科研产出
叠抱大白菜杂种优势利用模式分析
《扬州大学学报(农业与生命科学版) 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：小棵亲本×大棵亲本是叠抱大白菜杂种优势利用普遍采用的组配模式，但针对这一模式的理论研究尚未见报道。利用22个叠抱大白菜亲本的双列杂交设计，对6个育种基本性状的杂种优势和配合力进行分析。结果表明：小棵亲本和大棵亲本在采收期和产量（毛重和球重）的一般配合力形成了强烈反差，两者在小棵×大棵组配模式中对缩短杂种一代采收期和增加杂种一代产量分别起到关键作用；各种组配模式中，杂种一代在毛重和净重方面普遍具有正向的特殊配合力，这可进一步提高杂种一代的产量。这一研究结果有助于理解叠抱大白菜杂种优势模式形成的遗传理论基础。
关键词： 叠抱大白菜 杂种优势 配合力 完全双列杂交 重测序
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山东省主要栽培苹果基因组重测序及SNP芯片位点挖掘
《分子植物育种 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为促进苹果品种快速鉴定、种质资源评价及选择利用,本研究对山东省31个栽培苹果开展了重测序及SNP位点挖掘研究。样品DNA提取自叶片,并按照Illumina操作手册制备双端文库。经由Hiseq 4000平台对31个苹果基因组进行重测序,共产生了363 Gb的高质量序列,平均每样品12.5 Gb,这代表了苹果基因组大约15.9倍覆盖度。充分满足重测序分析及SNP位点挖掘的需要。错配率比较试验发现随着错配率逐渐升高,比对率逐渐升高至饱和。其中总比对率、成对数据比对率及单端数据比对率与错配率呈现显著相关（P<0.000 1）,均符合一元四阶方程（回归系数R2>0.99）。随着错配率提高,比对严谨度降低;基因组覆盖度逐渐升高,杂合位点准确度逐渐提高。采用两种算法所得到的位点,根据‘染色体+位点信息’作为特征值取交集,得到高可靠的单碱基SNP位点数据集:共检测到374 404个变异,平均每隔1 896个位点能够检测到一个变异,桑格验证试验准确度高达98.1%。SNP的功能注释分析结果显示在全部373 763个位点中有143 269个（38.27%）位于基因间区,25 047个（6.7%）位于基因编码区,179 426个（47.92%）位于基因上游-下游的2 kb区域。在所有编码区SNP里,有13 422个是非同义变异位点,11 625个是同义变异位点。两种SNP比率为1.15∶1。进一步利用过滤的4DTV位点,采用邻接算法构建的聚类分析结果符合山东省栽培苹果分类的趋势。
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大白菜InDels标记开发及其在剩余杂合体鉴定中的应用
《农业生物技术学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)参考基因组序列的公布及测序成本的降低为大规模开发插入/缺失(Insertion/Deletion,In Del)标记提供了可能。本研究以性状差异明显的大白菜自交系He102与06-247为亲本,开展了全基因组重测序、标记开发和验证工作。二者测序深度分别为10×和8×,经筛选共获得330 218个In Dels差异位点,出现频率为1.2个/kb,其中有11 238个差异位点位于编码区,包括5 184个差异基因,每个基因平均包含2.2个差异位点。分别以He102与06-247测序数据中筛选出的多态性In Dels位点为参照,从10条染色体上随机选择933个位点进行了PCR扩增及电泳检测验证。结果表明,测序深度对假阳性率有直接影响,以测序较深的材料中筛选到的差异位点为参照,其验证结果的假阳性率亦较高,反之则较低。本研究中以He102与06-247为参照选择In Dels位点验证的平均假阳性率分别是51.9%和22.5%。从933个位点中共筛选出593个在亲本之间实际表现为多态性的位点,这些差异位点中有375个位于编码区,是潜在的功能性标记。利用上述差异位点,检测了He102与06-247衍生的F7代重组自交系群体,明确了F7代各株系在593个位点的纯/杂合状态,为利用剩余杂合株系精细解析和精准定位大白菜耐抽薹、抗病毒、抗干烧心等重要农艺性状奠定了基础。
关键词： 大白菜 重测序 全基因组 InDels标记 剩余杂合体(RHL)
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