科研产出
利用WGCNA鉴定棉花抗黄萎病相关基因共表达网络
《作物学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：加权基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-expression Network Analysis, WGCNA)作为一种典型的系统生物学方法,可用来鉴定协同表达的基因模块,探索模块与目标性状之间的生物学相关性,并挖掘网络中的核心基因。黄萎病(Verticilliumwilt)可严重降低棉花(Gossypiumspp.)的产量及品质,因此研究抗病基因及抗病机制,对于棉花抗病育种工作具有重要意义。本研究以黄萎病菌侵染不同时间点的海岛棉(Gossypium barbadense)幼苗根尖转录组数据为基础,分析其差异表达基因,并选取在不同样本之间表达水平变异最大的前50%基因(共35,647个)进行WGCNA。结果表明,在黄萎病菌侵染条件下,共有22,850个基因差异表达,其中4685个为所有侵染时间点共有的差异基因。共鉴定到18个基因共表达模块,其中5个为抗黄萎病相关特异性模块(black、mediumpurple3、darkolivegreen、plum3模块分别与侵染2 h、6 h、48 h、72 h时间点正相关; mediumpurple2与侵染2 h时间点负相关)。GO和KEGG富集分析表明,特异性模块可以富集到有生物学意义的富集结果,如刺激响应、钙离子结合、黄酮类化合物合成代谢等抗逆相关通路。通过计算模块内基因的连通性,挖掘出了网络中的核心基因,功能预测表明,这些基因可能在逆境胁迫响应中发挥重要作用。本研究为进一步理解棉花抗黄萎病的分子机制、选育棉花抗病新品种提供了理论指导。
关键词： 棉花 黄萎病 加权基因共表达网络分析 核心基因
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海岛棉WRKY转录因子的全基因组鉴定及响应黄萎病菌侵染的表达分析
《植物遗传资源学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：WRKY蛋白是植物中一类重要的转录因子,其在很多生物过程中都发挥有重要作用.目前,关于海岛棉(Gossypium barbadense L.)WRKY转录因子的研究相对较少.本研究利用生物信息学方法在海岛棉基因组中鉴定出180个WRKY转录因子(GbWRKY).根据基因结构及系统进化关系,可将GbWRKY基因分为3组(I~III),II组又可细分为5个亚组(IIa~IIe).GbWRKY基因在染色体上分布不均匀.基因重复事件分析表明,全基因组复制及区段重复事件是GbWRKY基因数量增多的主要原因.表达分析发现,有61个GbWRKY基因在黄萎病菌(Verticillium dahliae)侵染条件下呈现差异表达,表明它们在黄萎病菌胁迫应答过程中发挥作用.本研究结果揭示了海岛棉WRKY转录因子的结构、进化及表达特征,为进一步研究棉花WRKY基因的功能提供了理论指导.
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不同级别黄萎病对棉花主要产量性状的影响
《山东农业科学 》 2008
摘要：田间观测了不同级别黄萎病对冀棉11号主要产量性状和种子品质的影响。结果表明,棉花黄萎病发病级别与棉花单株结铃数、籽棉和皮棉产量均呈明显的负相关性,对铃重和衣分无明显影响。黄萎病对棉种健籽率和发芽率有一定程度的影响,且随发病级别的增高,健籽率和发芽率呈下降趋势,但发病级别低的1级、2级和未发病之间差异不显著,而与发病级别高的3级和4级之间差异显著。线性分析表明,棉花主要产量性状和种子品质与黄萎病发病级别间有显著的线性相关性。结合本研究对新品种的抗性评价标准进行了讨论。
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多菌灵残留动态与荧光菌P_(32)在棉花根际定殖及防治黄萎病的关系研究
《棉花学报 》 2000 北大核心 CSCD
摘要：试验结果表明 ,多菌灵在液体培养基和不同土壤中的降解较慢 ,且对荧光菌 P32 没有不良作用 ,相反还可以促进其在棉花根际的定殖 ,1 0 μg· g- 1多菌灵的促进作用可以持续 1 1 0 d,以处理后 30 d达高峰 ,P32 数量是未用多菌灵的1 2 .89倍。用半量多菌灵和 P32 混合物处理棉种 ,结果为混合物、多菌灵、P32 盆栽防效分别为72 .7%、 50 .5%和 42 .3%,大田防效分别为79.2 %、50 .8%和 62 .3%。
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