科研产出
不同轮作休耕下潮土细菌群落结构特征
《环境科学 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：本研究旨在明确不同轮作休耕方式对潮土细菌群落的影响,为推动黄河下游冲积平原农田生态修复和促进农业绿色发展提供参考依据.以2018年开始的长期轮作休耕定位试验农田土壤为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,通过Tax4Fun细菌功能预测工具,分析4种轮作休耕方式（长期休耕、冬小麦-夏休耕、冬休耕-夏玉米和冬小麦-夏玉米周年轮作）定位条件下,土壤细菌群落结构与功能差异,并探究影响农田土壤细菌群落结构及功能变化的环境因子.结果表明,不同轮作休耕方式的土壤样本中共检测到细菌44门、 146纲、 338目、 530科、 965属和2073种;在0～20 cm和20～40 cm土层中,主要优势菌群同为放线菌门（Actinobacteria）、变形菌门（Proteobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）和绿弯菌门（Chloroflexi）,但各主要优势菌群的相对丰度在不同轮作休耕方式中存在差异.0～20 cm土层季节性休耕（冬小麦-夏休耕和冬休耕-夏玉米）较麦玉周年轮作或连续两年休耕的土壤细菌群落更丰富且多样性程度更复杂,20～40 cm土层则表现出冬小麦-夏休耕的土壤细菌群落更丰富、多样性程度更复杂.通过Tax4Fun功能预测发现,不同轮作休耕土壤细菌具有一级功能代谢通路（pathway level 1）6类,二级功能代谢通路（pathway level 2）40类（其中18类相对丰度大于1.0%）,三级功能代谢通路（pathway level 3）264类;季节性休耕可提高参与新陈代谢、环境信息处理和遗传信息处理等有益细菌代谢通路的相对丰度.根据RDA分析,0～20 cm土层的土壤细菌群落受土壤含水率、全磷、有效磷、速效钾、 pH和碳氮比影响显著（P<0.05）, 20～40 cm受土壤全磷和有效磷影响显著（P<0.05）.由此可见,不同休耕方式可以改变土壤细菌群落结构、多样性及代谢功能,季节性休耕可以促进农田土壤生态系统的健康与稳定.
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棉花茎端发育长链非编码RNA的鉴定及功能预测
《棉花学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：长链非编码RNA(Long non-codingRNA,lncRNA)是一类长度在200 nt以上的非编码RNA。它不具备蛋白质编码功能,但在生物体中以RNA分子的形式参与众多生物过程。利用实验室前期获得的陆地棉茎尖转录组数据,鉴定了8044条lncRNA,其中3691条分布于At亚组,2852条分布于Dt亚组;通过基因组共定位、碱基互补配对等生物信息学方法对其中2227条lncRNA进行功能注释,其中1875条位于编码基因上下游,可能通过与编码基因的顺式作用元件或3’UTR区结合,在转录或者转录后水平调控基因表达;317条反义lncRNA与正义链的mRNA存在互作,通过碱基互补配对调控基因沉默、转录及mRNA的稳定性;20条lncRNA预测为microRNA的前体;5条lncRNA注释到4个lncRNA家族。功能注释表明,这些lncRNA主要参与转录调节、代谢、激素应答和信号转导等生物过程。本研究为充分利用高通量测序数据研究棉花lncRNA提供了新思路。
关键词： 棉花 茎尖转录组 长链非编码RNA 鉴定 功能预测
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花生AhFT基因的克隆与序列分析
《花生学报 》 2014
摘要：FT(Flowering Locus T)作为"成花素"在成花转变及促进开花上起重要作用。本研究利用分子克隆和RT-PCR方法,从花生中克隆了一个与FT同源的cDNA序列,命名为AhFT,该序列长度为893bp,开放阅读框长度为534bp,推测编码蛋白含有177个氨基酸,分子量为19.95kD,等电点为6.9。通过与其他植物PEBP蛋白序列的比对,发现花生FT基因属于FT-Like家族,可能在控制植物开花中起重要作用。
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花生NAC类新基因AhNAC1的克隆及序列分析
《西北植物学报 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：NAC转录因子是近些年来新发现的植物特有的转录调控因子,其N端含有高度保守的NAC结构域,在植物的生长发育、器官建成、逆境胁迫以及作物的品质改良中具有重要作用。通过构建优质出口型大花生‘鲁花14’开花后20~60d不同发育时期的种子混合cDNA文库,克隆到一个花生NAC类基因AhNAC1(GenBank登录号为EU669863)。序列分析表明,AhNAC1基因的cDNA序列长度为1453bp,其开放阅读框长度为912bp,编码303个氨基酸,预测其分子量为34.1kD,等电点为7.6。通过与其它植物的NAC转录因子的蛋白序列比对,发现AhNAC1蛋白属于ATAF亚族,可能在植物种子发育及逆境反应中起作用。此花生NAC类基因属首次报道。
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