科研产出
2021-2022年山东省猪繁殖与呼吸综合征病毒分子流行病学调查
《畜牧与兽医 》 2023 北大核心
摘要：为研究2021—2022年猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）在山东地区的流行情况，从疑似发病的猪场采集了103份临床样本，采用RT-PCR方法对样品进行检测，并对阳性样品进行GP5和NSP2基因的序列测定、遗传进化分析以及同源性分析。结果显示：103份样品中检测到21份阳性样品，阳性率为20.38%。最终有5个样品能够同时扩增出GP5和NSP2基因序列，遗传进化分析显示，这5个样品中有2个属于谱系（lineage）1;2个属于lineage 5;1个属于lineage 8。各样品之间GP5基因的核苷酸同源性为81.5%～99.3%,NSP2基因的核苷酸同源性为56.9%～99.4%。本研究表明2021—2022年山东地区的PRRSV传播呈现多样性，为PRRSV毒株的遗传变异、演化分析和防控提供了理论基础。
关键词： 猪繁殖与呼吸综合征病毒 同源性 流行病学 遗传变异 进化分析
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血清4型禽腺病毒山东株基因组序列的克隆及遗传演化分析
《家禽科学 》 2020
摘要：从山东某地区发生心包积液综合征的发病鸡中收集病料,按常规方法处理后接种SPF鸡胚,分离到1株病毒,经PCR和测序分析鉴定该分离株为I群禽腺病毒、血清4型禽腺病毒,命名为FAV-SD.合成引物成功扩增病毒全基因组序列,并进行序列的测定与分析,结果表明FAV-SD株全基因组大小为43752 bp,通过hexon基因同源性比对,FAV-SD与我国今年报道的禽腺病毒血清4型同源性最高;遗传进化分析结果表明,FAV-SD分离株与我国禽腺病毒血清4型流行毒株处于同一分支,而与国外禽腺病毒血清4型毒株不在同一分支,存在遗传差异,说明中国流行的血清4型禽腺病毒具有自身地域特点.该病毒株的分离鉴定为禽腺病毒疫苗的研制奠定了基础.
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一株牛副流感病毒3型的分离鉴定及基因组序列分析
《中国病原生物学杂志 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：目的检测和分离引起山东省某规模化牛场成年牛死亡的病原体并进行系统进化树分析.方法取牛肺组织样品进行RT-PCR检测;检测阳性的样品接种MDBK细胞,经盲传3代后出现明显细胞病变再取细胞上清液经特异性引物进行RT-PCR鉴定,并进行全基因组测序.结果成功分离到1株牛副流感病毒3型,命名为SD001.序列分析表明,SD001毒株与宁夏分离株NX49(KT071671.1)同源性较高为99.7%,均属C型BPIV3.结论本研究获得的分离株为牛副流感病毒3型,与宁夏分离株NX49同源性高.为进一步开展BPIV3研究奠定了基础.
关键词： 牛副流感病毒3型 分离鉴定 细胞病变 测序 同源性
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鸡传染性支气管炎病毒S1,M和N基因遗传变异相关性
《浙江农业学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：对山东省1992—2005年分离的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)毒株的纤突蛋白(S1)、膜蛋白(M)和核衣壳蛋白(N)分别进行克隆测序,结合在GenBank中发表的其他具有S1,N和M基因的IBV参考序列,利用DNAStar软件和统计学软件SPSS8.0,对不同毒株的S1,N和M基因分别进行遗传变异和同源性相关分析。结果表明:不同毒株间S1基因与M基因核苷酸遗传变异的相关系数为0.483,S1基因与N基因核苷酸遗传变异的相关系数为0.570,M基因与N基因核苷酸遗传变异的相关系数为0.620,说明S1,M和N基因三者之间的遗传变异既有同步性又有独立性。通过S1,N基因推导的氨基酸系统进化树表明,9株山东野毒株具有较近的亲缘关系,变异方向一致,且与疫苗株的亲缘关系较远,但从M基因推导的氨基酸系统进化树分析,只有3株山东野毒株与部分疫苗株有一定的亲缘关系。由此表明,IBV存在基因重组现象。
关键词： 鸡传染性支气管炎病毒 S1基因 N基因 M基因 同源性 遗传变异 相关性
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中国水禽新城疫病毒F和HN基因的变异趋势
《畜牧兽医学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：选取中国1996-2005年的8株鹅、鸭等水禽NDV流行株,克隆其融合蛋白(F)和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因,参考GenBank中具有F和HN核苷酸全长的16株国内外NDV代表株、16株国内水禽流行株以及12株只具有F基因的水禽毒株序列,参照传统F基因分型方法,分别对F和HN基因进行分型,同时进行相关比较、核苷酸和氨基酸同源性以及系统发育分析。结果表明:16株国内外代表株F和HN基因分型基本一致,但24株水禽NDV流行株中只有15株相同,符合率为62.5%,不同占37.5%(9/24)。系统发育和同源比较发现:水禽NDV流行株HN基因高度同源,同属Ⅶ型,而F基因则分属不同的基因型。通过对24株NDVF和HN基因氨基酸全长以及进行F基因分型的F基因47-420位核苷酸的同源性相关性比较证实:F基因前47-420位核苷酸的遗传变异与F基因氨基酸全长变异密切相关,r=0.916,但与HN基因的氨基酸变异不相关,显示出NDV在演变过程中F和HN基因具有相对的独立性。水禽NDV是家禽NDV的重要储存宿主,应高度重视水禽NDV的变异。
关键词： 新城疫病毒 F基因 HN基因 同源性 遗传变异 相关性
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鸡传染性支气管炎病毒S1和N基因遗传变异的相关性
《中国兽医学报 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：对国内1992—2005年分离的IBV毒株的纤突蛋白(S1)和核衣壳蛋白(N)基因分别进行克隆测序,结合在GenBank中发表的IBV S1和N基因的序列,对其不同毒株的S1或N基因片段和全长、S1和N基因全长分别进行遗传变异的研究,利用统计学软件SPSS11.5进行同源性相关分析。结果表明:不同IBV毒株N或S1基因片段与其全长之间遗传变异高度相关,核苷酸r≥0.892,氨基酸0.854≤r≤0.968;但S1与N基因全长之间核苷酸的遗传变异相关性相对较低一些,而且有些毒株间S1基因同源性很低(r=0.645),但N基因同源性仍很高,显示每个基因变异的独立性。国内IBV疫苗株之间S1和N基因核苷酸高度同源(S1≥97.3%;N≥90.7%),而野毒株与疫苗株相比S1和N基因同源性均较低(S1≤84.3%;N≤87.1%),这也可能与常规疫苗对IBV野毒株不能有效保护有关。
关键词： 鸡传染性支气管炎病毒 S1基因 N基因 同源性 遗传变异
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新城疫病毒HN和F基因遗传变异相关性的研究
《微生物学报 》 2006 北大核心 CSCD
摘要：选取国内1999~2005年发生的NDV毒株,经CEF蚀斑纯化和SPF鸡胚增殖,对其融合蛋白(F)和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因分别进行克隆测序,结合在GenBank中发表的具有F和HN基因的NDV序列,利用DNAStar软件,对其不同毒株的F或HN基因片段和全长、F和HN基因全长分别进行遗传变异的研究,利用统计学软件SPSS8.0进行同源性相关分析。结果表明:不同NDV毒株F或HN基因片段与其全长之间,核甘酸r≥0.973,氨基酸:0.911≤r≤0.968,遗传变异高度相关,但F与HN基因全长之间核甘酸的遗传变异呈现弱相关(r=0.312)。国内NDV野毒株之间HN核甘酸高度同源(同源率97%以上),而与La Sota同源率仅为79.2%~80.7%,且显示出明显的地域性。
关键词： 新城疫病毒 F基因 HN基因 同源性 遗传变异 相关性
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鸡传染性支气管炎病毒M41、4/91及疫苗株Ma_5、H_(52)、H_(120)N基因的克隆与序列分析
《家禽科学 》 2006
摘要：参照IBVN基因序列,设计一对引物通过RT-PCR扩出IBV标准强毒株株M41,传支变异株4/91和疫苗株Ma5、H52、H120的N蛋白基因序列,基因产物大小为1.23kb。序列分析结果表明,M41株与Ma5、H52、H120的核苷酸序列推导的氨基酸序列的同源性为92.2%～92.9%,而经4/91与M41、Ma5、H52、H120的核苷酸序列推导的氨基酸序列的同源性为91.2%～92.0%,结果表明这几个毒株N基因是相对保守的。
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