科研产出
3株鸽源新城疫病毒的分子特征及对鸽的致病性
《中国兽医学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：2011-2013年在新城疫流行病学调查中分离到3株鸽源新城疫病毒(SDS,SD01和SD02),为了进一步了解其生物学特性和遗传进化规律,对3株病毒进行了测序和生物活性分析,并对分离株SDS对鸽的致病性进行了评价.结果表明,毒株SDS基因组全长为15 192 bp,基因排列方式为3'-NP-P-M-F-HN-L-5',3个分离株F蛋白裂解位点氨基酸序列均为12RRQKRF117,具有典型的新城疫强毒的分子特征.系统进化分析表明这3个毒株与基因Ⅵ型NDV毒株聚于一簇,属于ClassⅡ系Ⅵb基因型.3个分离株F蛋白的融合肽和七肽重复区,HN蛋白的抗原中和表位存在多处突变,与单克隆抗体1E5、2F10的反应性也发生改变,表明3个分离株与疫苗株LaSota有明显的抗原差异.SDS攻毒试验结果显示,试验鸽自攻毒后5d出现明显的临床症状,滴鼻组和肌肉注射组的死亡率分别为60%和70%;病死鸽剖检可见脑膜充血出血,腺胃乳头、腺胃肌胃交界及肠道出血,肝脏肿大,脾有淤血斑.滴鼻组在攻毒后5~14 d于喉头和泄殖腔检出排毒,而肌肉注射组在攻毒后3~14 d于喉头和泄殖腔有排毒.
关键词： 鸽源新城疫病毒 鸽Ⅰ型副黏病毒 F基因 HN基因 Ⅵb基因型 致病性
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中国禽源新城疫病毒(NDV)流行株F和HN基因的遗传演化和变异频率
《微生物学通报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】新城疫(ND)是中国流行最严重的疫病之一,对家禽业可造成巨大的经济损失,疫苗防控是控制ND的重要措施。新城疫病毒(NDV)流行株的遗传演化一直是研究NDV的焦点。本文利用分子信息学手段,通过比较近20年间NDV流行株不同基因型F和HN基因的分子特征和遗传变异频率,解析免疫压力下NDV的演化规律。【方法】利用Lasergene 7.1和MEGA5.1软件,选取本实验室89株NDV分离株,结合从Gen Bank下载的364株NDV流行株以及15株NDV经典毒株的基因序列,对其进行系统发育、分子特征和替代频率分析。【结果】系统发育表明,NDV已经演化为15个基因型。一致性比较显示,NDV流行株相同基因型之间核苷酸(氨基酸)高度同源,而不同基因型之间差异较大且存在明显的氨基酸变异积累。NDV基因型的分布与时间、地域密切相关,VII d亚型为中国NDV优势流行株。为评估NDV变异的频率,以Go/GD/QY/1997株(中国较早发生的基因VII亚型)为参照,1997-2015年间NDV的F/HN基因的年平均核苷酸(氨基酸)替代率为2.31×10~(-3)(2.26×10~(-3))/3.37×10~(-3)(2.35×10~(-3))。其中,1997-2001年(未使用基因VII型疫苗)F/HN基因核苷酸年平均替代率为4.72×10~(-3)/8.28×10~(-3);2002-2015年(疫苗使用后)为1.6×10~(-3)/1.84×10~(-3),显示出基因VII型疫苗在控制NDV变异速度方面具有明显的效果。【结论】生物信息学分析证实:研制出与NDV流行毒株相匹配的新型疫苗是控制当前NDV变异的关键。
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中国水禽新城疫病毒F和HN基因的变异趋势
《畜牧兽医学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：选取中国1996-2005年的8株鹅、鸭等水禽NDV流行株,克隆其融合蛋白(F)和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因,参考GenBank中具有F和HN核苷酸全长的16株国内外NDV代表株、16株国内水禽流行株以及12株只具有F基因的水禽毒株序列,参照传统F基因分型方法,分别对F和HN基因进行分型,同时进行相关比较、核苷酸和氨基酸同源性以及系统发育分析。结果表明:16株国内外代表株F和HN基因分型基本一致,但24株水禽NDV流行株中只有15株相同,符合率为62.5%,不同占37.5%(9/24)。系统发育和同源比较发现:水禽NDV流行株HN基因高度同源,同属Ⅶ型,而F基因则分属不同的基因型。通过对24株NDVF和HN基因氨基酸全长以及进行F基因分型的F基因47-420位核苷酸的同源性相关性比较证实:F基因前47-420位核苷酸的遗传变异与F基因氨基酸全长变异密切相关,r=0.916,但与HN基因的氨基酸变异不相关,显示出NDV在演变过程中F和HN基因具有相对的独立性。水禽NDV是家禽NDV的重要储存宿主,应高度重视水禽NDV的变异。
关键词： 新城疫病毒 F基因 HN基因 同源性 遗传变异 相关性
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野禽新城疫病毒F和HN基因的遗传变异趋势
《家畜生态学报 》 2009
摘要：野禽携带的新城疫病毒是新城疫流行传播的重要的潜在传染源。结合本实验室克隆测序的鸽NDV(PB9601)、企鹅NDV(QE01)以及GenBank下载的44株野禽(包括野鸭、鹦鹉、鸽子、天鹅、鸳鸯、雁、火鸡等)的NDV毒株的融合蛋白(Fusion gene,F)基因和血凝素蛋白(Hemagglutinin-neuraminidase gene,HN)基因分别进行了F蛋白裂解位点、基因分型以及F和HN基因氨基酸全长的遗传距离分析。结果表明:野禽感染NDV F基因的基因型以Ⅶ和Ⅵ为主,同时Ⅰ、Ⅱ、Ⅴ和Ⅸ多种基因型并存。同一种属、同一地区的毒株间的遗传距离较近,具有明显的种属性和区域性,且绝大多数分离株与经典毒株LaSota、V4、B1、TEX-48等的遗传距离相对较远;对HN基因的遗传进化关系分析得出了相似的结论。
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新城疫La Sota疫苗对不同基因型流行株的免疫保护
《浙江农业学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：选取国内2001—2003年发生的5株NDV毒株,经CEF蚀斑纯化和SPF鸡胚增殖,克隆其融合蛋白(F)和血凝素—神经氨酸酶(HN)基因。利用F基因为Ⅱ型的疫苗La Sota活疫苗在隔离器中免疫SPF鸡,每7d采血监测NDV抗体,免疫后2周,利用经过鉴定的新城疫病毒(NDV)基因Ⅶ流行株潍坊毒SGM01,昌乐毒SCL03,东营毒SKY和莘县毒SSX03;基因为Ⅱ型日照毒SRZ03和基因为Ⅲ型经典强毒F48E9分别进行攻毒试验,同时设SPF鸡对照。每天观察,及时剖检发病鸡,检查鸡群病变,观查疫苗的保护性,便于对常规生产中的免疫失败原因进行分析。
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新城疫病毒分离株HN和P基因分子进化及其相关研究
《病毒学报 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：为探讨新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)血凝素-神经氨酸酶(HN)和磷蛋白(P)基因遗传特性以及相互关系,将1997~2005年间国内分离到12株NDV毒株,分别进行HN和P基因克隆测序,结合15个已发表的国内外不同时期的NDV毒株HN和P基因,计算所有毒株HN和P基因的不同核苷酸和氨基酸片段进化距离,利用统计软件进行了不同片段间进化距离的方差分析,HN或P基因核苷酸进化距离与毒株分离时间、HN或P基因片段与其全长间以及HN和P基因全长间的相关分析。统计分析显示:NDV HN或P基因不同核苷酸和氨基酸序列片段变异程度不一样;不同毒株间HN或P基因片段与其全长间以及HN和P基因全长间无论是核苷酸还是氨基酸遗传变异高度相关。以上说明,NDV HN和P基因虽以不同的方式进化,但是HN和P基因遗传变异的趋势是相同的。HN和P基因的变异与分离时间有一定的联系。
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新城疫分离毒HN基因的分子特性和片段同源相关性
《病毒学报 》 2007 北大核心 CSCD
摘要：选取国内1997-2005年分离的新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)24株,经蚀斑纯化克隆其血凝素-神经氨酸酶(HN)基因,与在GenBank发表的36株国内外不同时期的NDV毒株,进行氨基酸遗传变异分析,并利用SPSS8.0软件对其不同片段的氨基酸进行同源相关比较。结果显示:国内所有NDV分离毒株氨基酸高度同源,同源性为94.4%-99.4%;与LaSota、Clone30疫苗株等的氨基酸同源性为86.9%-89%;与强毒株F48E9的氨基酸同源性为87.9%-89.9%;与国外NDV的氨基酸同源性为87.2%-96.2%。系统发育分析表明:国内NDV分离毒HN遗传距离较近,而与LaSota、Clone30和F48E9遗传距离较远。国内NDV分离毒均缺乏538-540位糖基化位点。不同片段与全长的氨基酸同源性高度相关,且与前80个氨基酸相关最密切。
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一株新城疫重组强毒的分离鉴定与分子特性分析
《畜牧兽医学报 》 2007 北大核心 CSCD
摘要：从患病蛋鸡中分离出1株新城疫病毒(NDV)SRZ/03,经蚀斑纯化后接种40日龄SPF鸡可诱发典型ND病变。蚀斑纯化前、后,MDT分别为55.2和51 h,ICPI为1.7和2.0,IVPI为1.91和2.79,表明属强毒。对其F和HN基因分别克隆测序,进行F基因分型。结果表明SRZ/03属基因Ⅱ型,F蛋白氨基酸裂解位点的序列为112R-R-Q-K-R-F117,与强毒基序完全相同。结合GenBank中发表的其他NDV参考株序列,对F和HN基因推导氨基酸序列进行比较。SRZ/03株与基因Ⅱ型LaSota/46、B1/47、Bingham/87和Texas/48的同源性分别为93.1%、93.0%、94.4%和94.4%;与基因Ⅶ型Taiwan/95、SGM/01和SKY/03的同源性分别为92.2%、92.8%和92.8%;与基因Ⅲ型F48E9/48的同源性为91.2%。然而,SRZ/03株F蛋白前210个氨基酸与基因Ⅱ型LaSota/46和Texas/48的同源性较高,达96.7%和98.1%,后343个氨基酸则与Taiwan/95、SGM/01等毒株的同源性较高,达95.7%~97.4%,推测该株为重组株。此外,SRZ/03株与Taiwan/95、SGM/01等毒株的HN氨基酸同源性高达95.8%~97.6%,显著高于与LaSota/46、B1/47、Bingham/87、Texas/48和F48E9/48的87.2%~89.2%。
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一株信鸽新城疫强毒的分离鉴定和分子特性分析
《农业生物技术学报 》 2007 CSCD
摘要：从发病信鸽的体内分离到1株新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)PB9601,经病毒蚀斑纯化后动物回归试验可产生典型的NDV病变,其鸡胚平均死亡时间(MDT)、一日龄雏鸡脑内接种的致病指数(ICPI)、六周龄鸡静脉接种的致病指数(IVPI)分别为50.5h、1.65和2.36,表明NDV为强毒。对其融合蛋白(F)和血凝素神经氨酸酶(HN)基因分别进行克隆测序,发现F蛋白多肽裂解位点的氨基酸基序为112 KRQKRF 117,符合鸽源NDV强毒序列。F基因分型及同源性比较显示:PB9601与YN-03、TW-98等鸽源毒株属于Ⅵ型,其F基因与疫苗株基因Ⅱ型LaSota的氨基酸同源性为88.6%,与疫苗株基因Ⅰ型V4的氨基酸同源性为91.0%,与传统强毒基因Ⅸ型F48E9的氨基酸同源性为90.6%;与国内鸽分离株GX-05、YN-03和TW-98的氨基酸同源性分别为92.1%、95.5%和98.6%;与国外鸽分离株Capital3-97、Tigre6-99、1166-00、IT-227-82和2736-00的同源性分别为93.3%、91.9%、94.6%、95.1%和93.6%。HN基因氨基酸同源比较显示:PB9601与LaSota、F48E9和V4的氨基酸同源性分别为87.2%、89.2%和87.6%;与国外鸽分离株1166-00、IT-227-82和2736-00的同源性为93.7%、95.5%和92.3%。PB9601与国内外鸽分离株、LaSota、F48E9和V4相比,具有明显的地域性和种属性。
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新城疫病毒HN基因的遗传变异与HI相关性的研究
《病毒学报 》 2006 北大核心 CSCD
摘要：选取国内1999~2004年分离的新城疫野毒10株,经CEF蚀斑纯化和SPF鸡胚增殖,对其血凝素-神经氨酸酶(HN)基因分别进行克隆和测序,结合在GenBank中发表的LaSota、F48E9和Clone30等参考序列,对其氨基酸序列进行遗传变异分析,绘制系统发育树。利用SPF鸡在隔离器中分别制备上述NDV毒株的单因子阳性血清,进行血凝抑制(HI)交叉试验,计算NDV不同株之间的HI相关系数(r)。利用统计学软件SPSS8.0对NDV不同株之间的HN氨基酸同源率和HI相关系数(r)进行相关比较。结果表明:NDV野毒间氨基酸高度同源,同源性为96.5%~99.8%,而与LaSota、F48E9和Clone30同源率仅为87.4%~89.9%;所有野毒均缺乏1个潜在的糖基化位点;HN基因的氨基酸同源性与HI相关系数显著相关(P<0.01,r=0.55)。
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