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水稻干扰素相关发育调节因子的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 和亚男 1 ; 李稳 1 ; 尹俊雅 1 ; 谢先芝 1 ;

作者机构： 1.山东省水稻研究所

关键词： 水稻;IFRD;基因家族;生物信息学分析

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2021 年 007 期

页码： 2089-2096

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 干扰素相关发育调节因子（interferon-related20developmental20regulator20factor,20IFRD）在动物中有较深入研究,参与动物细胞发育和分化及多种疾病的发生,但是在植物中研究较少。为了挖掘植物IFRD基因的功能,本研究对禾本科模式作物水稻IFRD基因家族成员进行了系统的生物信息学分析。本研究鉴定得到5个水稻IFRD基因家族成员,分布在4条染色体上,根据进化树把它们分为2个亚家族,不同亚家族成员具有不同的基因组结构、蛋白质保守基序和表达模式。高温、盐胁迫处理后的转录组测序分析结果显示,该基因家族成员（OsIFRD3,20OsIFRD4）对逆境的响应变化差异显著;蛋白质相互作用分析结果显示水稻IFRDs可能与mRNA可变剪接因子、甲硫氨酰t20RNA合成酶、rRNA加工蛋白相互作用;启动子分析显示水稻IFRD启动子具有非生物胁迫和植物激素响应元件。综上表明水稻IFRD基因家族可能通过调控m20RNA可变剪接和蛋白质的合成参与高温、盐胁迫逆境响应途径。本研究为深入解析水稻IFRD基因功能提供了重要信息。

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