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鹰嘴豆miR164基因家族的生物信息学分析及靶基因预测

文献类型: 中文期刊

作者: 于月华 1 ; 冯紫平 1 ; 郑崇珂 2 ; 倪志勇 1 ; 邱红伟 3 ; 赵勇 3 ;

作者机构: 1.新疆农业大学农学院

2.山东省农业科学院山东省水稻研究所

3.石家庄市农林科学研究院

关键词: 鹰嘴豆;miR164;靶基因

期刊名称: 分子植物育种

ISSN:

年卷期: 2021 年 005 期

页码: 1409-1414

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: miR164是植物特有的一类miRNA,参与调控植物的生长发育和对逆境胁迫的响应。为深入理解Car-miR164的功能和调控机制,本研究通过全基因组手段鉴定鹰嘴豆Car-miR164家族成员并预测靶基因功能,在PmiREN中获得Car-miR164家族5个成员的序列,通过染色体定位技术表明其位于鹰嘴豆Ca3、Ca4和Ca7三条染色体上。通过多序列比对发现Car-miR164家族5个成员的21 bp成熟序列的一致性很高,仅在5’端第13、17和21个核苷酸处存在差异。二级结构分析表明Car-miR164家族5个成员的前体序列都能形成稳定的茎环结构,成熟的miRNA序列均位于5’端。进化树分析表明水稻、拟南芥、苜蓿、大豆和鹰嘴豆中miR164家族成员主要聚为3个分支,Car-MIR164a与Mtr-MIR164j聚在一个分支,其他4个Car-MIR164聚在另外一个分支。靶基因预测表明Car-miR164家族5个成员的靶基因为鹰嘴豆NAC转录因子家族成员NAC09、NAC11和NAC57。转录组数据分析表明在鹰嘴豆8个不同组织中Car-miR164b/c/e的表达量比Car-miR164a/d高。本实验为进一步研究鹰嘴豆Car-miR164家族成员及其靶基因提供理论依据。

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