科研产出
我国鸡传染性支气管炎病毒的遗传变异和进化分析
《家禽科学 》 2021
摘要：本研究测定了2020年以来本实验室从不同地区分离的44个IBV毒株的S1基因序列,并与参考株序列进行比较分析。结果发现分离的44个IBV毒株共占据5个分支。其中:第一分支为QX型,包括25个分离株,QX型分离株又分为ClusterⅠ亚分支（7个）和ClusterⅡ亚分支（18个）;第二分支为4/91型,包括12个分离株;第三分支为LDT3型,包括3个分离株;第四分支为Mass型,包括2个分离株;第五分支为TW型,包括2个分离株。从毒株遗传进化分析结果可以看出,QX型仍是我国IBV流行的主要基因型。
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鸡传染性支气管炎病毒山东分离株S1的测序分析及致病性
《中国兽医学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：从山东某地疑似患肾型鸡传染性支气管炎(IB)的病死鸡的肝、肺、肾脏中分离到1株病毒,经过SPF鸡胚传代接种、血凝试验、鸡胚矮化试验、RT-PCR鉴定及测序分析、动物回归试验,确定为鸡传染性支气管炎病毒,并命名为SD/04/18株.结果显示,经3%胰蛋白酶处理后,病毒分离株有血凝性,未经处理病毒分离株不具有血凝性;鸡胚矮化试验发现该毒株明显抑制胚胎发育;进化树比对发现,该毒株与我国主要流行的QX株同源性最高,S1基因序列相似性为96.4%,氨基酸序列相似性为95.3%.分离株用SPF鸡胚连续传3代后接种8日龄SPF雏鸡,复制出了与自然病例相同的临床症状,肺、脾、肾、气管等器官出现典型病理变化.免疫组织化学法检测在气管环纤毛、肾小管上皮细胞间隙等部位可见抗原聚集.对被感染试验鸡的口腔、泄殖腔排毒进行跟踪检测,直到试验结束,被感染鸡仍有很高的病毒检出率.结果表明,最终确定该毒株为肾型鸡传染性支气管炎病毒.
关键词： 鸡传染性支气管炎病毒 分离 鉴定 S1基因 病理变化 免疫组化
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山东地区猪流行性腹泻病毒遗传变异分析及其单克隆抗体的制备
《中国兽医学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：为了分析猪流行腹泻病毒(PEDV)在山东地区的流行和遗传变异情况,对2013—2015年收集的临床腹泻样品,参照GenBank中已经发表的PEDV毒株的N基因序列,设计1对特异性引物,利用RT-PCR技术检测PEDV抗原,并对其中的16份阳性样品进行病毒分离与S1基因测序分析。将含有PEDV流行株S1基因其中1个抗原表位(83~276aa)的重组蛋白免疫BALB/c小鼠,通过杂交瘤细胞融合技术,筛选获得2株针对PEDV S蛋白抗原表位的杂交瘤细胞,其中1株(1E5)可以区分PEDV经典毒株和流行毒株。临床检测结果表明:PEDV临床检出率由2013年的57.8%提高到2015年的75.68%,PEDV在山东地区的发病季节除春冬季节,近年夏季也呈高发趋势,且各地区均有不同程度的感染。PEDV S1基因序列分析结果表明:分离到的16株PEDV毒株间的S1基因的核苷酸序列同源性为91%~99.8%,氨基酸序列同源性为87.8%~99.7%;山东分离毒株与15个国内外参考毒株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为90.5%~100%和88.4%~99.9%。对S基因分子流行病学分析发现,7个国外参考毒株、8个国内参考毒株与本次分离到的16个PEDV毒株被分为2个不同的进化分支G1和G2。在2013-2015年分离到的16株毒株中,有3株位于G1中,且距离CV777经典毒株较近;剩余的13株位于G2中,G2则以近年流行毒株为主,而山东分离株主要在G2分支中,这也解释了现有CV777疫苗毒株在山东地区的免疫保护力不佳的原因。本研究结果不仅从分子流行病学角度分析了山东地区PEDV的流行和变异情况,为指导该地区PEDV疫病防制提供了新的参考,并且制备了能够区分PEDV经典毒株和流行毒株的S蛋白单克隆抗体,为本病的实验室鉴别诊断提供了有效的检测工具和重要的理论基础。
关键词： 猪流行腹泻病毒 S1基因 遗传变异 单克隆抗体 鉴别诊断
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传染性支气管炎病毒S1和N基因遗传变异频率的分析
《畜牧兽医学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：旨在探讨中国北方地区传染性支气管炎病毒(IBV)的流行和分子变异,进而探讨IBV的遗传演变规律。利用生物信息学方法对IBV纤突蛋白(S1)和核蛋白(N)编码基因进行分析比较。结果显示:2012—2013年发生在山东、天津等北方地区的IBV流行株高度同源,其S1基因核苷酸(氨基酸)相似性为94.0%~100%(93.1%~100%),N基因为98.4%~99.1%(98.1%~99.8%),而与经典疫苗株H120相似性均较低,且至少在S1基因的3个高变区产生了较多的点突变、缺失和插入,且变异集中在第53—150和250—290位,以高变区HVR I居多,GM/13在62—65位缺失4个氨基酸。进一步的分析表明:IBV流行株S1基因与1998年在我国北方流行的A2株核苷酸相似性最高,为94.9%~97.2%,年核苷酸(nt)变异频率平均为2.4nt×10-3;而N基因则与LX4株相似性最高,为93.0%~93.5%,年变异频率平均为5.1nt×10-3。IBV流行株可能是A2-like和LX4-like毒株的重组,且N基因的变异频率明显高于S1基因。
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2006年至2010年山东省鸡传染性支气管炎病毒分子变异的研究
《中国预防兽医学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：为研究山东省鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的遗传变异规律,本研究2006年～2010年从山东省发病的商品鸡中分离鉴定了17株IBV,并对其S1基因、N基因和M基因分别进行RT-PCR扩增、测序及遗传进化分析。序列分析结果表明:与疫苗株H120相比,17个分离株S1蛋白的变异程度较大,存在广泛的基因突变和氨基酸替代,多数病毒株还存在氨基酸的插入;N蛋白无碱基的缺失和插入,仅存在核苷酸的突变和氨基酸的替代;M蛋白除病毒株CK/CH/SD09/005插入3个碱基外,其它16个分离株仅存在少数的碱基突变和氨基酸替代。S1基因、N基因和M基因的系统进化分析结果表明多数分离株的3个基因在进化上相对平行,与国内分离株LX4同属一个进化分支,同源性较高;分离株SDYT0605的3个基因与疫苗株H120同源性较高,可能是免疫压力下变异的疫苗株;分离株SDTA06111、SDWF0608和CK/CH/SD09/005的S1基因、N基因和M基因分属于不同的进化分支,可能发生了基因重组。本研究结果显示基因突变、插入和不同基因之间的重组是免疫压力下IBV变异的主要方式。
关键词： 鸡传染性支气管炎 S1基因 N基因 M基因 系统进化分析
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鸡传染性支气管炎病毒S1,M和N基因遗传变异相关性
《浙江农业学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：对山东省1992—2005年分离的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)毒株的纤突蛋白(S1)、膜蛋白(M)和核衣壳蛋白(N)分别进行克隆测序,结合在GenBank中发表的其他具有S1,N和M基因的IBV参考序列,利用DNAStar软件和统计学软件SPSS8.0,对不同毒株的S1,N和M基因分别进行遗传变异和同源性相关分析。结果表明:不同毒株间S1基因与M基因核苷酸遗传变异的相关系数为0.483,S1基因与N基因核苷酸遗传变异的相关系数为0.570,M基因与N基因核苷酸遗传变异的相关系数为0.620,说明S1,M和N基因三者之间的遗传变异既有同步性又有独立性。通过S1,N基因推导的氨基酸系统进化树表明,9株山东野毒株具有较近的亲缘关系,变异方向一致,且与疫苗株的亲缘关系较远,但从M基因推导的氨基酸系统进化树分析,只有3株山东野毒株与部分疫苗株有一定的亲缘关系。由此表明,IBV存在基因重组现象。
关键词： 鸡传染性支气管炎病毒 S1基因 N基因 M基因 同源性 遗传变异 相关性
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鸡传染性支气管炎病毒S1基因在毕赤酵母中的表达及其免疫学原性分析
《浙江农业学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：根据对山东IBV流行株的遗传变异分析,选取流行代表株LC2,扩增其S1基因,将其S1基因克隆到pPIC9K载体中,构建了真核表达质粒pPIC9K-S1,经SacⅠ线性化后,通过电转化到毕赤酵母GS115中,经MD/MM及G418筛选,PCR鉴定,获得多拷贝阳性重组菌pPIC9K-S1-GS115。将重组菌在0.5%甲醇中进行诱导分泌表达,对表达产物进行SDS-PAGE,Western blot分析。结果显示,在酵母培养基上清中检测到分子量为90 ku为目的蛋白,与鸡IBV阳性血清发生特异性反应。将表达上清及其重组菌菌体饲喂SPF鸡,40 d后采血,可检测到IBV保护性抗体。结果表明:表达的IBV的S1蛋白具有很好的免疫原性,为ELISA诊断试剂盒的研制及IBV疫苗的研制奠定基础。
关键词： 鸡传染性支气管炎病毒 S1基因 毕赤酵母 表达 免疫原性
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鸡传染性支气管炎病毒山东株的遗传变异分析
《山地农业生物学报 》 2009
摘要：采用RT-PCR方法对1株传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitis Virus,IBV)Chicken-SD-E-04的S1和N基因进行扩增、克隆测序。通过序列分析发现:该分离株的N基因相对较为保守,与参考毒株的氨基酸同源性在87.1%~91.2%;从N基因的遗传关系树上分析显示Chicken-SD-E-04与其他多数分离株间及疫苗株的遗传距离较远。而就S1基因而言,分离株与参考毒株的氨基酸同源性在73.2%~80.1%;从S1基因的遗传关系树上分析发现Chicken-SD-E-04与疫苗株的遗传距离较远,且处于不同的分支上。其结果说明这株山东分离株具有明显的地域性;而且也从分子水平上证实了目前山东流行毒株与传统疫苗株的遗传距离较远。
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2006-2008年山东鸡传染性支气管炎病毒分离株S1与N基因的分子特征
《畜牧兽医学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为了调查2006-2008年山东省鸡传染性支气管炎的分子流行病学特征,应用RT-PCR方法分别扩增了14株传染性支气管炎病毒地方毒株S1基因和N基因,并进行了基因克隆与测序工作。对此14株病毒的S1基因序列利用限制性内切酶HaeⅢ进行了限制性片段长度多态性(RFLP)分析,结果显示可以将IBV毒株分为3种不同的基因型。其中11个毒株与LX4毒株有相同的RFLP分型,2株病毒属于Mass基因型,1个毒株有特异的RFLP分型。并将这些分离毒株与11个参考毒株分别进行了基因与氨基酸系统进化树关系分析。S1基因分析结果显示将这些毒株分成3个基因型,与RFLP分析的分型结果一致。11株病毒同属于LX4类型的毒株,分离毒株核苷酸序列相互之间有95.4%~99.7%的同源性。基因Ⅱ型与疫苗株H120和M41的同源性很高。属于基因Ⅲ型的1个毒株形成了独特的基因型。N基因分析结果表明:12株病毒与LX4属于同一基因型,有着较高的同源性。另2株病毒与疫苗株H120同源性很高。以上分析结果表明:山东省IBV分离株存在较为广泛的基因突变、插入和缺失,同时,IBV毒株间的基因重组也可能是山东省IBV变异株产生的另一主要原因。
关键词： 传染性支气管炎病毒 S1基因 N基因 RFLP分析 基因型
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鸡传染性支气管炎病毒S1和N基因遗传变异的相关性
《中国兽医学报 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：对国内1992—2005年分离的IBV毒株的纤突蛋白(S1)和核衣壳蛋白(N)基因分别进行克隆测序,结合在GenBank中发表的IBV S1和N基因的序列,对其不同毒株的S1或N基因片段和全长、S1和N基因全长分别进行遗传变异的研究,利用统计学软件SPSS11.5进行同源性相关分析。结果表明:不同IBV毒株N或S1基因片段与其全长之间遗传变异高度相关,核苷酸r≥0.892,氨基酸0.854≤r≤0.968;但S1与N基因全长之间核苷酸的遗传变异相关性相对较低一些,而且有些毒株间S1基因同源性很低(r=0.645),但N基因同源性仍很高,显示每个基因变异的独立性。国内IBV疫苗株之间S1和N基因核苷酸高度同源(S1≥97.3%;N≥90.7%),而野毒株与疫苗株相比S1和N基因同源性均较低(S1≤84.3%;N≤87.1%),这也可能与常规疫苗对IBV野毒株不能有效保护有关。
关键词： 鸡传染性支气管炎病毒 S1基因 N基因 同源性 遗传变异
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