科研产出
牛TARDBP基因核心启动子鉴定与转录调控分析
《生物技术通报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】为了解牛TARDBP基因结构、功能及启动子活性区域，分析该基因的转录调控机制。【方法】通过PCR技术克隆牛TARDBP基因编码区全长序列。应用生物信息学软件对牛TARDBP蛋白性质和结构进行分析。通过实时荧光定量PCR（RT-qPCR）技术检测TARDBP基因在泌乳期荷斯坦奶牛不同组织中的表达情况。应用5’RACE技术确定牛TARDBP基因的转录起始位点，PCR技术克隆牛TARDBP基因启动子区和5’端系列缺失片段，并运用生物信息学软件对牛TARDBP基因启动子区域CpG岛和潜在转录因子结合位点进行预测，双荧光素酶报告系统确定该基因的核心启动子区域。【结果】牛TARDBP基因在包括乳腺在内的多个组织中均有表达。TARDBP蛋白是一种水溶性非分泌蛋白，存在RNA识别结构域和DNA结合位点。TARDBP基因启动子区存在2个CpG岛和大量转录因子结合位点包括SP1、PPARA、PPARD、PPARG、SREBF1等。双荧光素酶活性分析结果显示牛TARDBP的核心启动子区位于-476--149之间，该区域包含Sp1、PPARG、PPARD、SREBF1结合元件，但不存在TATA-box。【结论】牛TARDBP基因在奶牛多个组织中均有表达。-476--149片段为牛TARDBP基因的核心启动子区，且该区域中存在与乳脂合成和分泌相关的转录因子结合位点。
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中国荷斯坦牛HSP70基因3＇-非翻译区多态性与耐热性的关联分析
《华北农学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：用PCR-SSCP和测序技术研究了541头中国荷斯坦奶牛热休克蛋白70(HSP70)基因的3'-非翻译区的多态性,并研究了多态性对奶牛产奶性状和耐热性状的影响。设计引物扩增片段大小549 bp,通过PCR-SSCP技术发现参与试验的奶牛出现了3个复等位基因:A、B和C,6种基因型:AA、AB、AC、BB、BC和CC基因型。测序发现复等位基因是由3个新的突变引起的,第6 400、6 600和6 601位碱基分别发生了G/C、C/T和G/A突变。χ2适合性检验表明,该群体在这三个位点的突变没有达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01)。中国荷斯坦牛BB基因型个体红细胞钾含量和产奶量下降率显著低于其他基因型个体(P<0.05),表明BB型的中国荷斯坦牛耐热性能优于其他类型。BB基因型个体305 d产奶量高于其他5种基因型的个体,进一步说明BB基因型可能在选育高产抗热应激奶牛中得到应用。
关键词： 荷斯坦奶牛 HSP70基因 多态性 热应激 PCR-SSCP
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荷斯坦奶牛热休克蛋白70基因3'-侧翼区遗传变异与耐热性的关系
《农业生物技术学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：本实验采用PCR-SSCP和测序技术对荷斯坦奶牛和鲁西黄牛两个群体共673个个体热休克蛋白70基因(HSP70)的3'-侧翼区的遗传变异,及该突变对奶牛产奶性状和耐热性状的影响进行研究。研究结果表明设计引物扩增片段大小500bp,扩增产物具有多态性。供试的72头鲁西黄牛和601头荷斯坦奶牛均发现3种基因型,为AA、AB和BB型。测序分析发现热休克蛋白70基因(HSP70)的3'-侧翼区存在1个新突变,T→C。关联分析结果表明,BB基因型荷斯坦奶牛个体,乳脂率、乳蛋白率和305d产奶量,相对于AA基因型的个体都要高;红细胞钾含量和产奶量下降率比AA类型个体要低,且达显著水平(P<0.05)。鲁西黄牛B基因基因频率为74.31%,而荷斯坦奶牛B基因基因频率却比较低,为14.89%。由于鲁西黄牛耐热性显著强于荷斯坦奶牛,且耐热性最高的BB型奶牛产奶量下降率显著低于耐热性差的AA型奶牛。等位基因B可作为选育抗热应激奶牛潜在的分子遗传标记。
关键词： 荷斯坦奶牛 热休克蛋白70基因(HSP70) 多态性 热应激
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hsp70基因编码区一新SNP的发现及其多态性与热应激性状的相关性研究(英文)
《中国农业科技导报 》 2009
摘要：为了探索hsp70基因多态性与热应激性状(直肠温度和红细胞钾含量)的相关性,利用PCR-SSCP方法检测290头中国荷斯坦奶牛hsp70基因的未知SNP,并利用PCR-RFLP方法对基因进行分型,采用SBYE荧光定量PCR方法检测不同组织中hsp70mRNA表达水平。结果显示,在1524位点发现一个G/A突变,有两种基因型(AA/AB),基因频率和基因型频率分别是0.9570,0.0430和0.9137,0.0863,卡方检验该群体处于哈迪-温伯格平衡。相关性分析结果表明,AA、AB基因型的直肠温度没有显著差异,但在红细胞钾含量中有极显著差异。肝脏中hsp70mRNA表达水平显著高于其他组织。推测hsp70基因1524位点的G/A SNP与中国荷斯坦奶牛热应激有关。
关键词： 热休克蛋白70 多态性 热应激 荧光定量PCR 荷斯坦奶牛
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中国荷斯坦奶牛κ-酪蛋白基因第四外显子多态性与产奶性状的关联分析
《遗传 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：以544头中国荷斯坦奶牛为研究对象,以κ-酪蛋白基因为产奶性状的候选基因,扩增779bp的片段,结合测序结果采用PCR-RFLP方法来检测κ-酪蛋白基因3个位点的多态性。结果在exon4的第10891bp、10927bp和10988bp处分别发生了T/C、C/A错义突变和G/A同义突变,据此分别选择了TaqⅠ、HindⅢ、PstⅠ等3种限制性内切酶检测了其多态性。发现3个位点的A、B等位基因在群体中都有分布,且处于低度多态;A和B等位基因的频率分别为86.03%和13.97%;AA,AB和BB基因型频率分别为73.71%,24.63%和1.66%;χ2适合性检验表明,该群体在这3个位点的突变达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);BB和AB基因型个体乳脂率显著高于AA基因型个体(P<0.05),AB基因型个体脂蛋白比显著高于AA基因型个体(P<0.05),但不同基因型对产奶量和乳蛋白率没有显著影响;3个位点的酶切多态性在所研究群体中是紧密连锁的。说明在中国荷斯坦奶牛群体中,κ-酪蛋白B等位基因可作为改良奶牛乳脂率性状的分子遗传标记。
关键词： 荷斯坦奶牛 κ-酪蛋白基因 多态性 PCR-RFLP 产奶性状
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荷斯坦奶牛红毛性状的基因检测及红毛形成机制的探讨
《动物学杂志 》 2007 北大核心 CSCD
摘要：荷斯坦奶牛黑素皮质素受体1(MC1R)基因310G缺失突变产生e等位基因,导致红白花毛色。实验利用PCR-RFLP和DNA测序技术建立了荷斯坦奶牛红毛性状的基因检测方法,并在4个荷斯坦奶牛全同胞家系中得到了证实,可见其可用于鉴定携带e等位基因的种公牛,以指导奶牛育种。通过分析黑素皮质素(MC)受体蛋白家族序列,找到了MC1R蛋白结构与功能的区域(TM3、TM6、TM7和EL3)。利用VHMPT软件预测MC1R突变蛋白的结构,结果显示其丢失了TM3、TM6、TM7和EL3区,也失去了与α-促黑素(α-MSH)结合的区域,最终导致红毛的产生。
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牛尿苷酸合酶缺乏症PCR-RFLP检测方法的建立
《中国奶牛 》 2006
摘要：提取牛血液和精液DNA,进行PCR扩增、RFLP分析,建立尿苷酸合酶缺乏症(DUMPS)检测方法。对济南市6个奶牛场224头荷斯坦奶牛及53头种公牛进行了DUMPS的PCR-RFLP检测,共检测出2头杂合母牛(携带者),杂合子占检测母牛群的0.89%,在荷斯坦公牛中只检测到一种基因型,没有发现隐性突变基因的携带者。实验证明,该方法重复性好、灵敏性高、稳定性可靠。
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牛尿苷酸合酶缺乏症PCR-RFLP检测方法的研究
《畜牧兽医学报 》 2006 北大核心 CSCD
摘要：本研究通过PCR-RFLP建立了直接利用基因组DNA检测尿苷酸合酶缺乏症(DUMPS)突变的方法。对济南市6个奶牛场224头奶牛及53头荷斯坦种公牛进行了DUMPS的PCR-RFLP检测,共检出2头杂合母牛(携带者),杂合子占检测母牛群的0.89%,在荷斯坦公牛中只检测到一种基因型,没有发现隐性突变基因的携带者。实验证明,该方法重复性好、灵敏性高、稳定性可靠。
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