科研产出
2021-2022年山东省猪繁殖与呼吸综合征病毒分子流行病学调查
《畜牧与兽医 》 2023 北大核心
摘要：为研究2021—2022年猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）在山东地区的流行情况，从疑似发病的猪场采集了103份临床样本，采用RT-PCR方法对样品进行检测，并对阳性样品进行GP5和NSP2基因的序列测定、遗传进化分析以及同源性分析。结果显示：103份样品中检测到21份阳性样品，阳性率为20.38%。最终有5个样品能够同时扩增出GP5和NSP2基因序列，遗传进化分析显示，这5个样品中有2个属于谱系（lineage）1;2个属于lineage 5;1个属于lineage 8。各样品之间GP5基因的核苷酸同源性为81.5%～99.3%,NSP2基因的核苷酸同源性为56.9%～99.4%。本研究表明2021—2022年山东地区的PRRSV传播呈现多样性，为PRRSV毒株的遗传变异、演化分析和防控提供了理论基础。
关键词： 猪繁殖与呼吸综合征病毒 同源性 流行病学 遗传变异 进化分析
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"鲁保一号"菌株的鉴定和生防增效助剂筛选
《山东农业科学 》 2021
摘要：菟丝子是一类在我国广泛分布的恶性寄生杂草。"鲁保一号"是对菟丝子具有良好防效的生物菌剂。本试验克隆了"鲁保一号"菌株LSU和GAPDH基因,并进行了进化分析。结果显示,"鲁保一号"菌株为尖孢炭疽菌菟丝子专化型,能够通过菟丝子茎和吸器部位完成侵入,并形成深褐色病斑。安全性研究显示,该菌株对玉米和小麦等作物安全性较好。孢子萌发筛选试验显示,绝大多数所测助剂对该菌孢子的萌发没有影响;防效研究显示,两种助剂对"鲁保一号"菌株致病力有一定的增效作用。
关键词： 鲁保一号 进化分析 尖孢炭疽菌菟丝子专化型 致病力 农药助剂
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陆地棉蔗糖转运蛋白基因家族的鉴定及表达分析
《西北植物学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：蔗糖转运蛋白(SUT)在蔗糖从"源"到"库"的运输与分配过程中发挥着重要作用.该研究基于最新公布的陆地棉基因组数据,利用生物信息学和荧光定量PCR等方法,对陆地棉SUT基因家族进行全基因组鉴定,并对他们的表达特性进行系统分析.结果显示:(1)在陆地棉基因组中,共鉴定到18个GhSUT基因(GhSUT1-GhSUT18),他们不均匀地分布在陆地棉11条染色体上.(2)GhSUT蛋白间序列一致性很高,均具有11~12个跨膜结构域,且都定位于质膜.(3)进化关系分析表明,陆地棉GhSUT蛋白主要分布在双子叶植物特有的SUT1亚组,以及单、双子叶植物共有的SUT2亚组和SUT4亚组,其中SUT1亚组成员最多,包含8个GhSUT基因.(4)位于同一亚组的GhSUT基因具有相似的内含子-外显子分布模式,不同亚组间GhSUT基因内含子/外显子数目差异很大.(5)转录组分析表明,GhSUT基因在表达水平上存在差异,GhSUT1和GhSUT10在被检测的组织不表达,GhSUT5、GhSUT14、GhSUT7和GhSUT16在被检测的组织表达量较低,其他GhSUT基因在被检测的组织具有较高的表达水平;另外,GhSUT基因的表达具有组织特异性,其中GhSUT2和GhSUT11主要在"源"和"库"器官中表达,GhSUT6和GhSUT15主要在"库"器官中表达,而GhSUT9和GhSUT18主要在纤维中表达.(6)荧光定量PCR分析表明,GhSUT2在"源"和"库"器官中均具有较高的表达水平,GhSUT6主要在"库"器官包括根、花瓣、纤维和茎中表达,在"源"器官(叶片)中表达量很低;GhSUT18主要在纤维中特异性高表达,在其他组织表达量很低.研究表明,实验验证结果与转录组分析结果相对一致.该研究结果为进一步研究SUT家族基因的功能提供了重要的基因信息,并为棉花产量的提高和纤维品质的改良奠定了理论依据.
关键词： 蔗糖转运蛋白(SUT) 基因家族 进化分析 组织表达 陆地棉
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葡萄全基因组WRKY转录因子鉴定和分析
《黑龙江农业科学 》 2019
摘要：为鉴定和分析葡萄全基因组中WRKY家族转录因子基因,利用生物信息学的方法,分析葡萄全基因组WRKY转录因子类型、进化分析、染色体定位、基因结构、保守元件和基因表达模式。结果表明:葡萄全基因组中有56个WRKY转录因子。序列比对和系谱进化表明,分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ三个组,Ⅱ组分为Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d和Ⅱ-e五个亚组。染色体定位表明,存在串联复制和分布不均现象,但是在3号染色体上无该家族基因定位。结构域和保守元件分析都说明葡萄WRKY(VvWRKY)家族的WRKY结构域是高度保守的。葡萄叶片中基因表达模式分析表明,VvWRKY家族的部分基因参与非生物胁迫。
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甜瓜syntaxin家族基因鉴定及其对白粉病菌响应分析
《园艺学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为了揭示突触融合蛋白(syntaxin)家族基因在甜瓜抵御白粉病过程中的功能,采用生物信息学方法从甜瓜基因组序列中鉴定到17个syntaxin家族成员,这些基因不均匀地分布在9条染色体上。系统进化分析发现甜瓜17个syntaxin家族成员属于7个亚家族(SYP-1、SYP-2、SYP-3、SYP-4、SYP-5、SYP-7、SYP-8),表明不同syntaxin家族成员之间具有不同的分子功能。基因结构分析表明甜瓜syntaxin家族基因包含1～12个内含子。组织表达分析表明有10个甜瓜syntaxin家族基因组成性表达,7个基因组织特异性表达。此外,甜瓜幼苗经白粉病菌人工接种侵染之后,9个syntaxin家族基因呈现不同程度的响应,9个syntaxin家族基因与MLO家族基因共表达,推测其在甜瓜抗白粉病过程中发挥重要功能。
关键词： 甜瓜 syntaxin 进化分析 表达分析 白粉病
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大豆PEBP基因家族的初步分析
《植物遗传资源学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：磷脂酰乙醇胺结合蛋白(PEBP,phosphatidyl ethanolamine-binding protein)基因家族在动物、植物和微生物中广泛存在,在控制植物开花和种子休眠中起重要作用。本研究对大豆PEBP基因家族进行了分析,发现了27个大豆PEBP基因的候选序列,其中16个具有完整PEBP结构域的全长序列被认为是大豆Gm PEBP家族基因。Gm PEBP基因分布在9条染色体上,基因结构高度保守。通过系统发生分析,可将大豆Gm PEBP基因家族成员分为FT-like、TFL1-like和MFT-like 3个亚族,并且发现Gm PEBP家族成员数目按照大豆物种特异性的方式进行了扩张。对重复基因的Ks分析表明,绝大多数重复基因主要由5900万年前和1300万年前的大豆基因组复制所致。
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我国鸡源H9N2亚型禽流感病毒NS基因的分子进化分析
《中国人兽共患病学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：目的为了明确国内鸡群中H9N2亚型AIV中非结构蛋白(NS)基因系统进化情况,对1998-2008年间分离自发病鸡群中的14株H9N2亚型禽流感病毒(AIV)进行了非结构蛋白(NS)基因的克隆和序列测定,得到了NS1和NS2蛋白的完整编码序列。将NS核甘酸序列及推定的氨基酸序列与GenBank中已有的参考序列作比对,结果14株AIV的NS基因同源性在92.9%～99.9%,在系统进化上均属于NS基因A等位基因群中的A/Chicken/Beijing/1/1994分支。综合已有的研究结果,表明尽管A/Quail/Hongkong/G1/1997分支和A/Duck/Hongkong/Y439/1997分支的NS基因曾偶尔传入鸡群,但并未在我国鸡群中建立稳定的亚系。国内的H9亚型AIV的NS基因仅稳定存在着A/Chicken/Beijing/1/1994分支。
关键词： 禽流感病毒 H9N2亚型非结构蛋白 进化分析
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四株H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因的克隆与分子特征分析
《浙江农业学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：对分离自北方地区发病鸡群中的四株H9N2亚型禽流感病毒(AIV)进行了血凝素(HA)基因的全长扩增和序列测定。将其核苷酸序列及推定的氨基酸序列与GenBank中已有的参考序列进行比较并绘制了系统进化树。结果表明基于HA基因多个不同的核苷酸区段所做的系统发育分析结果基本一致。尽管分离时间不同,但这四株AIV的HA基因同源性很高,均属于A/DK/HK/Y280/97-like病毒。四株病毒在HA裂解位点、受体结合位点以及推测的糖基化位点的氨基酸序列均与上述亚系相似,但是其中的两株病毒由于一个核苷酸的变异,缺失了HA上298~300位的一个潜在的糖基化位点。
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A型流感病毒中国分离株PB1-F2基因进化分析
《中国农业科学 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：【目的】明确国内鸡源H9N2禽流感病毒(AIV)的PB1-F2基因分子进化特征,并进一步全面了解国内A型流感病毒(IAV)流行株的PB1-F2的流行情况。【方法】对分离自北方发病鸡群中的14株H9N2亚型AIV进行了PB1-F2基因的克隆和序列测定,并从GenBank数据库下载了禽源、猪源和人源H5N1和H9N2亚型AIV、人源和猪源H1N1和H3N2IAV的PB1基因共计337个,系统的对国内不同宿主来源的IAV的PB1-F2基因进行了分子进化分析。【结果】上述IAV的PB1-F2基因形成了6个不同的进化分支。推导的PB1-F2蛋白表现出长度的多态性,因IAV的HA类型和宿主来源的不同,其表达功能性PB1-F2蛋白的比率也存在差异。【结论】本研究明确了国内IAV的PB1-F2基因的系统进化特征,为该基因功能的研究提供了分子流行病学资料。
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7株鸭肝炎病毒分离株及疫苗株的全基因组序列测定与变异分析
《畜牧兽医学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为了分析中国鸭肝炎病毒(DHV)的遗传变异和进化关系,作者测定了中国不同地区分离的7株DHV及1株疫苗株的全基因组序列,并与公布的40株DHV序列进行比较分析。结果发现VP1变异程度较大,高变区主要集中在180-194位和213-219位;不同毒株的潜在N-糖基化位点存在较大差异。多数基因的进化分析均表现出一致的结果,测序的8个毒株均分布在同一个遗传谱系,属基因A型,与基因B型和基因C型遗传距离较远,不在同一分支上。而JYZ02株与R85952株的遗传距离最近,属同一个亚支,提示JYZ02株可能由毒株R85952演化而来。结合氨基酸序列相似性分析和代表毒株的血清交叉中和试验结果,表明近年分离并测序的上述7个毒株未发生抗原变异。从多毒株进化分析结果可以看出,血清1型DHV仍是我国流行的优势血清型。
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