科研产出
基于SSR标记的山东地方鸡种遗传多样性和群体遗传结构分析
《农业生物技术学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为评估山东省地方鸡(Gallus gallus)种质资源遗传多样性现状,为山东省地方鸡种质资源管理及创新利用提供科学参考依据,本研究利用20对微卫星标记对6个山东省地方鸡种、1个培育品系以及1个省外鸡种共计480个个体进行基因分型,采用软件分析山东省地方鸡种的遗传多样性和群体遗传结构.结果表明,20个多态位点在8个群体中共检测到226个等位基因,平均每个位点11.3个,PIC为0.711.群体平均等位基因为6.625个,观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)和期望杂合度(expected heterozygosity,He)的平均值分别为0.579和0.666.分子方差分析结果显示,8个鸡群体间变异为18%,群体内变异为82%,遗传变异主要来自于群体内不同的个体间.聚类分析和主成分分析(principal coordinates analysis,PCoA)结果具有一致性,8个群体被分为3大类,济宁百日鸡(JB)、莱芜黑鸡(LH)、鲁禽鸡(LQ)、琅琊鸡(LY)、鲁西微型鸡(LL)和寿光鸡(SG)率先聚为一类,石歧杂鸡(SQ)和汶上芦花鸡(WL)均单独聚为一类.研究表明,8个群体均具有丰富的遗传多样性,分类结果与各品种地理位置分布以及相互关系基本一致,本研究为山东省地方鸡种的保护、评价及开发利用提供重要的理论依据.
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丹参基因组SSR的开发及其多态性分析
《时珍国医国药 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：目的通过开发丹参基因组SSR标记并验证其有效性,为丹参的分子标记的开发应用提供依据。方法利用Illumina-HiSeq 2000高通量测序技术对山农丹参1号(SNDS1)进行简化基因组测序,对得到的序列利用生物信息学手段进行拼接后查找开发SSR;利用PCR技术检测引物扩增效率。结果共获得2.40Gb的丹参基因组序列,设计开发重复单元长度为2～6碱基的SSR 6000多个;其中2碱基重复和3碱基重复的微卫星单元较丰富;合成600对SSR引物,在丹参上的有效扩增率达85%,经双亲和杂交子代验证其中53%以上的标记具有多态性。结论开发的基因组SSR具有较高的多态性,这在一定程度上大大丰富了在丹参上可以利用的基因组SSR标记。
关键词： 丹参 基因组SSR HiSeq 2000 微卫星 多态性
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山东省济宁青山羊群体遗传多样性分析
《山东农业科学 》 2019
摘要：为了解近年来山东省对济宁青山羊品种资源保护效果,采用微卫星DNA标记技术,对山东省境内的4个济宁青山羊群体进行了遗传多样性和遗传分化分析.结果显示:24个微卫星位点在4个群体135个个体中共检测到159个等位基因,平均每个位点6.6个;4个群体的PIC在0.6016~0.6653之间,群体的He在0.6750~0.7559之间,但是群体的Ho均低于He,LWQ最低(0.5375),JXQ最高(0.6260);群体分化系数(Fst)为0.0774,基因流(Nm)分析表明每世代4个群体间有效迁移个体数为1.8905;遗传距离和遗传相似性指数分析表明,SXQ、HHQ和JXQ群体间具有较近的亲缘关系,而与LWQ群体间遗传距离相对较远.结果表明:济宁青山羊群体遗传多样性丰富,群体间存在一定的基因交流,遗传分化水平较低,但4个群体都存在不同程度的近交,SXQ和LWQ群体的近交程度较高,所以在实际工作中,应注意扩大群体数量,避免近交衰退.
关键词： 济宁青山羊 微卫星 资源保护 遗传多样性 遗传分化
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花生杂交F_1种子真伪的分子鉴定研究
《山东农业科学 》 2018
摘要：杂交是花生新品种选育的重要环节。为选育抗病、特色的花生新品种,我们分别将抗黄曲霉的"GT-C20"与感黄曲霉的"Tifrunner"进行正反杂交、抗青枯病的"J04"和感青枯病的"J62"进行正反杂交、"潍花10号"与黑种皮花生品种"豫花29"进行杂交、大花生品种"丰花1号"与野生资源"SAAS2015ID"进行杂交。本试验利用MITE转座子和SSR标记对各杂交组合的F_1代杂交种进行真伪性检测。根据分子标记检测结果,从254粒杂交F_1中共鉴定出96粒真杂交种,真杂种率为37.79%。本研究证明分子标记可有效地对花生杂交后代进行真实性鉴定。在播种前进行真杂种的鉴定可为后续材料的种植节约时间和成本,为遗传群体构建、新品种选育等奠定基础。
关键词： 花生 分子标记 微卫星 微型反向重复转座元件 杂交种鉴定
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4个肉牛品种微卫星多态性分析
《中国畜牧兽医 》 2018 北大核心
摘要：本研究探讨了引进牛种(西门塔尔牛、利木赞牛)和山东地方黄牛(鲁西黄牛、利鲁牛)在20个微卫星位点上的多态性。试验从不同地区的种公牛站采集鲁西黄牛、利鲁牛、利木赞牛和西门塔尔牛的血液或精液样本,分别为56、27、31和30个,共计144个样本,血液样本采用Lab-Aid基因组DNA分离试剂盒提取基因组DNA,精液样本采用高盐法提取基因组DNA。利用20个微卫星标记,采用荧光标记毛细管电泳方法,对4个肉牛品种的DNA多态性进行分析,主要研究了每个群体的遗传变异指标(等位基因数、多态信息含量和杂合度)及群体间的遗传关系(F-统计量和基因流)。结果表明,肉牛基因组DNA条带整齐,无拖尾现象,质量较好,可用于本试验。20个微卫星座位中共检测到211个等位基因,平均等位基因数为10.6个。群体的平均观测杂合度在0.6147~0.7176之间,平均期望杂合度在0.6735~0.7862之间。在所有群体中各位点的多态信息含量在0.4853~0.8714之间,平均为0.7284,但在各个群体内的差异较大。近交系数及基因流分析结果表明,4个肉牛品种近交系数较低,群体间平均近交系数为0.085,每个微卫星位点的基因流均>1。总体来看,所选用的20个微卫星座位多态信息含量高,可作为有效遗传标记用于肉牛品种间遗传多样性分析。
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济宁青山羊微卫星标记多态性分析
《山东农业科学 》 2017
摘要：选择位于不同染色体上、具有较高多态性的12个微卫星标记,对济宁青山羊群体的遗传多样性进行研究。结果表明,CSRD247等12个微卫星标记共检测到97个等位基因,每个标记都检测到5个以上的等位基因,平均为8.08个,有效等位基因数为3.1957~6.2113个,基因频率最高的是CSRD247标记的235 bp片段(0.4583);12个微卫星标记多态信息含量(PIC)都在0.630以上,均为高度多态标记,遗传多样性丰富,其中SRCRSP5标记的多态信息含量(PIC)最高,为0.828,各标记的观测杂合度在0.4286~0.9048之间,期望杂合度在0.5981~0.8397之间,平均期望杂合度为0.7574,属于高度杂合标记和高度杂合品种,遗传变异大。本研究可为济宁青山羊品种的选种、选育及保种工作奠定基础。
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小麦抗秆锈病基因Sr33的微卫星标记
《作物学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：小麦抗秆锈病基因Sr33对强毒力小种Ug99和我国多数小麦秆锈菌小种具有良好抗性。以感病品种McNair701和来源于Tetra Canthatch/Triticum tauschii的单基因系Sr33为亲本,选用我国流行的小种34MKG,对作图群体161个F2单株及其F2:3家系进行抗性鉴定分析,利用分离群体集群分析法对位于小麦1D染色体上的57对微卫星引物进行扩增多态性筛选。获得2对在亲本及F2抗、感群体间揭示多态性的共显性标记Xbarc152和Xcfd15,位于Sr33两侧,与目标基因的遗传距离分别为2.4cM和2.1cM。
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基于微卫星标记对中国Q型烟粉虱早期入侵种群与B型烟粉虱种群的遗传结构分析(英文)
《昆虫学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：2003年首次在云南昆明发现Q型烟粉虱Bemisia tabaci(Gennadius)传入中国。随后几年时间内,它在许多省份逐年取代了B型烟粉虱种群。2008年后,Q型烟粉虱基本上成为了中国多数省份农区的优势生物型。为了进一步揭示Q型烟粉虱在中国快速扩散以及取代B型烟粉虱的遗传学基础,本研究利用11个微卫星位点分析并比较了2003年中国云南昆明Q型烟粉虱入侵种群及其他地点的11个B型入侵种群,西班牙2个Q型土著种群,以色列1个Q型入侵种群,以色列1个B型土著种群,以及西班牙、美国与澳大利亚的5个B型入侵种群的遗传结构。结果表明,中国Q型烟粉虱早期种群(云南昆明种群)可能来自于西部地中海地区。中国B型烟粉虱种群遗传多样性高于西班牙、澳大利亚、美国B型种群,中国B型可能存在多次传入或某个混合种群的再次传入。相对于原产地种群,中国Q型烟粉虱早期入侵种群与B型烟粉虱种群遗传多样性并没有明显降低,表明Q型与B型烟粉虱种群可能经历了较小的瓶颈效应或奠基者效应。中国Q型烟粉虱早期入侵种群遗传多样性高于B型烟粉虱种群,Q型烟粉虱这种较高的遗传多样性可能为其较强的生态适应性提供了遗传基础,有利于Q型烟粉虱在新的环境下快速扩散并取代B型烟粉虱。
中国高粱地方品种遗传多样性评价及中、外高粱遗传变异水平比较(英文)
《作物学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：利用32个高粱(Sorghum bicolorL.)核基因组多态性SSR(simple sequencere peats)位点,以69份国外品种为对照,对12个地区的184份中国高粱地方品种进行了遗传多样性分析。研究结果表明,中国高粱的遗传多样性明显低于国外高粱。中国高粱和国外高粱的等位基因丰度(Rs)和基因多样性(He)分别为9.81、0.629和11.52、0.745。中国高粱的遗传多样性明显低于东非(He=0.732)、北美(He=0.707)和南亚(He=0.712)高粱,与南非高粱相当(He=0.609)。不同地区中国高粱地方品种遗传变异水平存在明显差异,12个地区高粱种质等位基因丰度在3.64~4.88之间,基因多样性值在0.517~0.714之间。吉林高粱地方品种遗传变异最为丰富(He=0.714),与北美、南亚高粱相当。中国高粱与国外高粱之间遗传分化明显,而中国高粱地方品种地区间和类型间分化极弱。主成分分析(PCA)能够明显区分中外高粱种质但不能将中国高粱按地区或类型分开。分子方差分析(AMOVA)表明,中外高粱间的遗传变异占全部参试材料遗传变异的20.43%。中国高粱遗传变异主要存在于地区内材料间(占总变异91.94%)或生态区内材料间(占总变异94.97%)。在品种类型方面,中国高粱绝大部分遗传变异存在于穗型内材料间(占总变异97.93%)。本研究支持中国高粱外来说的观点。
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