科研产出
甘薯褪绿斑病毒山东分离物全基因组扩增及遗传进化分析
《植物病理学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为了解甘薯褪绿斑病毒（sweet potato chlorotic fleck virus, SPCFV）在山东省的发生及遗传进化情况，分别于2019年和2020年采集了131份甘薯样品，针对SPCFV进行病毒检测、全基因序列扩增、序列分析及遗传进化树构建。结果显示：SPCFV两年的检出率分别为7.1%和5.6%,所有SPCFV感染样品中皆为SPCFV与其他病毒的复合侵染。通过RACE和RT-PCR获得CFV-SD1和CFV-SD2两个全基因组序列，全长均为9 105 bp;与已报道分离物核苷酸序列一致性为72.9%～89.5%。全基因组遗传进化分析显示所有SPCFV分离物聚为两簇。且从不同样品中获得6个SPCFV山东分离物的外壳蛋白（coat protein, CP）序列，基于CP氨基酸序列开展遗传进化分析表明，山东分离物均归于亚洲类群的第一簇（Asian isolates 1）。氨基酸偏好性分析显示，CP氨基酸序列N端前35位同样存在多变区。本研究表明了山东省已成为SPCFV的常发区域，且病毒群体存在多样性，研究结果为指导SPCFV的有效防控提供了理论依据。
关键词： 甘薯褪绿斑病毒 山东省 全基因组序列 外壳蛋白 遗传进化分析
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三株新型鸭源微RNA病毒分离毒株的全基因组序列分析
《畜牧兽医学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：分离新型鸭源微RNA病毒进行全基因组测序并进行遗传进化分析。对本实验室2021年不同来源的种鸭和肉鸭病料进行PCR检测，初步确定存在一种未知分类的新型微RNA病毒感染。取病死鸭病料组织处理后接种SPF鸡胚分离病毒，设计引物对分离到的病毒进行PCR检测，通过重叠PCR方法进行全基因组扩增测序。将分离病毒各蛋白氨基酸序列两两比对，同时选取GenBank数据库中微RNA病毒代表毒株序列绘制系统进化树，并对主要蛋白P1、2C、3D序列比对分析。结果显示：共分离到三株微RNA病毒，分别命名为21101株、21016株和21075株(GenBank登录号：OQ927377～OQ927379)。基因组长度分别为7 445、7 445和7 447 bp,均包含一个编码2 141个氨基酸的开放阅读框(ORF),可划分为P1、P2、P3三个部分，符合微RNA病毒序列特征。基于全基因组序列遗传进化分析发现，三株分离病毒与本实验室前期分离的Duck/FC22/China/2017(GenBank登录号：MN102111)毒株及上海兽医研究所分离的Duck/AH15/CHN/2015(GenBank登录号：MT681985)位于同一分支，与鸭甲型肝炎病毒(Duck hepatitis A virus, DHAV)遗传距离最近。分离的三株鸭源微RNA病毒进行全基因组测序及遗传进化分析发现，与目前已知的两株微RNA毒株为同一类新型鸭源微RNA病毒。
关键词： 新型微RNA病毒 分离鉴定 基因组测序 遗传进化分析
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两株坦布苏病毒的分离鉴定及全基因组序列分析
《中国动物传染病学报 》 2023 北大核心
摘要：2019年，从山东某地疑似坦布苏病毒（TMUV）感染的发病鸭和发病鹅组织病料中进行病毒分离，并通过RT-PCR、间接免疫荧光试验以及基因序列分析，确定分离到1株鸭源和1株鹅源TMUV，并命名为BZ0162和WS12101。将分离株全基因组进行PCR分段扩增、测序，发现BZ0162和WS12101基因组全长包含10 991个核苷酸。全基因组核苷酸同源性比较结果显示，BZ0162和WS12101之间同源性是99.5%，与其他TMUV参考毒株同源性均大于95.7%。E蛋白核苷酸和氨基酸同源性分别大于95.2%和98.0%。遗传进化分析结果显示，BZ0162和WS12101与GenBank最新公布的CHN-JL中国株以及泰国株DK/TH/CU-1亲缘关系最近，处于同一进化分支上。分别成功分离到1株鸭源和1株鹅源坦布苏病毒，为进一步探究坦布苏病毒遗传变异及跨宿主传播机制提供了材料。
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一株猪流感病毒的遗传进化分析及其致病力研究
《中国预防兽医学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：为研究猪流感病毒(Swine influenza virus,SIV)A/swine/Dezhou/37/2015(H1N1)株的遗传进化和致病力,本研究对该分离株的8个基因节段进行了遗传进化分析,并接种小鼠观察临床表现及检测其肺脏的病理变化情况。结果显示:分离株HA基因的裂解位点为PSIQSR↓G,无多个连续碱性氨基酸插入,为低致病性SIV;HA、M、NA节段处于欧洲类禽H1N1分支;NP、PA、PB1、PB2节段处于2009甲型H1N1分支;NS节段处于北美三源重排分支;对小鼠致病力研究显示该毒株可感染小鼠并引起其肺脏组织病理学变化,但对小鼠无致死性。以上结果表明该分离株为一株低致病性的新型三源重排SIV。本研究为山东地区SIV的流行特点及变异情况提供了实验依据。
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山东H9N2亚型猪流感病毒的分离鉴定及遗传进化分析
《南方农业学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：【目的】了解山东省猪流感病毒(Swine influenza virus,SIV)的流行状况及其进化趋势,为有效防控山东猪流感(Swine influenza,SI)提供理论依据。【方法】从山东各地疑似发生SI的猪群中采集猪鼻拭子,接种于10日龄SPF鸡胚,盲传3代后进行病毒分离、亚型鉴定,并对八片段基因进行克隆测序及遗传进化分析。【结果】从150份猪鼻拭子中分离得到一株SIV,命名为A/Swine/LXB/1016/2012,经鉴定属于H9N2亚型。A/Swine/LXB/1016/2012(H9N2)毒株HA基因的裂解位点为VSSR/GL,无多个连续性碱基插入,属于低致病性流感病毒;而其受体结合位点与A/chicken/Heilongjiang/35/2000、A/duck/HK/168/1977、A/duck/HK/702/1979、A/duck/HK/Y439/1997、A/northernshoveler/Missouri/298/2009、A/swine/Korea/S452/2004和A/turkey/Wiaconsin/1966毒株一致,同时具有禽源流感病毒和猪源流感病毒的特征。遗传进化树分析结果也表明,A/Swine/LXB/1016/2012(H9N2)毒株与A/turkey/Wisconsin/1966、A/swine/Korea/S452/2004毒株的亲缘关系最近,可能来自相同的祖先。【结论】A/Swine/LXB/1016/2012毒株同时具有禽源流感和猪源流感的特征,推断该毒株是一株禽流感病毒向猪体适应的毒株。
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2012年山东鸡传染性支气管炎病毒分离株遗传进化和免疫保护分析
《中国兽医学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：从2012年山东省发病商品鸡群中分离鉴定了9株鸡传染性支气管炎病毒(IBV),并对其S1基因进行了序列测定和分析。遗传进化分析发现,9个IBV流行株和国内外参考毒株可分成4个基因型。其中8个IBV流行株属于以QX为代表的基因I型,而SDIB781/2012与其他8个流行株遗传距离较远,属于基因IV型。为明确现有弱毒活疫苗对IBV流行株的免疫保护效力,分别用491、2886、MA5和H120弱毒疫苗免疫3日龄SPF鸡,14d后用流行株SDIB821/2012进行攻毒。根据攻毒后试验鸡发病死亡情况,491免疫组保护率为90%;与对照组相比,2886、MA5和H120免疫组几乎没有保护效力。但是攻毒后3、5和7d各免疫组和对照组试验鸡气管、肺和肾脏组织病毒检出率没有明显差异,表明4种IB疫苗均不能有效抵抗病毒在试验鸡气管、肺脏和肾脏组织内复制。
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一例小反刍兽疫疑似病例的确诊及其遗传进化分析
《中国畜牧兽医学会2014年学术年会论文集 》 2014 CSCD
摘要：引言小反刍兽疫(PPR)是由小反刍兽疫病毒(PPRV)引起的一种小反刍兽类的急性接触性A类传染病。我国在2007年首次报道发生了该疫情,从2013年12月至2014年5月,我国有22个省(市)陆续发现疫情。截止9月3目,根据农业部兽医局最新报道该疫情尚在国内存在。有关PPR的防控目前尚无有效治疗方法,主要通过疫苗免疫的方式进行控制,未免疫的山羊和绵羊接触PPRV会导致高发病
山东新城疫病毒分离株F基因的遗传进化分析
《家畜生态学报 》 2010
摘要：应用特异性引物从山东某发病鸡场病鸡体内分离到的命名为JN09的新城疫病毒(Newcastle Disease Virus,NDV)中扩增其F基因,预计扩增片段大小为1 700 bp。RT-PCR扩增出的目的片段大小与预计扩增片段大小相符合,测序结果表明扩增片段与新城疫病毒F基因序列相符。对其F基因进行遗传进化分析,并结合山东地区近几年来的分离毒株的相关信息,着重分析该地区近年来新城疫病毒F基因的变异情况。
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