文献类型： 中文期刊
作者： 王娟 1 ; 刘宇 1 ; 李春娟 1 ; 闫彩霞 1 ; 赵小波 1 ; 单世华 1 ;
作者机构： 1.山东省花生研究所
关键词： InDels检测;InDels分布;功能分析
期刊名称： 植物遗传资源学报
ISSN： 1672-1810
年卷期： 2019 年 20 卷 001 期
页码： 179-187
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： InDel在基因组中的分布密度仅次于SNP,可作为动植物群体遗传分析、分子辅助育种等研究领域的有效分子标记.花生是世界范围内重要的油料作物之一.目前,花生栽培种全基因组已经公布,为准确挖掘花生基因组信息提供了重要参考.本研究通过169份花生核心种质的GBS(Genotyping-by-sequencing)测序和比对,共获得大小分布在1~14 bp范围内的10401个InDels.染色体Arahy.16上分布的InDels最多,达741个;而在染色体Arahy.08上分布的最少,有263个.参考基因组注释信息,仅有1167个InDels分布在功能基因相关区域.经GO注释,InDel分子功能主要包括催化活性(catalytic activity)和结合(binding);生物过程主要涉及代谢过程(metabolic process)、单组织过程(single-organism process)和细胞过程(cellular process).经KEGG通路分析发现,InDels所在的基因区域的功能主要与代谢相关.本研究开发出全基因组水平的InDel标记,并做了相应功能分类和注释,为进一步分子验证和利用提供丰富的基因资源.
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