科研产出
苹果生长素响应因子(ARF)基因家族全基因组鉴定及表达分析
《植物生理学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：生长素响应因子(auxin response factor,ARF)基因在调控生长素响应基因和生长素信号转导途径以及其它多个生长发育过程具有重要作用。本研究利用Blast P程序比对并获得苹果ARF基因家族,通过DNAMAN 6.0、MEGA 5.0、Web Logo3、Map Inspect和MEME软件对苹果ARF基因进行分析,采用RT-PCR技术研究基因组织表达情况。结果表明,苹果基因组存在29个ARF基因,进化上可分为I、II、III、IV和V组,每组成员数目分别是4、5、10、6和4个。内含子和外显子结构分析表明,该基因家族由2~15个外显子构成。染色体分布结果显示,Md ARF基因在染色体上分布不均匀。分别鉴定出4对和2对Md ARF基因经历了串联复制和片段复制,14个Md ARF基因经历了全基因组复制。保守元件分析表明,苹果ARF基因家族DBD区域、ARF区域、III元件和IV元件结构高度保守。半定量结果表明,大多数Md ARF基因在根、茎、叶、花和果中均有表达。
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新城疫病毒非编码序列的遗传演化趋势
《微生物学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探讨新城疫病毒全基因序列中非编码序列的分子演化规律。【方法】结合本研究室2012年自产蛋下降鸭群中分离测序的一株鸭源新城疫病毒全序列,从GenBank下载35株不同基因型新城疫病毒全长cDNA序列,获取非编码序列,分别绘制引导序列、尾随序列、F-HN及HN-L基因间隔序列(IGS)的遗传进化树,比较编码基因内5’及3’UTR序列核苷酸序列替代特点。【结果】非编码序列的长度及位置高度保守,而其核苷酸基因序列在不断发生变异,且变异趋势与编码基因序列相一致。【结论】新城疫病毒在整个基因组上编码和非编码序列同步发生变异。
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鸡传染性支气管炎病毒变异株全基因组序列分析
《病毒学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：为了明确传染性性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)分离株CK/CH/SD09/005的分子特征,以进一步丰富国内IBV的分子流行病学信息。本研究设计了25对引物对其全基因组进行了序列测定,并与参考株进行了同源性比较和S1基因遗传进化分析。结果显示CK/CH/SD09/005基因组为27 691bp(不包括5′端Cap和3′端Poly A)。全基因组同源性比对发现,CK/CH/SD09/005仅与GenBank中广西2009年分离株GX-NN09032各基因高度同源(97%~99%)。除GX-NN09032外,CK/CH/SD09/005基因组5′端复制酶基因(Gene 1)和3′端非转录区(Untranslated region,UTR)与2个QX基因型参考株ck/CH/LDL/091022和SDIB821/2012同源性最高,分别为97%和98%,但是3′端结构蛋白和非结构蛋白基因(S-3a-3b-3c/E-M-5a-5b-N)与这两个毒株同源性较低,仅为72%~90%。其ORF3c/E、5a、5b和N分别与韩国分离株1011、国内分离株CK/CH/LXJ/02I、DK/CH/HN/ZZ2004和YX10同源性最高,分别为97%、96%、99%和96%,而其ORF3a、3b和M与参考株同源性均低于90%。S1基因遗传进化分析发现,CK/CH/SD09/005和国内外39个参考株形成7个进化分支(基因型),CK/CH/SD09/005和2007以来几个分离株属于基因Ⅳ型,与其它6个基因型参考株S1和S2基因同源性为66%~69%和72%~81%,S1基因不仅表现广泛性点突变,而且有多处碱基插入和缺失,S2仅表现点突变。本研究结果表明CK/CH/SD09/005是一个变异株,可能是QX基因型IBV流行株与其它毒株重组进化而来,此外还涉及基因突变、插入和缺失等多种变异机制。
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新型鸭肝炎病毒分离株JFX08全基因组测定与分析
《中国兽医学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：对我国鸭病毒性肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)分离株JFX08的全基因组进行了序列测定与分析。结果表明,JFX08毒株的基因组全长为7793nt,包括652nt的5’UTR,6753nt的ORF,366nt的3’UTR以及19nt的poly(A)尾巴。JFX08毒株的ORF编码2251个氨基酸,各基因均与韩国新型毒株的氨基酸序列相似性最高,与1型DHV和台湾新型DHV的序列相似性均较低。其中VP1较1型DHV存在2个氨基酸的插入和较多氨基酸位点的突变,高变区主要集中在180～194位和213～219位。JFX08毒株的非编码区核苷酸序列之间存在大量碱基突变和插入/缺失。多聚蛋白、VP0、VP3、VP1、2C和3D基因进化分析结果均表明,JFX08分离株与韩国新型DHV的遗传距离最近,属基因C型。
关键词： 鸭病毒性肝炎病毒(DHV) 基因组 序列分析
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利用已知植物R基因对大豆基因组抗病候选基因的预测
《中国油料作物学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：用已知的52个抗病基因的全长蛋白质序列在GenBank中对大豆(Glycine maxL.)ESTs进行tb lastn检索,得到的ESTs具备Score≥100和E-value≤10-10作为侯选的抗病基因同源ESTs(R-gene-likeESTs),利用Phrap软件进行聚类拼接,聚类后的un igene在GenBank数据库中通过B lastx来证实其可能的抗病功能。通过该方法,得到403条与抗病基因同源的ESTs,其中有33个推导编码产物含有NBS-LRR或TIR-NBS-LRR结构域;102条推导的编码产物含有LRR或PK/LRR结构域;254条推导的编码产物含有PK结构域;其它结构域有14条。证明了应用全长序列进行数据库检索的方法是一种快速高效的基因预测方法,得到的RGA数量多类型丰富,为R基因的克隆提供了一种新思路。
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改进的拟南芥CAPS标记方法
《农业生物技术学报 》 2005 CSCD
摘要：在模式植物拟南芥(A rabidopsis thaliana)的一种生态型Columbia (Col)中,存在大多数CAPS(切割扩增的多态性序列)标记的标记酶识别位点;而用于分析的酶中,只有37.5% ～47.5% 的酶在Col基因组的扩增区段存在酶识别位点,超过半数的酶在大多数CAPS 标记的开发中无作用。因此,建立了一种改进的开发CAPS 标记的方法。首先进行限制性内切酶分析,筛选出在Col基因组的扩增区段存在酶识别位点的候选酶,然后再在候选酶中筛选CA PS 标记酶;只有在候选酶中找不到CAPS标记酶时,才在其它酶中筛选。应用实验结果表明,即使不知道拟南芥的另两种生态型Landsberg erecta (Ler)和Cape Verde Is-lands(Cvi)的基因组序列,也可利用Col基因组序列开发Ler和Cvi的CAPS 标记,可节约超过50% 酶的费用。这种基于基因组的CAPS(geCA PS)方法在其它植物如水稻(O ryza sativa)和茶叶(Cam ellia sinensis)中的应用进行了讨论。
关键词： 植物 拟南芥 基因组 CAPS(切割扩增多态性序列) 分子标记 限制性内切酶
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甘薯羽状斑驳病毒分子生物学研究概况
《山东农业大学学报(自然科学版) 》 2001 北大核心 CSCD
摘要：近些年来甘薯羽状斑驳病毒 (SPFMV)分子生物学有了较深入的研究。如整个基因组的全序列、整个基因组作为一个可译框架 (ORF)的某些精细结构和特点、各个功能蛋白的结构和功能 (如蚜传机理 )、基因组组分与其它马铃薯Y病毒属 (PVY)成员的同源性比较、该病毒在PVY属病毒成员的分类地位等都有所涉及。了解这些为利用分子生物学手段对该种病毒进行鉴定、检测和加强抗SPFMV病毒基因工程的研究 ,开辟甘薯等抗病毒育种新途径具有重要意义
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