科研产出
铜绿丽金龟线粒体全基因组及其系统发育分析
《生物技术通报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：铜绿丽金龟Anomala corpulenta是一种重要的农林害虫.本文采用Illumina HiSeq X平台对其进行线粒体基因组测序,对基因组序列进行拼装、注释,并对线粒体基因组结构特征和碱基组成进行分析.基于13个蛋白质编码基因的核苷酸序列,采用最大似然法和贝叶斯法构建金龟科系统发育树.结果表明,铜绿丽金龟线粒体基因组全长为16673 bp,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段长约1074 bp的A+T富集区.基因排布与已知的其他丽金龟科昆虫完全相同,且遵循祖先模式,未发生基因重排.系统发育分析显示,丽金龟亚科的所有物种聚在同一分支,支持该亚科的单系性;异丽金龟属Anomala与彩丽金龟属Mimela的亲缘关系较其与弧丽金龟Popillia和喙丽金龟属Adoretus更近.本研究获得了第一条丽金龟亚科最大属——异丽金龟属Anomala昆虫的线粒体基因组全序列,有助于加深对丽金龟亚科线粒体基因组学和系统发育关系的理解.
关键词： 丽金龟亚科 异丽金龟属 铜绿丽金龟 线粒体基因组测序 系统发育
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大豆根腐病腐霉病原鉴定
《中国油料作物学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：大豆根腐病是一种严重危害大豆生产的世界性土传病害.大豆根腐病病原复杂,病原鉴定是防治大豆根腐病的前提和基础.2019-2020年从山东省采集大豆根腐病标样432份,采用常规组织分离法对大豆水渍状的根系进行病原菌的分离和纯化,得到了279株菌株,其中52株菌株为腐霉菌(Pythium).对这52株菌株通过形态学特征和ITS、CoxII和β-tubulin序列分析等分子生物学手段鉴定出3种腐霉菌,分别为瓜果腐霉Pythium aphanider?matum、终极腐霉Pythium ultimum和林栖腐霉Pythium sylvaticum.这3种腐霉菌的分离频率分别为:瓜果腐霉P.aphanidermatum占50%,终极腐霉P.ultimum占34.62%,林栖腐霉P.sylvaticum占15.38%,其中瓜果腐霉P.aphanidermatum为优势菌株.对这3种腐霉菌进行了致病性测定,发现3种腐霉菌均可侵染大豆,重复出大豆根腐病的症状.林栖腐霉P.sylvaticum作为大豆成株期根腐病的致病菌在国内是首次报道.研究结果为大豆根腐病的抗病育种及其防治提供了科学依据.
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印度块菌在我国东北地区的分布及其生态学意义
《食用菌学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：通过形态学观察和系统发育分析我国东北地区黑龙江省和辽宁省采集的块菌属(Tuber)标本。结果表明:该"黑块菌"在形态特征上与印度块菌(T.indicum)较为相近,在系统发育树上均位于印度块菌复合群所在的分支,但采自黑龙江省齐齐哈尔市和牡丹江市的样品分别位于不同的亚分支,辽宁省朝阳市的样品与齐齐哈尔地区的样品亲缘关系更近。结合宿主植物与地理位置等数据,本文将其定义为印度块菌的不同地理生态型。本研究是印度块菌在黑龙江省的首次发现,拓宽了对印度块菌资源分布范围的认识,对深入研究块菌属生物多样性与地理分布型及指导菌根合成、人工种植均具有较重要的科学意义。
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花生AhCDPK32基因克隆及表达载体的构建
《分子植物育种 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：利用RT-PCR方法,从花生品种"汕油21"成熟种子中克隆了钙依赖蛋白激酶(camcium-dependent protein kinase,CDPK)基因Ah CDPK32,该序列包含1 617 bp开放阅读框,共编码538个氨基酸。核苷酸序列在NCBI中进行Blast比较,结果显示与大豆Gm CDPK32(Gen Bank登录号为XM_003554131)基因同源性为87%。生物信息学分析结果,预测蛋白质分子量为60.807 k D,蛋白质等电点(PI)为6.96,蛋白质信号肽分析和疏水性分析,表明信号肽剪切可能性小,蛋白质具亲水性。我们构建了该基因超表达载体p CambiaAh CDPK32,为进一步研究该基因的功能提供了理论基础。这是第一次在花生中克隆到CDPK基因的报道。
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大豆盐胁迫相关GmNAC基因的鉴定、表达及变异分析
《作物学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：NAC基因在植物的逆境胁迫中发挥着重要作用。本研究参照水稻和拟南芥的逆境相关NAC基因,采用生物信息学方法鉴定了大豆逆境相关GmNAC基因,利用荧光定量PCR技术分析了GmNAC基因在耐盐差异的大豆品种根部、叶片的表达及其对Na Cl胁迫的应答,采用反转录PCR技术克隆了表达差异显著的GmNAC基因。结果表明,大豆GmNAC基因家族包含175个基因,其中11个基因所编码的GmNAC蛋白与水稻和拟南芥的逆境相关NAC蛋白位于同一进化分支,这些蛋白具有高度保守的NAC结构域;这11个GmNAC基因在大豆根部的表达均高于在叶片,而且在叶片和根部均受Na Cl诱导,部分基因在根部和叶片以及品种间表现出不同的表达规律;在大豆品种齐黄34、徐豆10和汾豆95中,Glyma06g11970.1存在3个同义突变和1个非同义突变,Glyma06g16440.2存在1个同义突变。
关键词： 大豆 GmNAC 进化树 NaCl处理 表达分析 序列变异
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22种植物水孔蛋白理化性质及其结构特征的生物信息学分析
《植物生理学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：水孔蛋白(aquaporins,AQPs)是高效转运水分子的膜内在蛋白,具有丰富的多样性,在调控植物的水分关系中有重要作用。本研究采用Blast、Prot Param、Signal P和Swiss-Model等生物信息学软件,对梨、苹果、黄瓜和番茄等22种植物AQP的理化性质、蛋白结构、系统发生树和功能域等进行了分析。结果表明,AQP蛋白氨基酸长度在284~295 aa之间,理论等电点在7.67~9.30之间,主要定位于质膜上,除红叶藜外均为稳定性蛋白。二级结构由α螺旋、β折叠、无规则卷曲和延伸链等结构元件组成,空间结构高度相似,属于主要内在蛋白(MIP)家族。
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洋葱atp6基因的克隆与系统进化分析
《山东农业科学 》 2014
摘要：细胞质雄性不育(CMS)在作物遗传育种研究中占有重要地位,多种植物的细胞质雄性不育均与线粒体基因结构变异及新嵌合基因的产生有关。为探索线粒体atp6基因与洋葱CMS的关系,以13份不育系和11份保持系为材料克隆洋葱atp6基因编码序列,测序结果表明不同材料atp6基因间存在一个C/A多态性位点,该多态性位点在不育系和保持系间随机出现,而不是不育系与保持系的特征差异。蛋白质分析表明这一多态性位点的变异并未改变atp6蛋白跨膜结构。进一步的蛋白比对分析揭示了atp6蛋白在物种间有一定的保守性,特别是第IV跨膜结构域的Arg在所有物种中是高度保守的,也是H+转运所必需的。基于atp6蛋白序列的系统进化树显示细菌和病毒位于树的基部,其次是真菌、低等藻类以及原生生物,然后高等藻类、苔藓和蕨类,高等绿色开花植物处于树的顶端,单子叶植物处于树的最顶端。
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山东地区2株基因Ⅶ型新城疫病毒的全基因组测序及其序列分析
《中国兽医学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：测定了基因Ⅶ型新城疫(Newcastle disease,ND)强毒分离株Chicken/China/SD04/2011和Chicken/China/SDWF07/2011的全基因序列,将其与GenBank中已发表的29株基因Ⅶ型新城疫毒株的全基因序列进行比对,同源性在91%～97%之间。2株基因Ⅶ型分离株与中国标准强毒F48E8、国外标准强毒Herts/33及疫苗株chicken/N.Ireland/Ulster/67、B1、Clone30、LaSota、Mukteswar核苷酸序列同源性在83%～87%之间;其F蛋白前体F0裂解位点附近的氨基酸序列均为112 RRQKRF117,符合NDV强毒株的特征;与单抗1E5反应阴性,结合对各蛋白的抗原位点的分析初步推测2株病毒的抗原性可能发生了变化。
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山东省地方绵羊品种的mtDNA D-loop序列多态性及系统进化研究
《山东农业科学 》 2012
摘要：为了进一步了解山东省绵羊起源、群体遗传结构、群体遗传关系,利用线粒体DNA(mtDNA)分析了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊3个地方绵羊品种(群体)的遗传多样性和起源进化。通过PCR和测序技术测定了3个绵羊群体82个个体的线粒体D-loop 1182 bp全序列,采用DnaSP 5.0进行多态性分析,并利用MEGA 5.05的邻接法(NJ)构建系统发育树。结果显示,3个绵羊群体mtDNA D-loop碱基组成:A、T、G、C平均含量分别为32.88%、29.33%1、8.28%、19.50%,A+T含量明显高于G+C含量;碱基突变以转换为主,说明绵羊线粒体碱基替换存在转换偏倚现象。mtDNA D-loop区的核苷酸多样度分别为0.03240、0.02455和0.03172;单倍型多样度分别为0.9710、.728和0.932,表明小尾寒羊和洼地绵羊mtDNA D-loop区具有较高的多态性,遗传资源相当丰富,大尾寒羊相对较低,需要加强资源保护。构建的NJ系统发育树表明3,个绵羊品种内、品种间存在基因交流,品种间存在共同的起源。
关键词： 绵羊 mtDNA D-loop 遗传多样性 系统进化
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依据锌指基因内含子序列构建羊、牛种系发生树的研究
《黑龙江畜牧兽医 》 2011 北大核心
摘要：为了研究绵羊和山羊的分歧时间,试验采用PCR方法扩增并克隆测定了大尾寒羊、小尾寒羊、鲁北白山羊、波尔山羊Zfy和Zfx基因最后一个内含子部分片段,结合已发表的欧洲牛的相应序列构建了3种反刍动物种系发生树。结果表明:(1)Zfy基因内含子具有独特遗传特征,可应用种属水平以上的分类阶元的种系发生分析,是研究反刍动物系统进化很有前途的遗传标记;(2)Zfx基因片段可应用于亚科级的分类阶元种系发生分析;(3)依据Zfy基因与Zfx基因的进化速率估算绵羊与山羊的分歧时间分别为200万年、280万年,原则认为Zfy/Zfx基因的最后一个内含子可用于分化时间在200万年以上的系统分化研究。
