科研产出
长穗偃麦草ThPLA基因的电子克隆和生物信息学分析
《种子 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：本研究基于长穗偃麦草高通量测序信息，利用电子克隆方法获得长穗偃麦草磷脂酶基因(ThPLA),结合生物信息学分析方法，从氨基酸理化性质、保守结构域、高级结构、亲水性/疏水性、跨膜结构域、同源性分析及功能表达等方面对该基因gDNA和编码蛋白进行了预测和分析。结果表明，ThPLA基因全长1 620 bp,编码539个氨基酸；与粗山羊草、野生二粒小麦、水稻和玉米的PLA蛋白亲缘关系最近；亚细胞定位和GO term预测ThPLA蛋白质位于叶绿体；综合基因表达预测和转录组数据结果，该基因可能在植物根部对盐胁迫做出响应。
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向日葵抗坏血酸过氧化物酶的电子克隆和生物信息学分析
《山东农业科学 》 2012
摘要：利用电子克隆技术得到长753 bp的向日葵抗坏血酸过氧化物酶(HaAPX)cDNA。通过生物信息学分析发现,HaAPX在核酸水平和蛋白质水平上都与常见物种的APX非常相似,具有极其保守的酶活作用域Peroxidase-1(-divtlsggHtl-)和Peroxidase-2(-aplmlRlawHsa-),且配体结合位点和金属结合位点完全保守。HaAPX与甘薯(Ipomoea batatas)APX亲缘关系很近,其编码蛋白由250个氨基酸组成,分子量为2.7 ku,无信号肽和跨膜区,二级结构由37.6%α-螺旋、13.2%β-折叠、9.2%β-转角和40%无规则卷曲组成,三维构象与豌豆APX的非常相似。
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