科研产出
花生AhARF基因家族鉴定与表达分析
《中国油料作物学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：生长素响应因子(Auxin response factor,ARF)是生长素信号转导途径中的一类重要转录因子,在种子萌发、器官形成、果实成熟、胚胎发生等多个生长发育过程发挥作用.为了揭示花生基因组中AhARF基因家族的特征,本研究利用生物信息学方法从花生基因组中鉴定了62个花生AhARF家族基因,它们不均匀分布于除1号和11号之外的其他18条染色体上,在A和B亚基因组对应关系的染色体上数目大体相同.依据系统发生关系,62个花生AhARFs与拟南芥AtARFs家族基因共同聚在除ClassIII(仅包含拟南芥AtARFs)外的其余4个分支.共线性分析共检测到33对片段重复基因,其Ka/Ks比值均小于1,受到环境压力的纯化选择.本研究还分析了它们的理化性质、蛋白保守结构域等特征.此外,基于22个组织转录组数据,绘制了62个花生AhARF家族基因的表达模式热图.进一步应用qRT-PCR方法,分析了可能与萌发相关的4个AhARF基因(AhARF10、AhARF20、AhARF23和AhARF46)的时空表达模式.本研究可为种子萌发相关AhARF基因的挖掘与功能鉴定提供基础.
关键词： 花生 ARF基因家族 系统进化分析 蛋白保守结构域 表达分析
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红富士苹果果面酵母菌的分布及多样性分析
《江苏农业科学 》 2020 北大核心
摘要：以红富士苹果为试验材料,在烟台、威海、临沂、泰安等山东苹果主产区采集成熟健康的红富士苹果,采用稀释分离法从苹果样品果面分离纯化得到酵母菌株;依据核糖体26S D1/D2区核苷酸序列的比较结果,并结合形态学特征,得出酵母菌的分类地位,并对红富士果实表面酵母菌的多样性进行系统进化分析.结果表明,红富士果实表面蕴含丰富的酵母菌资源,分离得到163株酵母菌菌株,经鉴定属于13属20种;在分离得到的菌株中,子囊菌占优势,共分离到95株子囊菌酵母,属于6属10种,占酵母总数的58.3%;共分离得到53株担子菌酵母,属于6属9种,占酵母总数的32.5%;其余15株酵母为普鲁兰短梗霉(Aureobasidium pullulans)等,占酵母总数的9.2%.由研究结果得出,红富士果实表面酵母菌的优势属为毕赤酵母属(Pichia)(3种)、假丝酵母属(Candida)(3种)、隐球酵母属(Cryptococcus)(3种),占总酵母种数的45%.
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基因10型Ⅰ类新城疫病毒的生物学与基因组学特征
《病毒学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：2013年在新城疫病毒(NDV)的流行病学调查中,从白鹭泄殖腔棉拭子分离到1株Ⅰ类新城疫病毒,命名为SD18/13。为了进一步了解该毒株的生物学特性与基因组学特性,进行了全基因测序、交叉血凝中和试验及动物实验。结果发现分离株SD18/13基因组全长为15 198bp,F蛋白裂解位点的氨基酸组成为112-ERQER/L-117,具有典型的低致病性新城疫病毒的分子特征。F基因的系统进化显示该毒株与法国分离株teal/France/100011/2010同源性最高,属于基因10型I类新城疫病毒。交叉HI试验结果显示该毒株与疫苗株Lasota的抗原同源性为61%,与基因3型Ⅰ类新城疫病毒的抗原同源性为77%~86%。致病性实验发现,该病毒可以在SPF鸡体内较好地复制,在肝脏、腺胃、肠道、脾脏等器官均检出病毒,攻毒后48h各器官的病毒含量达到高峰,以肠道的病毒载量最高,但致病性较弱,在14d观察期内攻毒鸡无明显的临床症状;病理组织学检查发现脾脏淋巴细胞轻微坏死,肾脏充血淤血,肠道粘膜上皮细胞脱落,固有层淋巴细胞浸润增生,气管粘膜固有层轻微出血。SD18/13是我国首次检出的基因10型Ⅰ类新城疫病毒,关于其来源和分布有待于进一步监测和研究。
关键词： 新城疫病毒(NDV) 全基因组序列 系统进化分析 Ⅰ类
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南极菲尔德斯半岛土壤可培养细菌多样性分析
《极地研究 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：对中国第29次南极科学考察采自南极菲尔德斯半岛区域16个站位的土壤样品进行了细菌的分离培养。经细菌16S r DNA序列测定及系统发育分析,共鉴定得到3个门,13个属的67株细菌。其中优势门为放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria),优势属为节杆菌属(Arthrobacter)和假单胞菌属(Pseudomonas)。对受到不同外界动物因素影响的4个典型站位的土壤理化性质进行了测定,初步分析了土壤理化因子对可培养细菌群落结构的影响。结果表明在菲尔德斯半岛人活动对土壤中可培养细菌群落的影响显著区别于企鹅和海豹。研究还对产淀粉酶的菌株进行了筛选,发现8株产淀粉酶的菌株。
关键词： 南极 菲尔德斯半岛 可培养细菌 系统进化分析 土壤理化性质
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2006年至2010年山东省鸡传染性支气管炎病毒分子变异的研究
《中国预防兽医学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：为研究山东省鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的遗传变异规律,本研究2006年～2010年从山东省发病的商品鸡中分离鉴定了17株IBV,并对其S1基因、N基因和M基因分别进行RT-PCR扩增、测序及遗传进化分析。序列分析结果表明:与疫苗株H120相比,17个分离株S1蛋白的变异程度较大,存在广泛的基因突变和氨基酸替代,多数病毒株还存在氨基酸的插入;N蛋白无碱基的缺失和插入,仅存在核苷酸的突变和氨基酸的替代;M蛋白除病毒株CK/CH/SD09/005插入3个碱基外,其它16个分离株仅存在少数的碱基突变和氨基酸替代。S1基因、N基因和M基因的系统进化分析结果表明多数分离株的3个基因在进化上相对平行,与国内分离株LX4同属一个进化分支,同源性较高;分离株SDYT0605的3个基因与疫苗株H120同源性较高,可能是免疫压力下变异的疫苗株;分离株SDTA06111、SDWF0608和CK/CH/SD09/005的S1基因、N基因和M基因分属于不同的进化分支,可能发生了基因重组。本研究结果显示基因突变、插入和不同基因之间的重组是免疫压力下IBV变异的主要方式。
关键词： 鸡传染性支气管炎 S1基因 N基因 M基因 系统进化分析
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