科研产出
平欧杂种榛遗传多样性的SSR分析
《中国农学通报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：分析平欧杂种榛间的遗传关系,为遗传图谱的绘制及优良基因的选育奠定基础。该实验选用21份主栽品种,经DNA提取、SSR标记及NTSYSpc(version 2.11 a)对结果的分析建立遗传聚类图。筛选6对欧榛SSR引物对供试材料进行检测,共检测出71个遗传位点,全部为多态性遗传位点,多态位点百分率为100%。遗传相似系数为0.34~0.82,平均相似系数为0.55,当阈值为0.74时,供试样品可聚类分为4个组。C1、C13和C2聚为一组,即组Ⅰ;C6和C15聚为一组,即组Ⅱ;C7、C9、C14、C16和C10聚为一组,即组Ⅳ;其余样品聚为一组,即组Ⅲ。平欧杂种榛品种间具有丰富的遗传多样性,供试主栽品种间存在着复杂的亲缘关系;构建的技术体系可为其他相关试验提供参考。
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基于荧光检测技术的小麦品种SSR鉴定体系的建立
《中国农业科学 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：【目的】建立基于SSR荧光标记的小麦品种DNA指纹鉴定体系,为中国小麦育成品种鉴定提供高通量技术手段。【方法】收集已定位到小麦21条染色体上的SSR标记引物,通过PCR扩增和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术,筛选在中国小麦育成品种中多态性高的标记,对筛选出的引物5′末端利用6-FAM、HEX、ROX和TAMRA 4种荧光染料之一进行标记,利用DNA分析仪对扩增产物的峰型进行评价并检测不同等位变异的扩增片段大小,选择峰型简单易读、多态性高、较均匀分布到21条染色体上的标记,确定不同位点等位变异的大小及相应的参照品种,建立基于荧光SSR标记的高通量小麦品种鉴定体系。【结果】利用2 438对SSR标记对8份植物学性状差异大的小麦育成品种进行初步筛选,共筛选出260对多态性较高、扩增稳定的SSR引物。利用上述260对引物对48份小麦品种继续进行复筛,选出130对扩增稳定、多态性高、带型好的SSR引物。对这些引物的正向5′末端分别标记6-FAM、HEX、ROX和TAMRA荧光后,利用DNA分析仪进行检测评价,最终选择了42个PCR扩增稳定、峰图简单、多态性高、连锁群分布均匀的SSR荧光标记。根据DNA分析仪检测到的每个标记的不同等位变异大小,为相应位点的不同等位变异进行了命名,并为每个等位变异选取了相应参照品种。根据每个引物标记的荧光和扩增的片段大小范围对42对引物进行合理搭配,在同一毛细管内对多个荧光标记进行检测,提高了DNA指纹数据采集效率,降低了检测成本。利用该体系对1 625份小麦育成品种进行DNA指纹数据采集,在42个位点中共检测到434个等位变异,每个位点的等位变异个数在3—23,平均10.3个;每个位点的PIC值范围为0.240—0.829,平均0.610。利用1 625份小麦育成品种DNA指纹数据,构建了中国小麦育成品种的DNA指纹数据库。【结论】筛选出42对SSR标记引物,建立了基于荧光SSR标记的小麦品种鉴定体系,可用于高通量小麦品种DNA指纹鉴定。
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一个花生新SSR标记的开发
《山东农业科学 》 2014
摘要：本研究利用SCoT12引物对8个不同花生品种扩增产物中的一个长度多态性片段SCoT12-800进行克隆和测序分析,该序列登录号为KM200036。结果表明,该片段多态性是由于其含有一段TC简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR),根据该片段序列,利用Primer 5.0软件设计出一对适合SSR分子标记检测的引物,命名为SCoT12-SSR,该引物的扩增产物大小为164~178 bp,在花生栽培种中可检测到5个等位变异,可用于花生的遗传多样性、品种鉴定、基因定位和遗传图谱的构建等研究。
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不同SSR标记检测技术及其在花生栽培种遗传多样性分析中的应用
《植物遗传资源学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：以85份花生栽培种为材料,分别应用银染法和荧光检测法检测9对SSR引物的扩增产物。比较结果显示,荧光检测法具有灵敏度高、检测结果准确、效率高等优点。聚类分析表明,银染法与荧光检测法分别能够区分74个、82个花生品种,并分别聚成8个、9个类群;荧光检测法的聚类结果虽然反映的品种间遗传多样性较低,但与品种类型、产地及其亲缘关系相关程度更高,表明荧光检测数据更精确、可靠。遗传多样性分析发现,地方品种的遗传多样性指数最高,其次为多粒型育成品种,表明我国地方品种和多粒型育成品种蕴藏了丰富的优异性状,有利于对其挖掘和利用。
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山东牛心柿群体遗传多样性和亲缘关系的SSR分析
《果树学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：【目的】从分子水平了解山东牛心柿群体的遗传结构和亲缘关系。【方法】采用SSR分子标记技术对山东省内的8个牛心柿群体共207个个体进行检测,应用POPGENE 1.31软件进行遗传参数分析,采用AREQUIN 2.0软件对群体间和群体内的遗传变异进行分子变异分析,利用TFPGA软件对Nei’s无偏差预期杂合度和基因分化系数进行了统计计算。【结果】10对SSR引物共检测到128个位点,其中105个位点为多态位点,占82%。Nei’s遗传多样性指数(He)在0.153 8~0.247 6,Shannon信息指数(H0)在0.221 7~0.372 1。群体间的遗传变异占总遗传变异的24.17%(P<0.001),群体间的遗传距离(D<0.231 7)、遗传一致度(I>0.783 2)、基因分化系数(φST=0.222 6)和遗传分化系数(FST=0.175 9)均表明各群体间产生了一定程度的遗传分化。【结论】山东牛心柿群体遗传背景丰富,群体间一定程度的遗传分化可能是人为选择压力所引起。
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谷子SSR分子图谱构建及主要农艺性状QTL定位
《植物遗传资源学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：本研究对谷子株高等主要农艺性状进行了数量性状位点QTL分析。以表型差异较大的沈3/晋谷20F2作图群体为材料,观测其株高、穗长等性状,选用SSR作分子标记,利用完备区间作图法(BASTEN C J)进行QTL分析。结果显示,表型数据在作图群体中呈现连续分布,表现为多基因控制的数量性状,被整合的54个SSR标记构建10个连锁群,LOD阈值设置为2.0,检测到与株高相关的主效QTL2个,联合贡献率45.9637%,穗长主效QTL1个,贡献率14.9647%,与穗重、粒重相关的主效QTL为同一位点,贡献率分别为11.9601%和10.1879%。有6组QTL位点之间存在基因互作效应,大小范围为-0.4986~16.6407,对性状的贡献率在2.2716%~6.7478%之间。谷子表型控制复杂,相关QTL的检测受环境影响较大,不同连锁群QTL间互作明显。
棉花品种遗传纯度的SSR分子标记鉴定技术研究
《棉花学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：为建立适合于SSR标记的棉花品种纯度鉴定方法,利用78个SSR标记对12个棉花常规品种进行标记基因型分析。通过比较不同品种不同单株标记基因型,发现棉花品种的非纯SSR位点存在3种主要类型。通过综合分析非纯SSR位点率和异型单株率对品种遗传纯度的影响,建立了利用SSR标记在分子水平上鉴定棉花品种纯度的方法。利用该方法鉴定的12个棉花品种中有3个品种(C5、C9和C11)的遗传纯度在98%以上,非纯SSR位点和异型株均较高的2个品种(C3和C6)遗传纯度分别为67.31%和31.79%,该方法弥补了以往分子纯度计算方法中只考虑单株混杂、不考虑SSR位点混杂的缺陷,可比较客观地反映品种的遗传纯度状况。
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基于SSR标记的山东省小麦DNA指纹图谱的构建
《植物遗传资源学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：以山东省41份小麦种质资源为材料,使用46对引物,通过SSR技术对其进行了DNA指纹数据库的构建。结果显示,所采用的46对引物在本试验材料中共检测到69个等位基因,有较好的多态性。利用NTSYS进行UPGMA聚类分析后,发现这41种材料在遗传相似系数0.68为阀值处可以分为3个类群。试验证明该方法能够分辨各个种质间的亲缘关系,能够较好满足小麦DNA指纹数据库的构建要求,对山东省小麦遗传资源的收集、保存、分类、评价、核心种质的建立等研究工作提供理论依据。
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