科研产出
三株新型鸭源微RNA病毒分离毒株的全基因组序列分析
《畜牧兽医学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：分离新型鸭源微RNA病毒进行全基因组测序并进行遗传进化分析。对本实验室2021年不同来源的种鸭和肉鸭病料进行PCR检测，初步确定存在一种未知分类的新型微RNA病毒感染。取病死鸭病料组织处理后接种SPF鸡胚分离病毒，设计引物对分离到的病毒进行PCR检测，通过重叠PCR方法进行全基因组扩增测序。将分离病毒各蛋白氨基酸序列两两比对，同时选取GenBank数据库中微RNA病毒代表毒株序列绘制系统进化树，并对主要蛋白P1、2C、3D序列比对分析。结果显示：共分离到三株微RNA病毒，分别命名为21101株、21016株和21075株(GenBank登录号：OQ927377～OQ927379)。基因组长度分别为7 445、7 445和7 447 bp,均包含一个编码2 141个氨基酸的开放阅读框(ORF),可划分为P1、P2、P3三个部分，符合微RNA病毒序列特征。基于全基因组序列遗传进化分析发现，三株分离病毒与本实验室前期分离的Duck/FC22/China/2017(GenBank登录号：MN102111)毒株及上海兽医研究所分离的Duck/AH15/CHN/2015(GenBank登录号：MT681985)位于同一分支，与鸭甲型肝炎病毒(Duck hepatitis A virus, DHAV)遗传距离最近。分离的三株鸭源微RNA病毒进行全基因组测序及遗传进化分析发现，与目前已知的两株微RNA毒株为同一类新型鸭源微RNA病毒。
关键词： 新型微RNA病毒 分离鉴定 基因组测序 遗传进化分析
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我国鸭肝炎病毒分离株基因组的测定与分析
《华南农业大学学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：对我国鸭病毒性肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)分离株YZ和CL的全基因组进行了序列测定分析.结果表明,2分离株的基因组全长分别为7 713 nt和7 709 nt,包括626 nt的5′UTR、6 747 nt的ORF、314 nt的3′UTR以及23 nt和19 nt的poly(A)尾.结构蛋白VP0含有保守的四肽CPRP,VP3的N端存在一段约20个氨基酸的碱性氨基酸富集区域;VP1缺少RGD(Arg-Gly-Asp)基序.DHV2分离株存在3个不相关的2A蛋白基序,其中2A1蛋白类似口蹄疫病毒属的2A蛋白,2A2蛋白与AIG1蛋白(拟南芥)和GTPase更为相似,2A3蛋白则与副肠孤病毒属的2A2蛋白类型相似;2C蛋白含有保守基序EPxxxxxxGxxGxGK(S/T)、QxxxxxDDxxQ和KGxxxxSxxxxxS/T.3C蛋白含有催化三联体H38-D69-C144;3D蛋白包含KDELR、DxxxxD、GxxSGxxxTxxxNx、YGDD和FLKR等RNA聚合酶的特征基序.基于多聚蛋白、VP1、2C和3C蛋白的进化关系分析结果均表明,DHV分离株与副肠孤病毒属的遗传关系最近,但占据一个清晰的独立遗传谱系,应将DHV单独划属.
关键词： 鸭病毒性肝炎病毒(DHV) 分离株 基因组测序 基因组分析
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