科研产出
1株基因重组猪繁殖与呼吸综合征病毒的新型变异和遗传进化分析
《中国兽医学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：对山东省某地区初诊为猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproduction and respiatory syndrome,PRRS)的猪病料采用RT-PCR进行鉴定,获得1株PRRSV并命名为SD18.对该分离株的第2代细胞培养毒株进行全基因组测序,与其他参考毒株比较同源性并构建遗传进化树.结果显示,SD18毒株属于美洲型高致病性PRRSV变异株,该毒株Nsp2基因具有31个不连续的氨基酸缺失,已明显区别于以JXA1、HUN4、TJ株等为代表的30个不连续缺失高致病性分离株,其中第830位氨基酸位点是最新发现的缺失氨基酸.同时,该毒株的ORF3基因第17位插入1个丝氨酸(S),而ORF5基因编码的第13位和第151位氨基酸均为具有强毒特性的精氨酸(R),第137位则插入了具有野毒特性的丝氨酸(S),这4个氨基酸位点也表现出不同于以往高致病性毒株变异的特征.采用基因重组分析软件RDP4分析表明,该新型缺失株的多个部位发生了基因重组;SD18毒株病毒以美洲经典毒株VR2332作为重组的主要亲本毒株,疫苗株JXA1-R和新型毒株NADC30-like提供重组片段,多数重组变化集中在Nsp2蛋白区域,在非结构蛋白和次要蛋白区域也可见部分重组变化.本研究为深入探索PRRSV的遗传变异规律及相关生物学特性研究积累了数据.综合分析表明,山东地区SD18分离株Nsp2、GP3、GP5相应氨基酸均出现了较大变异,特别是Nsp2出现一个新的氨基酸缺失,可能是该毒株形成了一个新的独立变异分支的重要原因;这些变异也提示该分离毒株在病毒编码蛋白及其免疫原性等方面出现了较大变化.该病毒株的成功分离鉴定与遗传进化分析为PRRSV衍化及流行病学调查积累了最新数据,也为预防控制该病提供参考.
关键词： 猪繁殖与呼吸综合征病毒 变异毒株 遗传衍化 Nsp2基因 基因重组
全文链接
请求原文
山东及周边部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒的变异与遗传演化分析
《畜牧兽医学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为了解中国山东及周边部分地区自2017年以来猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株的分子流行病学特征、基因组变化规律,作者收集来自山东省、河南省和江苏省的部分猪场采集及送检的疑似PRRS症状猪组织样品70份,利用RT-PCR方法对其进行PRRSV检测。对部分阳性病料中PRRSV的基因重组、决定中国高致病性PRRSV(HP-PRRSV)致病性和复制力的Nsp9第561、586和592位氨基酸等进行分析,以探明该区域PRRSV的遗传演化规律。结果显示,PRRSV检出率为55.7%,从上述样品筛选11株PRRSV分离株。Nsp2序列分析显示,与经典美洲毒株VR-2332相比,7株PRRSV分离株的Nsp2蛋白分别在第481及533-561位发生了30个氨基酸的不连续缺失,这与我国自2006年以来流行的HP-PRRSV的缺失特征相同;2株PRRSV分离株的Nsp2蛋白在481、533-561及595-597位发生了三个部位的共33个不连续氨基酸的缺失;2株PRRSV分离株的Nsp2蛋白在475-518及533-561位出现了两个部位的共73个不连续氨基酸的缺失。该研究中PRRSV分离毒株的Nsp2基因已发生了明显的新型缺失。采用基因重组分析软件RDP4分析显示,以上后4株新型缺失株存在较大的基因重组,且重组部位和重组片段数量不相同;4株病毒均以高致病性毒株JXA1作为重组的主要亲本毒株,多数重组变化集中在Nsp2蛋白区域,在其他非结构蛋白和次要蛋白区域也可见部分重组变化。另外,Nsp9第561、586和592位氨基酸变异分析显示,该4株病毒在上述三个氨基酸位点与中国HP-PRRSV相符。本研究为深入探索PRRSV的遗传变异规律及相关生物学特性研究积累了数据。
关键词： 猪繁殖与呼吸综合征病毒 Nsp2基因 Nsp9基因 新型缺失 基因重组
全文链接
请求原文
甲流重组犬流感病毒的小鼠致病性研究
《中国动物传染病学报 》 2017 北大核心
摘要：本研究通过建立犬流感病毒(Canine influenza virus,CIV)感染BALB/c小鼠模型,探索新发现的甲流重组CIVs对小鼠的致病性。我们采用9株H1N1和1株H3N2甲流重组CIVs,以106 TCID_(50)/mL的剂量滴鼻攻毒10组小鼠。结果表明:感染后4 d小鼠体重均有一定程度的下降,其中A/Canine/Guangxi/LZ56/2015(H1N1)(简称LZ56)组的小鼠体重下降最为明显(P<0.5),其存活率为77.78%;通过TCID_(50)测定发现10株甲流重组CIVs均能在小鼠的鼻窦和肺脏复制,以LZ56组的复制滴度最高,分别达到107.3 TCID_(50)/mL和10~(5.3) TCID_(50)/mL;肺脏病理切片观察发现LZ36、LZ45、LZ56和QZ5组出现不同程度病变,以支气管上皮细胞坏死脱落,肺泡壁增厚,肺泡腔以及支气管内有大量的弥漫性浸润的单核细胞为主要特征。结果表明,新型重组CIVs均能感染BALB/c小鼠,并能在小鼠体内较好复制,甚至致死,一旦这些新型CIVs以犬为中间宿主传播给人,势必对人类健康构成重大威胁。因此,加强对CIVs的监测将为防控人流感大暴发提供提前预警。
全文链接
请求原文
基于全基因组序列的黄瓜绿斑驳花叶病毒重组和系统发育分析
《植物病理学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：通过RT-PCR扩增了黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)济南分离物(CGMMV-JN)的基因组片段。序列测定结果表明CGMMV-JN基因组全长6 424核苷酸(nt),5'-和3'-UTR分别为60和176 nt,含有4个ORF,分别编码129 kDa和186 kDa复制酶相关蛋白、29 kDa移动蛋白及17.4 kDa外壳蛋白。CGMMV-JN与另外29个CGMMV分离物全基因组核苷酸序列一致率为90.0%~99.7%。重组分析发现韩国KOM(AF417243)、以色列EC(KF155231)、印度(DQ767631)和我国河北的CHB(KJ658958)4个分离物在RdRp编码区存在重组。系统发育分析结果表明,这些分离物可分成3个组。选择压力分析结果表明cp基因处于正选择,其它基因处于负选择。本文研究的结果为黄瓜绿斑驳花叶病毒的监测及防控提供了理论依据。
关键词： 黄瓜绿斑驳花叶病毒 重组 系统发育分析 全基因组序列
全文链接
请求原文
首页上一页1下一页尾页
