科研产出
四种常见猪肠道病毒多重RT-PCR检测方法的建立及临床应用
《微生物学通报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：【背景】猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（transmissible gastroenteritis virus,TGEV）、猪δ冠状病毒（porcine deltacoronavirus,PDCoV）和猪轮状病毒（porcinerotavirus,PoRV）是当前导致猪群发生病毒性腹泻的4种主要病原，并且常发生混合感染。【目的】建立一种可鉴别诊断这4种腹泻病毒病的检测方法，对于临床诊断具有重要意义。【方法】针对PEDV的M蛋白基因、TGEV的N蛋白基因、PDCoV的N蛋白基因和PoRV的VP7蛋白基因分别设计特异性引物，进而构建相应的重组质粒标准品。通过对PCR反应条件优化，建立可同时检测PEDV、TGEV、PDCoV和PoRV的多重RT-PCR检测方法。随后通过敏感性、特异性和重复性试验对该方法的有效性进行验证。【结果】敏感性试验结果显示，对PEDV-M、TGEV-N、PDCoV-N和PoRV-VP7重组质粒标准品的最低检测下限分别为1.75×10~2、1.5×10~3、1.6×10~2和1.6×10~2copies/μL；特异性试验结果显示，仅可检出本研究中的4种靶病毒，而猪群常见病毒CSFV、PRRSV、PCV2和PRV未能检出。重复性试验结果显示，选取10~8、10~6和10~4copies/μL3个不同浓度的重组质粒作为模板，其他条件不变，分别进行5次重复试验，5次试验均扩增出清晰、均匀的条带。对山东各地区送检的52份临床腹泻样品通过建立的四重RT-PCR方法进行检测，发现PEDV、TGEV、PDCoV和PoRV的阳性率分别为37%（19份）、6%（3份）、10%（5份）和25%（13份）。其中PEDV和PoRV混合感染2份（4%）,PEDV和TGEV混合感染2份（4%）,PEDV和PDCoV混合感染1份（2%）。通过单重RT-PCR对该多重RT-PCR临床样品检测结果进行重复验证，结果显示多重RT-PCR与常规单重RT-PCR结果符合率为100%。最后随机挑选5个检测为阳性的临床样本进行测序验证，结果均为相应病毒的基因片段。【结论】本研究建立了可同时检测PEDV、TGEV、PDCoV和PoRV的四重RT-PCR检测方法，研究结果为临床4种猪腹泻病毒病的鉴别诊断及流行病学调查提供了技术手段。
关键词： 多重RT-PCR 猪流行性腹泻病毒 猪传染性胃肠炎病毒 猪δ冠状病毒 猪轮状病毒
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山东省猪腹泻病例中PEDV、TGEV和PRV的感染调查与分析
《中国畜牧兽医 》 2017 北大核心
摘要：为了解山东省规模化猪场由猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪伪狂犬病毒(PRV)引起猪病毒性腹泻的流行情况,自2014年1月至2016年12月,对来自山东省各地规模化猪场的猪腹泻病料(共3 035份)进行PCR检测。结果显示,PEDV、PRV和TGEV阳性率分别为67.49%、9.33%和3.29%;3年间,PEDV阳性率在2014年第四季度最低,为48.15%,2015年第四季度阳性率最高,为88.57%,2016年各季度阳性率相对2015年呈波动下降趋势;TGEV阳性率在2014年第四季度最高,为18.52%,2015年第三季度阳性率为15.38%,2016年第一季度阳性率为6.67%,其他季度未检测出阳性病料;PRV阳性率在2016年第二季度最高,为15.68%,除2014年第一季度未检出阳性病料外,2014年第二季度阳性率最低,为2.56%。通过对69份被动送检的病料进行PEDV、TGEV和PRV混合感染检测发现,这部分病料中PEDV、TGEV、PRV阳性率分别为86.96%、5.80%和37.68%;总单独感染率为69.57%,PEDV、TGEV和PRV单独感染率分别为57.97%、1.45%和10.14%;总混合感染率为30.43%,PEDV/PRV、PEDV/TGEV和TGEV/PRV混合感染率分别为26.09%、2.90%和1.45%;总单独感染率比总混合感染率高。结果表明,山东省存在PEDV、PRV和TGEV 3种病毒流行,存在PEDV/TGEV、TGEV/PRV和PEDV/PRV的混合感染,混合感染中主要为PEDV/PRV混合感染,不存在PEDV/PRV/TGEV的混合感染。目前PEDV是引起山东省猪病毒性腹泻的主要病因,本试验结果可为山东省猪病毒性腹泻的诊断和控制提供参考。
关键词： 猪流行性腹泻病毒 猪传染性胃肠炎病毒 猪伪狂犬病毒 调查与分析
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紫甘蓝花色苷组成及抗猪传染性胃肠炎病毒活性分析
《食品工业科技 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为在体外探寻紫甘蓝花色苷(Anthocyanins from Purple Cabbage,APC)抗猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus of swine,TGEV)的活性效果。本研究以APC粉为原料,采用高效液相色谱仪与质谱仪联机的方法鉴定其花色苷成分后,在体外将APC作用于感染TGEV的猪睾丸细胞系(swine testicle,ST)单层表面,通过研究APC对TGEV诱导ST细胞的形态学变化和细胞存活情况,评价APC是否具有抗TGEV的活性作用。结果表明:紫甘蓝花色苷粉中至少含13种花色苷成分,其中主要为矢车菊色素的糖苷;APC对细胞无毒性的最大安全质量浓度为100μg/m L;APC在安全浓度范围内能够显著抑制TGEV诱导的ST细胞形态变化,降低凋亡。因此,紫甘蓝花色苷具有抗TGEV的生物活性作用。
关键词： 紫甘蓝花色苷 猪睾丸细胞系 猪传染性胃肠炎病毒 生物活性
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猪传染性胃肠炎病毒与猪呼吸道冠状病毒荧光RT-PCR鉴别检测方法建立与应用
《中国动物检疫 》 2011
摘要：本研究根据Genbank登录的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)N基因和S基因保守区序列设计合成了两对引物和探针,通过对荧光定量RT-PCR反应条件的优化,建立了TaqMan荧光定量RT-PCR快速检测TGEV的方法。该方法能有效地鉴别序列密切相关的猪传染性胃肠炎病毒与呼吸道冠状病毒。与常规RT-PCR试验比较表明,所建立的荧光RT-PCR检测技术快速、敏感,检测时限3个小时以内,具有很好的特异性和重复性。通过对39份临床样品进行检测,结果表明所建立的检测方法直接检测样品中猪传染性胃肠炎病毒。
关键词： 猪传染性胃肠炎病毒 猪呼吸道冠状病毒 荧光RT-PCR
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猪传染性胃肠炎病毒S蛋白的二级结构和B细胞抗原表位的预测
《山东农业科学 》 2010
摘要：以TGEV(猪传染性胃肠炎病毒)基因组序列为基础,运用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测其S蛋白的二级结构,运用Kyte-Doolittle方法对S蛋白的亲水性进行分析,并分别运用Jameson-Wolf方法和Emini方法预测了其抗原指数和表面可及`性,最后结合吴玉章的方法综合分析预测了其B细胞抗原表位。结果显示,α螺旋数量少且分散,β折叠占据面积较大,柔性区域主要集中在N端第22～30、45～76、100～172、239～301、348～419、451～519、541～633、645～720、746～796、822～887、921～986、1052～1201、1239～1384、1434～1445区段。S蛋白可能的B细胞抗原位点是N端第20～32、44～54、69～78、97～106、635～655、781～803、949～994、1307～1328、1346～1362、1432～1448区段,这些区段内部或附近都有柔性区域存在,可作为S蛋白的抗原优势表位。
关键词： 猪传染性胃肠炎病毒 S蛋白 二级结构 B细胞抗原表位
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猪传染性胃肠炎病毒N蛋白的二级结构和B细胞抗原表位的预*测
《家畜生态学报 》 2009
摘要：以TGEV基因组序列为基础,运用Garnier-Robson、Chou-fasman和Karplus-Schulz方法预测猪传染性胃肠炎病毒N蛋白的二级结构。运用Kyte-Doolitte方法对N蛋白的疏水性进行了分析,Jameson-Wolf方法预测了结构蛋白的抗原指数,Emini方法预测了N蛋白的表面可能性,最后结合吴玉章的方法综合分析预测B细胞抗原表位。结果显示柔性区域主要集中在N-端第11~31、52~65、128~147、155~188、210~227、313~319、331~347区段,α-螺旋和β-折叠数量少且分散。N蛋白可能的B细胞抗原位点是N-端12~31,154~191,204~243,309~320,329~354区段,而这些区段内部或附近都有柔性区域存在,可作为N蛋白的抗原优势表位。本研究为TGEV抗原优势表位的试验研究和反向疫苗的研制奠定了基础。
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