科研产出
拟南芥和烟草幼嫩种子RNA不同提取方法的比较
《中国农学通报 》 2009 北大核心
摘要：拟南芥和烟草在植物分子生物学研究中都占有非常重要的地位,为了后续试验的顺利进行,欲探索适合提取拟南芥及烟草幼嫩种子总RNA的经济快捷的方法。采用4种方法分别对拟南芥和烟草幼嫩种子的总RNA进行了提取和分析,3种方法所提取的总RNA均能满足一般的下游操作。Trizol法提取的RNA质量低。CTAB-异丙醇法提取的总RNA产量最高,并具有提取步骤少,操作时间短,价格便宜等优点,可用于大量样品提取;百泰克试剂盒提取时间短,可在常温下操作;CTAB-LiCl法提取的总RNA基本无基因组DNA的污染,但是不利于小分子RNA的沉淀。经紫外分光光度计检测,3种方法提取的总RNAOD260/OD280均在1.80~1.97,表明蛋白质及其他有机溶剂的污染很少,OD260/OD230在2.03~2.37,表明盐类小分子的污染也较少;电泳检测28S rRNA和18S rRNA条带清晰,28S rRNA的亮度基本为18SrRNA的2倍,所提取的总RNA质量较高。将CTAB-异丙醇法提取的拟南芥总RNA用于反转录,可获得高质量的cDNA,ds cDNA清晰的分布在100~3000 bp之间。
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改进的拟南芥CAPS标记方法
《农业生物技术学报 》 2005 CSCD
摘要：在模式植物拟南芥(A rabidopsis thaliana)的一种生态型Columbia (Col)中,存在大多数CAPS(切割扩增的多态性序列)标记的标记酶识别位点;而用于分析的酶中,只有37.5% ～47.5% 的酶在Col基因组的扩增区段存在酶识别位点,超过半数的酶在大多数CAPS 标记的开发中无作用。因此,建立了一种改进的开发CAPS 标记的方法。首先进行限制性内切酶分析,筛选出在Col基因组的扩增区段存在酶识别位点的候选酶,然后再在候选酶中筛选CA PS 标记酶;只有在候选酶中找不到CAPS标记酶时,才在其它酶中筛选。应用实验结果表明,即使不知道拟南芥的另两种生态型Landsberg erecta (Ler)和Cape Verde Is-lands(Cvi)的基因组序列,也可利用Col基因组序列开发Ler和Cvi的CAPS 标记,可节约超过50% 酶的费用。这种基于基因组的CAPS(geCA PS)方法在其它植物如水稻(O ryza sativa)和茶叶(Cam ellia sinensis)中的应用进行了讨论。
关键词： 植物 拟南芥 基因组 CAPS(切割扩增多态性序列) 分子标记 限制性内切酶
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