科研产出
2种果蝇(Drosophila melanogaster与D.sechellia)线粒体及NADH dehydrogenase subunit基因的密码子偏好性分析
《安徽农业科学 》 2018
摘要：[目的]分析2种果蝇(Drosophila melanogaster与D.sechellia)线粒体基因组及NADH dehydrogenase subunit基因的密码子偏好性。[方法]利用Codon W1.4计算密码子偏好性参数的相关参数。[结果]2种果蝇线粒体中蛋白编码基因的AT含量比GC含量更高。D.sechellia的线粒体基因组的密码子偏好性比黑腹果蝇D.melanogastera的线粒体基因组的密码子偏好性略强。2种果蝇线粒体基因组中各蛋白编码基因CDs中,RSCU值大于1的密码子都是以A或U结尾,而并不以C或G结尾。2种果蝇线粒体基因组及NADH dehydrogenase subunit基因簇基因的密码子偏好性都可能受到突变压力影响。D.melanogaster线粒体基因组中不存在密码子CGC。NADH dehydrogenase subunit 3基因的密码子偏好性可能比其他NADH dehydrogenase subunit基因更高。此外,尽管大部分NADH dehydrogenase subunit基因偏爱使用A或U结尾的密码子,但是在NADH dehydrogenase subunit 6基因中,有2个AU结尾的密码子(AGA、GCA)的RSCU也为0。[结论]该研究结果为2种果蝇线粒体的进化研究提供了新观点。
关键词： 果蝇 葡萄 线粒体 密码子偏好性 NADH dehydrogenase subunit RSCU
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萝卜叶绿体及线粒体基因组测序与组装
《分子植物育种 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为从分子水平上探讨萝卜雄性不育机理及育性恢复关系,本研究对4个萝卜雄性不育系及1个雄性不育保持系材料进行了线粒体及叶绿体的基因组测序、组装。测序采用PE90策略,获得Cleandata 1.2 G。通过数据过滤、计算测序深度及Kmer频度分析,确定了组装的mer值及覆盖度参数。我们先用Cleandata组装叶绿体基因组,再用过滤的数据组装线粒体基因组,最后利用Sanger测序填补Gap得到各基因组全长。结果表明参试样品萝卜叶绿体基因组长度在153 352~153 445 bp之间,线粒体基因组长度在239 696~258 853 bp之间,均包括1个LSC,1个SSC及1对反向重复序列。基因注释结果表明叶绿体基因组编码了87个蛋白基因、20个t RNA基因及4个r RNA基因,线粒体基因组则编码了82个蛋白基因,17个t RNA基因及3个r RNA基因。
关键词： 萝卜 线粒体 叶绿体 基因组 测序与组装 Kmer分析
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山东省猪种mtDNA CytB基因遗传多样性及系统进化研究
《中国农业科学 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：【目的】利用mtDNA CytB基因为标记,从分子水平探讨12个猪种166个样本(8个山东省猪种,3个引进猪种和梅山猪种)的遗传多样性和各猪种间的亲缘关系,为山东省猪种合理利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对各猪种样本mtDNA CytB基因进行PCR扩增和测序,采用现代生物信息学方法进行数据处理分析。【结果】山东8个猪种种内遗传变异和种间遗传距离均较小,有共享单倍型。山东各猪种和梅山猪与大约克的遗传距离也较小,但与引进猪种杜洛克和长白的遗传距离较大。利用分子系统进化树和CytB基因4个SNP位点的分类方法将上述样本分为2个独立的支系,第一支以中国猪种为主,将除鲁烟白猪的一种单倍型在内的所有山东猪种、梅山猪和大约克的两种单倍型聚为一类,第二支以引进猪种为主,将长白、杜洛克、大约克的一种单倍型和鲁烟白猪的一种单倍型聚为一类。【结论】山东猪种有共同的母系祖先,品种内母系遗传多样性较贫乏;外来猪种引入山东后主要是用作父本以提高生产速度和瘦肉率等,对本地猪种未有母系贡献;利用CytB基因4个SNP位点对欧洲单倍型和亚洲单倍型的分类方法,可以方便地估测利用中外猪种结合培育的猪新品种(配套系)的母系血统情况。
关键词： 山东省猪种 mtDNA CytB 遗传多样性 系统进化
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山东猪种mtDNA D-loop区部分序列遗传多样性及系统进化研究
《畜牧兽医学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为了解山东省猪种的遗传资源状况,阐明猪种间的亲缘关系,对山东省猪种(莱芜黑猪、大蒲莲黑猪、里岔黑猪、烟台黑猪、沂蒙黑猪、五莲黑猪、昌潍白猪和鲁烟白猪)及引进猪种(杜洛克、大约克和长白猪)共165个样本的mtDNA D-loop区部分序列(1102 bp)进行PCR扩增和序列测定,并采用现代生物信息学软件进行了数据处理分析,结果表明:山东各猪种之间遗传距离较小(0.0005~0.0046),远小于国外猪种杜洛克、长白与山东各猪种间的遗传距离(>0.14),但大约克与山东各猪种的平均遗传距离较小(0.005)。构建的NJ分子系统进化树将所测样本分为2个独立的支系,第一支由山东各猪种和部分大约克构成,另一支全部为引进猪种。莱芜黑猪和大蒲莲黑猪在NJ系统树上分布集中,各自聚为一小类,其它6个猪种都很分散,说明莱芜黑猪和大蒲莲黑猪母源血统单一,其它6个猪种母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多。
关键词： 山东省猪种 mtDNA D-loop区 遗传多样性 系统进化
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中国6个地方鸡品种的母系起源
《畜牧兽医学报 》 2007 北大核心 CSCD
摘要：通过对线粒体DNA(mtDNA)D-loop区的测序和比对,探讨了中国6个地方鸡品种的母系起源。结果表明,文昌鸡、鲁西斗鸡、寿光鸡、济宁百日鸡和莱芜黑鸡分别有5、5、5、6和7种单倍型,琅琊鸡只有3种单倍型;6个地方鸡品种聚为3个分支:分支A是1个主要分支,共有17种单倍型,有寿光鸡(10只)、鲁西斗鸡(9只)、文昌鸡(5只)、莱芜黑鸡(6只)、济宁百日鸡(6只)和琅琊鸡(2只),分别占所分析各地方鸡品种个体数的100%、90%、84%、75%、60%和20%,与分布于老挝、云南红原鸡的3个大陆亚种(G.g.gallus、G.g.jabouile和G.g.spadi-ceus)关系较近;分支B中包含8只琅琊鸡(80%)和1只济宁百日鸡(10%);分支C中有1只鲁西斗鸡(10%)、1只文昌鸡(16.7%)、2只莱芜黑鸡(25%)和3只济宁百日鸡(30%);分支B和C分别与来自红原鸡G.g.gallus亚种H19单倍型和H32、H33单倍型聚在一起。推测这6个地方鸡品种分别来自云南、老挝和越南附近地区的红原鸡大陆亚种。基因流是上述品种群体间遗传分化的主要因素。错配分布和Fu’sFs检验表明,分布于山东的5个地方鸡品种未发生群体扩张。
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