基于简化基因组的花生InDel标记开发和功能解析

王娟; 刘宇; 李春娟; 闫彩霞; 赵小波; 单世华; 《植物遗传资源学报 》 2019 北大核心 CSCD

摘要：InDel在基因组中的分布密度仅次于SNP,可作为动植物群体遗传分析、分子辅助育种等研究领域的有效分子标记.花生是世界范围内重要的油料作物之一.目前,花生栽培种全基因组已经公布,为准确挖掘花生基因组信息提供了重要参考.本研究通过169份花生核心种质的GBS(Genotyping-by-sequencing)测序和比对,共获得大小分布在1~14 bp范围内的10401个InDels.染色体Arahy.16上分布的InDels最多,达741个;而在染色体Arahy.08上分布的最少,有263个.参考基因组注释信息,仅有1167个InDels分布在功能基因相关区域.经GO注释,InDel分子功能主要包括催化活性(catalytic activity)和结合(binding);生物过程主要涉及代谢过程(metabolic process)、单组织过程(single-organism process)和细胞过程(cellular process).经KEGG通路分析发现,InDels所在的基因区域的功能主要与代谢相关.本研究开发出全基因组水平的InDel标记,并做了相应功能分类和注释,为进一步分子验证和利用提供丰富的基因资源.

关键词： InDels检测 InDels分布 功能分析