NCBI和cDNA文库中栽培花生EST-SSR分子标记的开发及其特点(英文)

王金彦; 潘丽娟; 杨庆利; 禹山林; 《分子植物育种 》 2009 CSCD

摘要：本研究利用NCBI的GenBank数据库中公布的花生86132条EST序列以及利用高油酸品种E12所创建的cDNA文库中的12501条EST序列,对这些序列进行前期处理,总共获得非冗余且拼接较长的singleton11260条,contig9972条。通过MISA软件分析发现两个EST库中共包含有3104个SSR位点,占到总共非冗余序列的11.08%。这些SSR位点被分成二核苷酸重复、三核苷酸重复、四核苷酸重复、五核苷酸重复、六核苷酸重复以及混合核苷酸重复等,其中三核苷酸重复占的比例最多,分别占到NCBI和cDNA文库的43.0%和56.8%,二核苷酸和五核苷酸重复占到所有重复位点的第二位和第三位,六核苷酸重复的比例最少。在所有重复基序中,AG/TC重复的数量最多,分别占到NCBI和cDNA文库的8.65%和13.42%。在三核苷酸重复中,CTT/GAA出现的频率最大,分别占到6.7%和13.42%。所有这些SSR基序的长度在4～51个之间。

关键词： 花生 EST-SSR 开发 特点 NCBI和cDNA文库