科研产出
石榴PgUFGT基因克隆及表达分析
《西北植物学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：利用RT-PCR和RACE方法,从石榴(Punica granatum L.)果皮中克隆到一个类黄酮糖基转移酶(UFGT)基因(PgUFGT)全长cDNA序列(GenBank登录号为KF841620)。PgUFGT基因编码区1 476bp,编码491个氨基酸。PgUFGT蛋白具有保守PSPG基序、UDP-糖基转移酶家族结构域和UDP-葡萄糖醛酸基/葡萄糖基转移酶保守域(UDPGT),与其他植物UFGT蛋白一致性较高;系统进化树分析结果表明,PgUFGT属于类黄酮3-O-糖基转移酶类。荧光定量qRT-PCR结果表明,PgUFGT基因在‘红宝石’和‘水晶甜’2个石榴品种的发育期内具有不同的表达模式,PgUFGT在‘红宝石’石榴中有2个转录表达高峰,而在‘水晶甜’石榴中仅有1个表达高峰,表明PgUFGT可能在2个石榴品种中具有不同的催化作用。该研究结果为进一步研究石榴果实色泽形成的分子机制奠定了基础。
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石榴果皮DHQ/SDH基因的克隆及序列分析
《江苏农业科学 》 2017 北大核心
摘要：以泰山红石榴果实为试验材料,利用逆转录PCR(RT-PCR)技术扩增出980 bp大小的中间片段,用3'c DNA末端快速扩增PCR(RACE PCR)获得DHQ/SDH基因的3'端,拼接后获得1 585 bp的c DNA片段。结果表明,该基因含有1 265 bp编码序列(CDS),编码421个氨基酸,其氨基酸序列与苹果(注册号:XP_008370537.1)、葡萄(注册号:XP_002270232.1)、白梨(注册号:XP_009335660.1)的同源性分别为82%、84%、82%;蛋白质理论分子质量为133 682.2 u,等电点为5.01,含量最丰富的氨基酸是丙氨酸(Ala)、半胱氨酸(Cys)、甘氨酸(Gly)、苏氨酸(Thr),具有DHQase I、SDH(Aro E)2个保守结构域,为亲水性蛋白;二级结构主要由无规则卷曲(31.12%)、α-螺旋(30.17%)、伸展链(24.94%)和β-转角(13.78%)组成;Gen Bank登录号为KU133479。
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2个柞蚕诱导型HSP70基因的克隆及热应激表达特征
《蚕业科学 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：研究柞蚕热休克蛋白基因在高温胁迫下的表达变化,有助于从分子水平解析柞蚕对高温的应激反应机制。采用RTPCR技术从柞蚕蛹脂肪体组织中克隆了2个热休克蛋白70基因Ap HSP70-1(Gen Bank登录号:KR821069)、Ap HSP70-2(GenBank登录号:KT225460),2个基因的开放阅读框(ORF)均为1 905 bp,编码634个氨基酸,蛋白质具有细胞质特征基序,推测为诱导型热休克蛋白,其序列N端为高度保守的ATPase功能域,C端为多肽结合功能域,是差异位点的主要分布区域。Ap HSP70-1和Ap HSP70-2蛋白之间的序列相似度为86.91%,二者与Ap HSC70蛋白序列的相似度分别为71.82%和70.14%。半定量RT-PCR检测显示,高温(43℃)诱导后柞蚕蛹脂肪体组织中Ap HSP70-1、Ap HSP70-2基因的表达量明显升高,而Ap HSC70基因的表达量变化不大;相对于Ap HSP70-2,正常环境下Ap HSP70-1在柞蚕蛹各组织中几乎不表达,但热激后被诱导表达。qRT-PCR检测高温(43℃)诱导处理后柞蚕蛹脂肪体组织中的Ap HSP70-2表达量上调了6.32倍,Ap HSP70-1的表达量上调了4.18倍。推测克隆的2个Ap HSP70基因在柞蚕应对热激胁迫的反应中发挥重要作用。
关键词： 柞蚕 热休克蛋白70 基因克隆 序列结构 高温 诱导表达
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杜梨2个MYB转录因子基因的克隆及序列分析
《果树学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆杜梨(Pyrus betulifolia Bunge)MYB家族的2个基因(Pb3RMYB和Pb4RMYB),分析其序列特征,为研究其调控的分子机制奠定基础。【方法】利用RT-PCR和RACE技术克隆杜梨Pb3RMYB和Pb4RMYB的c DNA序列全长;利用BLAST和ORF Finder对核酸序列进行分析,利用CDD、Prot Param、TMHMM、Signal P、Plant-m Ploc、SPOMA、DANMAN、MEGA6等软件对氨基酸序列进行分析。【结果】克隆得到Pb3RMYB和Pb4RMYB基因全长,Gen Bank登录号分别为KX272614和KX272615。2者均含有MYB保守结构域,二级结构均以无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-折叠为主,亚细胞定位分析表明2者均定位于细胞核中。其中,Pb3RMYB属于3R-MYB亚家族,全长2 355 bp,ORF长1 710bp,编码569个氨基酸,蛋白分子质量约为62 077.3 Da,等电点为7.08;BLAST分析表明Pb3RMYB与已报道的其他物种3RMYB具有较高的相似度。Pb4RMYB属于4R-MYB亚家族,全长3 625 bp,ORF长2 913 bp,编码970个氨基酸,蛋白分子质量约为109 600.6 Da,等电点为7.41。【结论】获得了2个杜梨MYB基因Pb3RMYB和Pb4RMYB,分别属于3RMYB和4R-MYB亚家族。
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石榴果皮DAHPS基因的克隆与生物信息学分析
《北方园艺 》 2016 北大核心
摘要：以‘泰山红’石榴果实为试材,利用RT-PCR技术克隆石榴果皮DAHPS部分基因并对其进行了生物信息学分析。结果表明:获得1 373bp的DAHPS基因cDNA片段编码393个氨基酸,其氨基酸序列与甜橙(XP_006472576.1)、白梨(XP_009372963.1)、葡萄(NP_001268096.1)、苹果(XP_008386115.1)的相似性分别为94%、93%、92%、92%;预测蛋白质理论分子量约为44kDa,等电点为9.00,具有Cys-Ser-Ala-His保守区和典型的DAHP_synthe_2超家族保守结构域,为亲水性和跨膜蛋白,不是分泌蛋白;蛋白质二级结构主要由无规则卷曲(40.97%)、α?螺旋(38.17%)、伸展链(12.47%)和β?转角(8.40%)组成。GenBank登录号为KU198932。该研究结果为揭示石榴果实中没食子酸的代谢机理奠定了理论基础。
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杜梨质膜水孔蛋白基因PbPIP1的克隆与表达分析
《植物生理学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：采用RT-PCR和RACE技术从杜梨(Pyrus betulifolia)根系中克隆得到1个质膜内在蛋白(plasma membrane intrinsic proteins,PIPs)类的水孔蛋白基因全长c DNA序列,命名为Pb PIP1。该基因全长为1 297 bp,包含1个870 bp的完整开放阅读框,编码289个氨基酸。氨基酸序列分析表明,Pb PIP1含有水孔蛋白家族高度保守的2个天冬酰胺-哺氨酸-丙氨酸基序(Asn-Pro-Ala,NPA)基序和6个跨膜区,并具有高等植物特有的PIPs高度保守序列。聚类分析表明该基因编码蛋白属于PIP1亚家族。基因表达分析结果表明,Pb PIP1在杜梨根、茎、叶中均有表达,在根中表达量最高,茎中最少。20%PEG处理时,该基因在杜梨根系中的表达水平随胁迫时间的延长先上升后降低;但在4°C低温、100 mmol·L~(-1) Na Cl处理时该基因的表达水平差异不明显。这说明Pb PIP1可能主要在杜梨根系中发挥作用,其表达丰度可能与杜梨的抗旱性密切相关。
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花生温度诱导载脂蛋白基因AhTIL1的克隆和表达研究
《生物技术通报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：温度诱导的载脂蛋白(temperature induced lipocalins,TILs)与植物在热、冷、光、氧化等胁迫下的稳定性相关,旨在克隆花生中的温度诱导的载脂蛋白基因,分析其在响应低温、高温中的作用。从花生c DNA文库中筛选到一个TIL候选基因,命名为Ah TIL1,通过PCR扩增获得了其基因组和候选启动子的序列,并利用实时定量PCR等方法检测了该基因在花生不同组织、种子不同发育时期和温度胁迫下的相对表达量。序列分析结果表明,该基因的开放阅读框(open reading frame,ORF)为558 bp,编码185个氨基酸。生物信息学分析显示,推测的Ah TIL1蛋白质相对分子质量为21.4 k D,等电点为6.78。序列比对结果显示,该蛋白氨基酸序列同其他物种TIL蛋白显示出很高的同源性。对候选启动子预测结果表明,该基因的候选启动子包含ACE、Box4、G-box、GAG-motif等与光反应相关的调控元件以及与ABA、水杨酸、赤霉素、厌氧等相关的顺式调控元件。基因芯片和RNASeq结果表明,该基因在花生的根、茎、叶、花、果针、种子中均有表达,在花中表达量最高,茎中次之,在根中表达量最低;Ah TIL1在果针入土后表达量下降,随着荚果的膨大和种子的成熟,Ah TIL1的表达量逐渐增加。实时定量PCR结果证明,Ah TIL1在高温和低温诱导3、6、12和24 h后上调表达,在48 h后表达量下降。Ah TIL1可能在花生响应低温、冷胁迫中发挥着重要的作用。
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‘鲁星’桃中10个MADS-box基因克隆和表达分析
《中国农业科学 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆‘鲁星’桃(Prunus persica var.nectarina‘Luxing’)中参与调控营养和生殖生长的MADS-box(Pp MADS)基因,研究其在不同组织器官中的表达特性,为解析该基因在花发育和果实发育及成熟过程中的功能奠定基础。【方法】利用同源比对和RT-PCR技术,克隆获得‘鲁星’桃中10个Pp MADS全长c DNA序列,并进行生物信息学相关分析;采用RT-PCR技术检测PpMADSs在茎、叶、萼片、子房、雄蕊、花瓣等组织以及花发育7个阶段和果实发育5个阶段的表达特性。【结果】测序结果显示,获得10个PpMADSs(Pp MADS11、12、19、20、21、22、28、29、30和31;Gen Bank登录号分别为KU559577、KU559578、KU559585、KU559586、KU559587、KU559588、KU559594、KU559595、KU559596和KU559597),其开放阅读框(open reading frame,ORF)分别为522、279、1 065、828、723、600、636、534、750和480 bp。进化分析表明,PpMADS11属于AP3亚组,PpMADS12是AGL17亚组,Pp MADS19属于MIKC*组,Pp MADS20、21和22同被分为Mα组,PpMADS28、29、30和31同属于Mγ组。亚细胞定位预测结果显示,10个PpMADS蛋白均定位于细胞核中。启动子分析显示,PpMADSs启动子区域含有多个顺式作用元件,包括光响应元件、防御及逆境响应元件、干旱诱导的MYB结合位点、热激响应元件、低温响应元件、真菌效应子响应元件、伤害响应元件、厌氧响应元件、GA响应元件、Auxin响应元件、Me JA响应元件、ABA响应元件、SA响应元件和乙烯响应元件。半定量RT-PCR和q RT-PCR结果显示,PpMADS11在茎、叶、萼片、子房、雄蕊、花瓣、花发育和果实发育中表达;PpMADS12在茎、叶、萼片、子房、雄蕊、花瓣和花发育中表达;Pp MADS19在萼片、雄蕊、花瓣和花发育中(苗期除外)表达;Mα组和Mγ组所有成员在茎、叶、萼片、子房、雄蕊、花瓣和花发育中均有表达,部分成员在果实发育中表达。【结论】10个PpMADS在‘鲁星’桃的营养生长以及花和果实发育过程中可能具有重要的调控作用。
关键词： ‘鲁星’桃 MADS-box 转录因子 基因克隆 表达分析
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三个小麦防御素基因的克隆及序列分析
《山东农业科学 》 2016
摘要：本试验从济麦22幼叶中克隆得到三个小麦防御素基因Ta PDF(Triticum aestivum defensin),分别命名为Ta PDF32、Ta PDF33和Ta PDF34(Gen Bank登录号分别为BT009185、BT009167和BT009022)。序列分析发现,三个防御素基因各自含有一个长度为243、249 bp和225 bp的开放阅读框(open reading frame,ORF),依次编码长度为80、82个和74个氨基酸的蛋白。成熟蛋白的分子量均约为5.5 k D,等电点均大于7,含有8个保守的Cys残基。保守结构域分析发现,Ta PDF32含有一个γ-硫堇功能结构域,Ta PDF33和Ta PDF34均含有一个Knot1功能结构域,两者均是植物防御素的典型结构域,因此这三个Ta PDF属于典型的植物防御素蛋白。SWISS-MODEL在线软件分析表明,三个Ta PDF的三级结构均由三股反平行的β-折叠和一个α-螺旋组成。系统进化分析表明,Ta PDF32、Ta PDF33的氨基酸序列与玉米、粟米的防御素相似性较高,而Ta PDF34与大豆的防御素相似性较高,但均与已经报道的小麦防御素相似性较低,表明Ta PDF32、Ta PDF33和Ta PDF34是小麦三个新的防御素蛋白。荧光定量RT-PCR分析发现,Ta PDF32、Ta PDF33基因在小麦叶片中表达量最高,种子次之,根中最低;Ta PDF34基因在叶、种子和根中的表达量基本相同。
关键词： 小麦 植物防御素 基因克隆 序列分析 组织特异性表达
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