科研产出
16S rRNA基因高通量测序方法检测奶牛场常用干草表面微生物群落结构及多样性
《微生物学通报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】随着中国奶牛业的发展,干草需求量与日俱增。作为天然牧草,干草可以成为家畜传播病原体的载体。以干草表面附着物为研究对象,了解干草中细菌群落结构以及致病菌属特征。【方法】对来自6个不同奶牛场饲草舍的干草样本,应用Illumina Mi Seq高通量测序技术测定干草表面附着物细菌的16S r RNA基因V3-V4变异区序列,分析不同干草样本细菌群落组成。【结果】干草样本中的细菌在97%的相似水平下共得到OTU个数为15 416,涵盖了29门87纲144目219科323属的细菌。微生物多样性分析表明,干草样本具有很高的细菌多样性,不同样本多样性存在差异。对干草样本菌群中丰度较高的14种病原菌属进行分析,发现相较于人工种植牧草制备的干草,天然牧草制备的干草中病原菌属丰度较高。【结论】研究解析了干草样本中微生物的多样性、丰度及主要病原菌属的特征,对奶牛场疾病防控有一定指导意义。
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肉鸡气管阻塞呼吸系统细菌多样性分析
《中国兽医学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：采用第2代Miseq高通量测序方法对发病和健康鸡只的肺脏和气管内微生物进行检测,并分析各样品中菌种类别、群落组成、不同样品之间物种差异以及与疾病发生的关系。结果显示:肺脏和气管内共检测到270种细菌,它们隶属于13门23纲39目74科140属;病例气管中细菌数比肺脏高,同时也比健康气管略有增多,而多数病例肺脏内细菌数比健康肺脏少。结果表明:不同样品之间存在一定的物种差异,地域对样品中细菌组成影响较大,引发肉鸡气管阻塞的细菌病原体也存有不同,主要有支原体、大肠杆菌、志贺菌、里氏杆菌、棒状杆菌、葡萄球菌、鸟杆菌和肠球菌等;此外,所占比例较大的乳酸球菌和乳酸杆菌是益生菌。
关键词： 肉鸡气管阻塞 Miseq测序 呼吸系统 细菌多样性 群落组成
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