文献类型： 中文期刊

作者： 王芙蓉 ¹ ; 乔清华 ¹ ; 陈鹏云 ² ; 袁哲诚 ¹ ; 陈煜 ² ; 樊守金 ¹ ; 张军 ¹ ;

作者机构： 1.山东省逆境植物重点实验室/山东师范大学生命科学学院

2.山东棉花研究中心/农业部黄淮海棉花遗传改良与栽培生理重点实验室

关键词： 棉花;茎尖转录组;长链非编码RNA;鉴定;功能预测

期刊名称： 棉花学报

ISSN： 1002-7807

年卷期： 2016 年 28 卷 05 期

页码： 470-477

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 长链非编码RNA(Long non-codingRNA,lncRNA)是一类长度在200 nt以上的非编码RNA。它不具备蛋白质编码功能,但在生物体中以RNA分子的形式参与众多生物过程。利用实验室前期获得的陆地棉茎尖转录组数据,鉴定了8044条lncRNA,其中3691条分布于At亚组,2852条分布于Dt亚组;通过基因组共定位、碱基互补配对等生物信息学方法对其中2227条lncRNA进行功能注释,其中1875条位于编码基因上下游,可能通过与编码基因的顺式作用元件或3’UTR区结合,在转录或者转录后水平调控基因表达;317条反义lncRNA与正义链的mRNA存在互作,通过碱基互补配对调控基因沉默、转录及mRNA的稳定性;20条lncRNA预测为microRNA的前体;5条lncRNA注释到4个lncRNA家族。功能注释表明,这些lncRNA主要参与转录调节、代谢、激素应答和信号转导等生物过程。本研究为充分利用高通量测序数据研究棉花lncRNA提供了新思路。