威胁我国玉米生产.MicroRNA(miRNA)是一类内源的小分子非编码RNA,作为真核生物基因表达中的一类调控因子,在抵御病毒入侵方面起着非常重要的作用.本研究通过对不同抗性玉米品种人工接种RBSDV,构建茎秆及叶片miRNA文库共8个.利用高通量测序,共获得150个已知miRNA前体序列和474个新miRNA序列.miRNA差异表达分析表明,两品种间叶片组织中表达趋势相反的miRNA有17个,茎秆组织中表达趋势相反的miRNA有10个.对差异表达的miRNA进行靶基因预测,共得到1870个靶标基因,通过KEGG和GO富集分析,得出差异表达miRNA的表达模式.本试验为玉米抗粗缩病分子机理研究奠定了基础.
关键词： 玉米粗缩病 水稻黑条矮缩病毒 miRNA 高通量测序
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葡萄幼叶环状RNA(CircRNA)的鉴定与分析
《中外葡萄与葡萄酒 》 2018
摘要：本研究以‘赤霞珠’葡萄幼叶为试材,构建环状RNA测序文库并鉴定了1172个环状RNA。结果表明,这些环状RNA的来源基因涉及多种功能,包括抗逆、抗病、发育等,并且这些环状RNA中有74个可以结合73种葡萄miRNA,而大部分不能结合miRNA。这73种可以结合环状RNA的葡萄miRNA共靶向710个靶基因。很多涉及的miRNA都对应了个10以上靶基因。比较了靶基因和环状RNA来源基因,发现有很多功能类似,但是也有很多不同的功能。GO分析显示二者最富集的条目都是细胞、细胞部分、细胞器、催化活性及绑定。但是二者被注释的条目种类差别很大。说明葡萄环状RNA来源于不同种类的基因,且可能调控多种基因。
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花生根部耐盐相关miRNAs的鉴定与功能分析
《花生学报 》 2016 北大核心
摘要：miRNAs作为一种基因表达调控子在植物应答胁迫的过程中起着重要的作用,当花生受到盐胁迫时,也会有相应的miRNAs参与基因表达调控应答胁迫。本研究对200份花生品种进行萌发期耐盐性鉴定,获得了高耐盐花生品种3份,中耐盐花生品种5份,盐高敏感品种4份。并对不同耐盐性花生品种在盐胁迫处理条件下进行了抗氧化酶活性(SOD,POD,CAT)和MDA含量的测定。结果表明,耐盐性花生品种清除活性氧的能力大于盐敏感型。盐胁迫条件下,耐盐性花生植株MDA含量较少,受到的伤害相对较小,而盐敏感植株的受伤害程度最大,也证明了耐盐性花生品种在受到盐胁迫伤害时植物体内存在更强大的保护作用。通过小RNA测序及对靶基因序列进行功能分析和同源序列功能检索,获得了8条花生耐盐相关保守miRNAs序列,miR159-1,miR159-2,miR159-3,miR164-2,miR167-3,miR319-1,miR319-2,miR2111-1。荧光定量PCR测定结果表明,这些花生保守miRNAs受盐胁迫诱导,并调控其靶基因的应答反应。
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小麦miRNA研究进展
《山东农业科学 》 2016
摘要：microRNA(miRNA)是真核生物体内普遍存在的一类具有重要调控功能的非编码小分子RNA(sRNA)。研究表明,miRNA参与基因转录后调控,在植物的生长、发育和逆境胁迫应答等生物学过程中发挥着重要调节作用。截至目前,对植物miRNA的研究已经取得了较大进展,但小麦miRNA研究才刚具雏形。通过生物信息学预测和sRNA高通量测序手段,已得到部分小麦miRNA。小麦miRNA的功能研究方法也有了初步结果。本文就小麦miRNA的识别、时空表达特性、抗逆相关特性及其功能研究方法进行总结分析,为今后小麦miRNA的研究提供参考。
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4条小麦保守MicroRNAs的表达谱分析及其靶基因预测
《麦类作物学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：为鉴定与小麦发育相关的MicroRNA(miRNA)及了解其调控作用,在前期构建小麦5叶期幼苗、抽穗期旗叶及花后5、10和20 d籽粒的小RNA库并进行高通量测序的基础上,从小麦样品间有差异表达的miRNAs中选取4条丰度较高且差异表达明显的保守miRNAs序列(miR168、miR167、miR396和miR159),进行表达模式的半定量和实时定量RT-PCR验证及靶基因的预测分析。结果表明,4条miRNAs的表达量在旗叶中最高,在幼苗中次之,在正在发育的籽粒中较低,与测序数据大致相符。预测得到的靶基因都是可能参与小麦生长发育的基因。
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中国荷斯坦牛HSF1基因microRNA SNPs与耐热性能的相关性研究
《中国农业科学 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析638头中国荷斯坦牛HSF1基因多态性与耐热性的关系,以期为中国耐热奶牛分子育种提供参考依据。【方法】设计引物扩增HSF1基因,通过DNA测序、PCR-SSCP和PCR-RFLP技术筛查SNPs并分型,利用miRBASE数据库定位microRNA SNPs,利用SHEsis软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型构建,利用SAS软件对不同基因型和单倍型组合个体耐热指标包括红细胞钾浓度、产奶量下降率、直肠温度和耐热系数进行相关分析。应用荧光定量RT-PCR技术研究热应激状态下HSF1 mRNA的转录水平。【结果】发现2个microRNA种子序列新SNPs,T909C和G4693T。其中909位碱基距离microRNA种子序列5'端3 bp,4 693位突变直接使microRNA种子序列破坏。909位点CC、CT基因型奶牛耐热性能显著高于TT基因型(P<0.05);4693位点TT基因型奶牛耐热性能显著高于GG基因型(P<0.05)。共构建出4种单倍型、发现10种单倍型组合。其中H2H4单倍型组合红细胞钾浓度和直肠温度显著低于H1H3单倍型组合(P<0.05),耐热系数显著高于H1H3组合(P<0.05),H2H4组合个体产奶量下降率显著低于H1H1组合个体(P<0.05),H2H4为耐热单倍型组合。热应激状态下HSF1 mRNA的转录水平在不同组织中存在差异,在心脏中最高,是肌肉中的11.24倍(P<0.05)。【结论】HSF1基因microRNA SNPs可作为奶牛抗热应激的候选分子标记应用于育种实践。
关键词： 中国荷斯坦牛 HSF1 耐热性能 microRNA 多态性
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奶牛OLR1 3'UTR A223C多态的生物学信息分析
《安徽农业科学 》 2011 北大核心
摘要：[目的]探索氧化型低密度脂蛋白受体OLR1 3'UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制。[方法]用miRanda(1.0)软件装载牛microRNA数据库,预测OLR1 3'UTR潜在的microRNA。[结果]共预测16个microRNA靶标,OLR1 3'UTR A223C突变定位于bta-miR-370靶标种子序列的互补区。[结论]由于OLR1 3'UTR A→C突变导致bta-miR-370靶标的消失,为OLR1 3'UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制深入研究提供依据。
关键词： OLR1 3'UTR mir-370 生物信息 microRNA
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鸡microRNA基因“seed”区4个SNPs的群体遗传分布
《天津农业科学 》 2011
摘要：采用CRS-RFLP技术研究了rs14076349、rs16681032、rs14934924和rs16681031共4个SNPs位点在蛋肉兼用型、蛋用型和药用观赏型3种经济类型的6个鸡群的遗传多样性。结果表明:rs16681032在所有鸡群中未检测到变异,rs16681031、rs14934924和rs14076349位点具有较高的次等位基因频率,分别为0.4553、0.1173和0.3296。兼用型鸡与药用观赏型鸡在rs16681031位点的基因频率分布差异显著(P<0.05);兼用型鸡与蛋用型鸡在rs14934924位点的基因频率分布差异极显著(P<0.01);rs14076349位点在所有经济类群间的基因频率分布差异极显著(P<0.01)。根据基因频率信息进行聚类分析,大致可将6个鸡群分为3类,聚类结果反映出不同鸡种microRNAs调控通路的差异。研究结果表明,鸡种系特异性microRNA基因可能受到正选择的影响而存在加速进化现象,其"seed"区SNPs位点在不同鸡种的经济表型的形成中可能发挥着重要作用。
关键词： 鸡 MicroRNA seed 单核苷酸多态 遗传变异
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