科研产出
72个大白菜杂交种DNA指纹构建
《农业生物技术学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：生产实践中大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)杂交种的鉴定多依赖田间种植和表型鉴定,效率低、准确率不高,在分子标记研究技术越来越成熟的条件下,有必要尽快建立以分子标记技术为基础的大白菜杂交种快速、高效、精准鉴定技术.鉴于此,本研究采用86对插入/缺失(insertion/deletion,InDel)分子标记引物对40个大白菜杂交种进行普通PCR扩增和多态性检测,用Powermarker V3.25软件对检测结果进行比较分析,用MEGA7.0软件对40个杂交种进行聚类分析,通过比较每对引物在每个类群中的杂合率百分比,筛选适合不同类型大白菜杂交种DNA指纹构建的核心引物.结果显示,共得到189个多态性位点,每对引物平均可以检测出2.2个多态性位点;引物的杂合度指数介于0~0.6842,平均为0.3042;主要等位基因频率介于0.3919~1.0000,平均为0.7011;引物所能检测到的等位基因数目介于1~4个,有74对引物都只能检测到2个等位基因.聚类分析结果表明,40个杂交种基本按照产地分为进口和国产品种群,国产品种群又进一步依据抱合方式的不同分为叠抱、直筒和合抱类群;各类群之间杂合态百分比≥50%的引物数目及其在染色体上的分布差异较大.分别从各类群中筛选5对杂合态百分比≥50%且仅能检测出2个等位基因的引物组成20对核心引物,对另外32个近年来市场销售的杂交种进行PCR扩增和电泳检测,纯合位点检测结果根据迁移率大小被赋予0或1、杂合位点则被赋予H,所有核心引物按所在染色体从A01~10排列,相同染色体上的引物按其所在物理位置由小到大排列,构建了72个大白菜杂交种的DNA指纹.本研究所筛选的20对核心引物对未知新品种的DNA指纹构建具有通用性和兼容性,研究结果可为大白菜种质筛选和杂交种鉴定提供参考依据.
关键词： 大白菜 杂交种 DNA指纹 插入/缺失(InDel)标记
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基于荧光检测技术的小麦品种SSR鉴定体系的建立
《中国农业科学 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：【目的】建立基于SSR荧光标记的小麦品种DNA指纹鉴定体系,为中国小麦育成品种鉴定提供高通量技术手段。【方法】收集已定位到小麦21条染色体上的SSR标记引物,通过PCR扩增和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术,筛选在中国小麦育成品种中多态性高的标记,对筛选出的引物5′末端利用6-FAM、HEX、ROX和TAMRA 4种荧光染料之一进行标记,利用DNA分析仪对扩增产物的峰型进行评价并检测不同等位变异的扩增片段大小,选择峰型简单易读、多态性高、较均匀分布到21条染色体上的标记,确定不同位点等位变异的大小及相应的参照品种,建立基于荧光SSR标记的高通量小麦品种鉴定体系。【结果】利用2 438对SSR标记对8份植物学性状差异大的小麦育成品种进行初步筛选,共筛选出260对多态性较高、扩增稳定的SSR引物。利用上述260对引物对48份小麦品种继续进行复筛,选出130对扩增稳定、多态性高、带型好的SSR引物。对这些引物的正向5′末端分别标记6-FAM、HEX、ROX和TAMRA荧光后,利用DNA分析仪进行检测评价,最终选择了42个PCR扩增稳定、峰图简单、多态性高、连锁群分布均匀的SSR荧光标记。根据DNA分析仪检测到的每个标记的不同等位变异大小,为相应位点的不同等位变异进行了命名,并为每个等位变异选取了相应参照品种。根据每个引物标记的荧光和扩增的片段大小范围对42对引物进行合理搭配,在同一毛细管内对多个荧光标记进行检测,提高了DNA指纹数据采集效率,降低了检测成本。利用该体系对1 625份小麦育成品种进行DNA指纹数据采集,在42个位点中共检测到434个等位变异,每个位点的等位变异个数在3—23,平均10.3个;每个位点的PIC值范围为0.240—0.829,平均0.610。利用1 625份小麦育成品种DNA指纹数据,构建了中国小麦育成品种的DNA指纹数据库。【结论】筛选出42对SSR标记引物,建立了基于荧光SSR标记的小麦品种鉴定体系,可用于高通量小麦品种DNA指纹鉴定。
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大白菜高通量SSR标记鉴定体系的建立和应用
《植物遗传资源学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：大白菜是重要的蔬菜作物,准确鉴定大白菜品种对于大白菜种质资源管理、新品种测试、种子质量检测等具有重要意义。本研究从已定位到大白菜10个连锁群的205个SSR标记中,筛选出30个在连锁群上分布均匀、PCR扩增稳定、带型简单的标记,用于大白菜品种DNA指纹鉴定。对入选的引物用4种荧光染料进行了标记,利用基于毛细管电泳荧光检测的DNA分析仪对SSR扩增产物进行检测。通过比较分析2种不同型号的3台DNA分析仪的扩增片段检测数据,明确了不同DNA分析仪的检测数据间一般存在明显的系统误差。系统误差的大小取决于引物,一般在1~4 bp之间。使用扩增产物的片段长度对各SSR位点的不同等位变异进行命名。通过使用一组参照品种,消除了不同批次、不同DNA分析仪型号间的系统误差,保证了检测数据的可重复性和可再现性。在此基础上,对184份大白菜品种进行了DNA分子数据采集。
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