科研产出
铜绿丽金龟线粒体全基因组及其系统发育分析
《生物技术通报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：铜绿丽金龟Anomala corpulenta是一种重要的农林害虫.本文采用Illumina HiSeq X平台对其进行线粒体基因组测序,对基因组序列进行拼装、注释,并对线粒体基因组结构特征和碱基组成进行分析.基于13个蛋白质编码基因的核苷酸序列,采用最大似然法和贝叶斯法构建金龟科系统发育树.结果表明,铜绿丽金龟线粒体基因组全长为16673 bp,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段长约1074 bp的A+T富集区.基因排布与已知的其他丽金龟科昆虫完全相同,且遵循祖先模式,未发生基因重排.系统发育分析显示,丽金龟亚科的所有物种聚在同一分支,支持该亚科的单系性;异丽金龟属Anomala与彩丽金龟属Mimela的亲缘关系较其与弧丽金龟Popillia和喙丽金龟属Adoretus更近.本研究获得了第一条丽金龟亚科最大属——异丽金龟属Anomala昆虫的线粒体基因组全序列,有助于加深对丽金龟亚科线粒体基因组学和系统发育关系的理解.
关键词： 丽金龟亚科 异丽金龟属 铜绿丽金龟 线粒体基因组测序 系统发育
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大豆根腐病腐霉病原鉴定
《中国油料作物学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：大豆根腐病是一种严重危害大豆生产的世界性土传病害.大豆根腐病病原复杂,病原鉴定是防治大豆根腐病的前提和基础.2019-2020年从山东省采集大豆根腐病标样432份,采用常规组织分离法对大豆水渍状的根系进行病原菌的分离和纯化,得到了279株菌株,其中52株菌株为腐霉菌(Pythium).对这52株菌株通过形态学特征和ITS、CoxII和β-tubulin序列分析等分子生物学手段鉴定出3种腐霉菌,分别为瓜果腐霉Pythium aphanider?matum、终极腐霉Pythium ultimum和林栖腐霉Pythium sylvaticum.这3种腐霉菌的分离频率分别为:瓜果腐霉P.aphanidermatum占50%,终极腐霉P.ultimum占34.62%,林栖腐霉P.sylvaticum占15.38%,其中瓜果腐霉P.aphanidermatum为优势菌株.对这3种腐霉菌进行了致病性测定,发现3种腐霉菌均可侵染大豆,重复出大豆根腐病的症状.林栖腐霉P.sylvaticum作为大豆成株期根腐病的致病菌在国内是首次报道.研究结果为大豆根腐病的抗病育种及其防治提供了科学依据.
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印度块菌在我国东北地区的分布及其生态学意义
《食用菌学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：通过形态学观察和系统发育分析我国东北地区黑龙江省和辽宁省采集的块菌属(Tuber)标本。结果表明:该"黑块菌"在形态特征上与印度块菌(T.indicum)较为相近,在系统发育树上均位于印度块菌复合群所在的分支,但采自黑龙江省齐齐哈尔市和牡丹江市的样品分别位于不同的亚分支,辽宁省朝阳市的样品与齐齐哈尔地区的样品亲缘关系更近。结合宿主植物与地理位置等数据,本文将其定义为印度块菌的不同地理生态型。本研究是印度块菌在黑龙江省的首次发现,拓宽了对印度块菌资源分布范围的认识,对深入研究块菌属生物多样性与地理分布型及指导菌根合成、人工种植均具有较重要的科学意义。
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花生AhCDPK32基因克隆及表达载体的构建
《分子植物育种 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：利用RT-PCR方法,从花生品种"汕油21"成熟种子中克隆了钙依赖蛋白激酶(camcium-dependent protein kinase,CDPK)基因Ah CDPK32,该序列包含1 617 bp开放阅读框,共编码538个氨基酸。核苷酸序列在NCBI中进行Blast比较,结果显示与大豆Gm CDPK32(Gen Bank登录号为XM_003554131)基因同源性为87%。生物信息学分析结果,预测蛋白质分子量为60.807 k D,蛋白质等电点(PI)为6.96,蛋白质信号肽分析和疏水性分析,表明信号肽剪切可能性小,蛋白质具亲水性。我们构建了该基因超表达载体p CambiaAh CDPK32,为进一步研究该基因的功能提供了理论基础。这是第一次在花生中克隆到CDPK基因的报道。
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黄瓜NRT2基因的鉴定和特征分析
《山东农业科学 》 2016
摘要：本研究利用生物信息学方法,从黄瓜基因组中鉴定出3个NRT2基因,并对这些基因的基因组分布、结构、遗传进化和顺式元件进行了系统分析。结果显示,黄瓜的NRT2基因分别位于1号、1号和5号染色体,具有2个或3个外显子,分别与拟南芥的NRT2.4或者NRT2.5直系同源;它们都具有数个植物激素和逆境应答元件,暗示它们不仅在氮素吸收过程中具有一定功能,而且与植物逆境应答有关。该结果为进一步研究黄瓜NRT2的功能提供了线索。
关键词： 黄瓜 硝态氮转运蛋白NRT2 分子特征 系统进化 顺式元件
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黄瓜CBL基因的鉴定和特征分析
《核农学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：植物CBL基因在逆境应答及发育过程中具有重要功能。为了挖掘黄瓜CBL基因并预测CBL的功能,利用生物信息学的方法,从黄瓜基因组中鉴定出6个CBL基因,并对其染色体定位、基因结构、系统进化和顺式调控元件进行了系统分析。结果表明,黄瓜的CBL基因有2个分布在2号染色体上,4个分布在3号染色体上,外显子多为8个,编码区序列为603~759 bp。黄瓜CBL编码的蛋白存在一些保守的位点和基序。在黄瓜CBL基因的上游序列中,存在一些应答多种激素和逆境的顺式元件,且不同成员各不相同。这说明黄瓜CBL家族成员可能具有不同的生物学功能。本试验结果为进一步研究黄瓜CBL基因在逆境应答中的功能提供了科学依据。
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大豆盐胁迫相关GmNAC基因的鉴定、表达及变异分析
《作物学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：NAC基因在植物的逆境胁迫中发挥着重要作用。本研究参照水稻和拟南芥的逆境相关NAC基因,采用生物信息学方法鉴定了大豆逆境相关GmNAC基因,利用荧光定量PCR技术分析了GmNAC基因在耐盐差异的大豆品种根部、叶片的表达及其对Na Cl胁迫的应答,采用反转录PCR技术克隆了表达差异显著的GmNAC基因。结果表明,大豆GmNAC基因家族包含175个基因,其中11个基因所编码的GmNAC蛋白与水稻和拟南芥的逆境相关NAC蛋白位于同一进化分支,这些蛋白具有高度保守的NAC结构域;这11个GmNAC基因在大豆根部的表达均高于在叶片,而且在叶片和根部均受Na Cl诱导,部分基因在根部和叶片以及品种间表现出不同的表达规律;在大豆品种齐黄34、徐豆10和汾豆95中,Glyma06g11970.1存在3个同义突变和1个非同义突变,Glyma06g16440.2存在1个同义突变。
关键词： 大豆 GmNAC 进化树 NaCl处理 表达分析 序列变异
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黄瓜NRT3基因的鉴定和特征分析
《中国农学通报 》 2016 CSCD
摘要：旨在探讨黄瓜NRT3基因的遗传进化和功能,为进一步研究黄瓜NRT3基因的功能提供依据。利用生物信息学方法,从黄瓜基因组中鉴定出2个NRT3基因,并对这些基因的基因组分布、结构、遗传进化和顺式元件进行了系统分析。结果显示,黄瓜的NRT3两个基因均位于1号染色体,具有1个或者2个外显子,分别与拟南芥的NRT3.1或者NRT3.2直系同源。NRT3在瓜类作物间编码蛋白的序列非常保守,它们都具有数个植物激素和逆境应答元件,而且黄瓜和甜瓜的直系同源NRT3基因的顺式调控元件存在较大差异。本研究为进一步研究黄瓜NRT3的遗传进化和功能提供了线索。
关键词： 黄瓜 硝态氮转运蛋白3 分子特征 系统进化 顺式元件
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22种植物水孔蛋白理化性质及其结构特征的生物信息学分析
《植物生理学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：水孔蛋白(aquaporins,AQPs)是高效转运水分子的膜内在蛋白,具有丰富的多样性,在调控植物的水分关系中有重要作用。本研究采用Blast、Prot Param、Signal P和Swiss-Model等生物信息学软件,对梨、苹果、黄瓜和番茄等22种植物AQP的理化性质、蛋白结构、系统发生树和功能域等进行了分析。结果表明,AQP蛋白氨基酸长度在284~295 aa之间,理论等电点在7.67~9.30之间,主要定位于质膜上,除红叶藜外均为稳定性蛋白。二级结构由α螺旋、β折叠、无规则卷曲和延伸链等结构元件组成,空间结构高度相似,属于主要内在蛋白(MIP)家族。
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