科研产出
表型组学在水稻研究中的应用
《中国水稻科学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：水稻作为重要粮食作物,其重要农艺性状的功能基因组研究是植物生物学研究的热点。植物基因型、表型和环境三者构成了遗传学研究的铁三角。随着高通量测序技术的快速发展,基因型的研究更加简单快速。然而表型研究严重滞后于基因型研究。目前传统的表型信息的获取存在所需劳动量巨大、成本高,所获取表型数据受人工主观因素影响大等诸多难题。高通量表型组学可无损、高通量、精准获取表型信息,对解决以上难题具有关键作用。本文对表型组学在水稻中的研究应用情况进行整理,为今后水稻基因组学和表型组学等多学科相结合的现代研究手段提供理论支撑。
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炭疽菌属真菌的基因组学研究进展
《山东农业科学 》 2018
摘要：炭疽菌属(Colletotrichum)真菌是一类重要的植物病原真菌,能侵染大多数种植作物,引起炭疽叶枯病和根茎腐烂病,使作物减产甚至绝产,造成严重的经济损失。对引起植物炭疽病的各个物种及其分子机制进行详尽描述和分析研究,可为植物炭疽病的防治策略研发提供重要参考依据。本文从基因组学角度,以7种与农业生产联系紧密的炭疽菌属真菌为对象,阐述了近年来炭疽菌属基因家族的扩展;并从碳水化合物活性酶类(CAZymes)、次生代谢物质(SM)和效应蛋白等三个方面进行了总结,展望了炭疽菌属真菌基因组学信息的开发与利用前景,以期利用基因组测序技术和生物信息学分析手段对该类真菌进行更深入地研究。
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桃已知MADS-box转录因子的生物信息学及花发育表达分析
《核农学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：MADS-box基因家族是研究最广泛的植物转录因子之一,参与调控植物生长和发育的多个过程。本文列举了当前已知的MADS-box(Pp MADS)基因在桃(Prunus persica)功能基因组数据库中的基本信息,对Pp MADS基因的保守结构域、进化关系、内含子与外显子、染色体定位和保守元件进行了详细分析;并利用半定量RT-PCR技术分析了其在不同花器官中和的花的不同发育阶段表达水平。结果表明,Pp MADS在桃不同花器官、花不同发育期中起重要的调控作用,为进一步筛选Pp MADS基因进行功能分析奠定相关理论基础。
苹果生长素响应因子(ARF)基因家族全基因组鉴定及表达分析
《植物生理学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：生长素响应因子(auxin response factor,ARF)基因在调控生长素响应基因和生长素信号转导途径以及其它多个生长发育过程具有重要作用。本研究利用Blast P程序比对并获得苹果ARF基因家族,通过DNAMAN 6.0、MEGA 5.0、Web Logo3、Map Inspect和MEME软件对苹果ARF基因进行分析,采用RT-PCR技术研究基因组织表达情况。结果表明,苹果基因组存在29个ARF基因,进化上可分为I、II、III、IV和V组,每组成员数目分别是4、5、10、6和4个。内含子和外显子结构分析表明,该基因家族由2~15个外显子构成。染色体分布结果显示,Md ARF基因在染色体上分布不均匀。分别鉴定出4对和2对Md ARF基因经历了串联复制和片段复制,14个Md ARF基因经历了全基因组复制。保守元件分析表明,苹果ARF基因家族DBD区域、ARF区域、III元件和IV元件结构高度保守。半定量结果表明,大多数Md ARF基因在根、茎、叶、花和果中均有表达。
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