科研产出
野生二粒小麦粒重相关基因GW2的克隆及其单倍型分析
《麦类作物学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：野生二粒小麦作为普通小麦A、B基因组供体，具有遗传类型多、变异丰富，以及粒重、粒大、抗病、耐逆等优良特性，一直是小麦遗传改良重要的种质资源和基因库。GW2(grain width 2)基因是调控水稻、小麦等谷类作物籽粒重量和宽度的关键基因，对高产育种具有重要价值。为了明确野生二粒小麦GW2基因的遗传变异，挖掘其优异单倍型，本研究克隆了野生二粒小麦的GW2基因并进行了序列特征和基因结构等分析。结果显示，在野生二粒小麦中，GW2基因具有A和B两个同源拷贝，分别命名为TdGW2-A和TdGW2-B,两者均编码一个425 aa的蛋白序列，并具有一个Ring结构域。基于公共数据库的重测序数据分析发现，野生二粒小麦、栽培二粒小麦和硬粒小麦的GW2-A/GW2-B的π值分别为0.297 239/0.332 527、0.295 072/0.296 317和0.264 839/0.198 636,推测两个同源拷贝在四倍体小麦驯化过程中均发生了遗传瓶颈效应，其B拷贝受到的瓶颈效应更强。单倍型分析发现，TdGW2-A和TdGW2-B分别具有4种单倍型；栽培二粒小麦和硬粒小麦A拷贝具有5种单倍型，B拷贝只有3种单倍型；3种四倍体小麦的GW2-A和GW2-B主要单倍型占比分别为58%/63%、65%/83%和77%/67%,暗示驯化和人工选择趋向于主要单倍型。本研究克隆了野生二粒小麦粒重基因GW2并初步分析了其在四倍体小麦中的遗传分化和单倍型，为进一步挖掘野生二粒小麦粒重优异单倍型和功能性分子标记开发奠定了基础。
全文链接
请求原文
INCENP基因功能性单倍型可调控启动子活性并影响公牛精液品质
《遗传 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：为研究内着丝粒蛋白(Inner centromere protein,INCENP)基因启动子区单核苷酸多态性(SNPs)与精液品质的相关性,本文利用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测了250头中国荷斯坦公牛INCENP基因的基因型。在INCENP基因启动子区鉴定出两个SNPs(g.-556 G>T,rs 136823901和g.-692 C>T,rs 211010999),发现了3种单倍型(CG、TT、TG)。分析两个SNP位点的基因型频率和等位基因频率,各SNP及单倍型组合与中国荷斯坦公牛精液品质的相关性,结果表明SNP位点g.-556 G>T GT基因型个体的鲜精活力显著高于GG基因型个体(P<0.05),单倍型组合H1H1(CCGG)、H1H3(CTGT)、H2H3(TTGT)和H3H3(TTTT)个体的鲜精活力和冻精解冻后活力均显著高于H1H2个体(P<0.05)。为进一步研究g.-556 G>T和g.-692 C>T影响精液品质的可能机理,本文将3种单倍型质粒分别转染小鼠睾丸间质细胞(MLTC-1),结果显示含TG单倍型的载体荧光素酶活性最高。由此推测,g.-556 G>T和g.-692 C>T为启动子区功能性突变位点,可通过调节启动子活性来调控INCENP基因表达,进而影响精液品质。
关键词： INCENP SNP 单倍型 启动子区 精液品质 基因表达
全文链接
请求原文
脂滴包被蛋白基因(PLIN)多态性与鸡胴体及脂肪性状的相关性
《农业生物技术学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：脂滴包被蛋白基因(perilipin,PLIN)对脂质代谢和脂肪沉积具有重要调控作用。为揭示PLIN基因多态性对鸡(Gallus gallus)胴体及脂肪性状的遗传效应,本研究以384只鲁禽B3系为研究材料,采用DNA测序和PCR-RFLP技术对PLIN进行多态性检测,在供试群体中检测到3个SNPs位点g.2272C>T、g.2319C>T和g.2467G>A。基于这3个SNPs位点,采用PHASE2.0软件构建了7个单倍型,其中C-C-G为最主要单倍型,频率高达71.94%;C-C-A和C-T-A单倍型频率最低,不足1%。基于7个单倍型构建了11个双倍型,H1H1频率最高,为52.60%;关联分析结果表明,双倍型对活体重、屠体重和腿肌重影响极显著(P<0.01),对腹脂重和腹脂率影响显著(P<0.05),对胸肌肌内脂肪含量有一定影响(P=0.094 9)。最小二乘分析结果表明,H1H3组合的活体重、屠体重、腿肌重、腹脂重和腹脂率最高,H4H6组次之,H6H6组合最低;H4H6组合胸肌肌内脂肪含量最高,H1H3组合最低。表明双倍型H6H6为劣势组合,在实际生产中应该去除,H4H6可以作为提高鲁禽鸡胴体性能和肉质风味的分子标记,在选育过程中应加强选择。本研究结果为PLIN基因应用于鸡分子育种提供了理论基础。
关键词： 鸡 脂滴包被蛋白基因(PLIN) 单倍型 屠宰性状 脂肪性状
全文链接
请求原文
山东省二点委夜蛾不同地理种群遗传结构
《应用生态学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：二点委夜蛾是近年来在我国黄淮海夏玉米区暴发为害的一种玉米新害虫.为了系统揭示二点委夜蛾种群在山东省的扩散途径与发生规律,本研究利用线粒体细胞色素氧化酶亚基I(mtCOI)基因对山东省12个地市的二点委夜蛾种群以及威海1个二点委夜蛾形态近似种种群进行遗传结构分析.结果表明:130条二点委夜蛾mtCOI基因(608 bp)共有24个单倍型,7条二点委夜蛾形态近似种的mtCOI基因共有2个单倍型.单倍型网络图与系统发育树显示,威海地区二点委夜蛾形态近似种与其他种群分为2大组,它们之间存在着显著遗传分化,遗传距离为0.044~0.054.AMOVA分析表明,山东省二点委夜蛾种群遗传变异主要来自组间,该地区二点委夜蛾并没有经历过种群扩张.该研究为此害虫的预测预报及防治提供了科学依据.
关键词： 二点委夜蛾 线粒体COI 单倍型 地理种群 遗传分化
全文链接
请求原文
鸡VLDLR基因多态性与蛋黄性状的关联分析
《畜牧兽医学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：本研究采用PCR-RFLP方法,检测VLDLR基因在山东地方鸡种汶上芦花鸡、济宁百日鸡和莱芜黑鸡中的多态性,并分析各多态位点不同基因型与4个蛋黄性状的相关性。结果表明,在3个供试群体中共检测到2个具有生物学意义的SNPs位点,即第6外显子8 467nt处的G→A突变(V8467)和第17内含子13 876nt处的A→G突变(V13876)。最小二乘分析结果表明,V8467对蛋黄质量有极显著影响(P<0.01),对蛋黄高度有显著影响(P<0.05);V13876对蛋黄质量有极显著影响(P<0.01),对蛋黄比率和蛋黄高度有显著影响(P<0.05);而双倍型对蛋黄质量、蛋黄比率的影响均达到极显著水平(P<0.01),对蛋黄高度的影响达到显著水平(P<0.05)。结果提示:本研究检测到的VLDLR基因的V8467和V13876多态性位点可以作为蛋黄性状的候选分子标记。
关键词： 鸡 VLDLR基因 蛋黄性状 SNPs 单倍型 PCR-RFLP
全文链接
请求原文
中国荷斯坦牛SLC11A1基因多态性与乳腺炎的相关性研究
《中国农业科学 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：【目的】通过研究中国荷斯坦牛SLC11A1基因多态性与乳腺炎性状间的相关性,为奶牛乳腺炎抗性选育提供参考。【方法】采用巢式PCR、降落PCR和DNA测序等技术,研究分析771头牛SLC11A1基因外显子10、内含子9和11的基因多态性,采用SHEsis和PHASE软件进行配对连锁不平衡和单倍型分析。【结果】发现4个不连锁的SNPs,分别为内含子9的6 067(A/G)、6 358(C/T),外显子10的7 155(A/G)和内含子11的7 809(A/T);其中,6 067(A/G)、6 358(C/T)和7 809(A/T)为新SNPs。不同基因型与乳腺炎相关性分析结果表明,SLC11A1基因的6 358(C/T)和7 155(A/G)对SCS和产奶量有显著影响(P<0.05),6 358(C/T)的CC基因型和7 155(A/G)的AA基因型是优良基因型;单倍型分析表明,群体中共发现16种单倍型组合,其中CAAA是优良的单倍型组合,其个体的SCS低、产奶量高。【结论】SLC11A1基因CAAA单倍型组合可能是奶牛SCS和产奶量的优良基因型和单倍型组合,可作为分子标记应用于奶牛乳腺炎抗性筛选。
关键词： 中国荷斯坦牛 SLC11A1基因 基因型 单倍型 乳腺炎
全文链接
请求原文
中国荷斯坦牛CXCR1基因第二外显子新SNPs与乳腺炎的关联分析
《畜牧兽医学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：通过研究中国荷斯坦牛趋化因子受体1(Chemokine(C-X-C motif)receptor1,CXCR1)基因多态性与乳腺炎间的相关性,找到对乳腺炎性状有显著影响的基因型和单倍型组合,为从遗传角度上解决奶牛乳腺炎问题提供参考。采用巢氏PCR、DNA测序和CRS-PCR-RFLP方法,对中国荷斯坦牛的CXCR1外显子2进行遗传多态性研究,分别利用SHEsis软件和PHASE软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。结果表明,找到了4个新SNPs,分别为291(C/T)、333(C/T)、337(A/G)和365(C/T)。各SNPs与中国荷斯坦牛体细胞评分(SCS)和产奶量的关联分析表明:337(A/G)和365(C/T)位点的等位基因G、C均为低SCS、高产奶量的优秀等位基因;另外,H3 H7(CCCTGGCC)单倍型杂合个体为低SCS、高产奶量的优秀单倍型组合。CXCR1基因的单倍型H3 H7(CCCTGGCC)在SCS和产奶量方面是优良的单倍型,可作为选择抗乳腺炎的分子标记。
全文链接
请求原文
中国荷斯坦牛转铁蛋白基因SNPs的检测及其与产奶性能的关系
《中国农业科学 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：【目的】筛查转铁蛋白(transferrin,Tf)基因的多态性并分析其与中国荷斯坦牛产奶和健康性状的关联性,为未来培育高产优质健康奶牛提供可用的分子标记。【方法】采用DNA测序、PCR-RFLP和CRS-PCR技术,对576头中国荷斯坦牛转铁蛋白基因的多态性进行研究,运用SAS软件分析其与乳品质和乳腺炎性状的关联性。【结果】在Tf基因5′调控区、外显子8和内含子8处发现了g.-1748G>A、g.13942T>C和g.14037A>G共3个新的SNPs;关联分析表明,g.-1748 G>A位点与305 d产奶量的相关性达到显著水平(P<0.05);g.13942T>C位点与体细胞评分显著相关,CC基因型个体体细胞评分显著高于TT和TC个体(P<0.05);g.14037A>G位点AA基因型个体305 d产奶量显著高于AG个体(P<0.05),AG基因型个体乳蛋白率显著高于GG个体(P<0.05)。共构建出8种单倍型,发现了19种单倍型组合;H4H4单倍型组合个体的乳脂率和乳蛋白率均最高;H2H5单倍型组合个体305 d产奶量最高;H3H4单倍型组合个体体细胞评分最低。【结论】Tf基因不同基因型和单倍型组合与中国荷斯坦牛产奶量、乳蛋白率和体细胞评分存在显著相关性,但与乳脂率不相关。
关键词： 中国荷斯坦牛 转铁蛋白基因 多态性 产奶性能 单倍型
全文链接
请求原文
中国荷斯坦牛白介素8受体基因编码区多态性与乳腺炎的关联分析
《中国农业科学 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：【目的】通过研究中国荷斯坦牛白介素8受体的亚基A和B(IL8RA和IL8RB)基因编码区多态性与乳腺炎的关联性,找到与乳腺炎相关SNPs,为乳腺炎抗性分子育种提供可用的分子标记。【方法】采用巢氏PCR、DNA测序和CRS-PCR-RFLP方法,对中国荷斯坦牛的IL8RA和IL8RB编码区的遗传多态性进行了研究,分别利用SHEsis软件和PHASE软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。【结果】找到了8个SNPs,其中5个为新SNPs,分别为IL8RA的980(G/A)、995(G/A)和1008(C/T)和IL8RB的938(C/T)、959(C/T),这8个位点均不连锁。对IL8RA和IL8RB的单倍型分析发现,单倍型频率大于0.01的有15种。各SNPs与中国荷斯坦牛体细胞评分(SCS)和产奶量的关联分析表明,IL8RA735(C/G)、816(C/A)、819(A/G)位点与SCS、产奶量相关,IL8RA的735(C/G)、816(C/A)、819(A/G)位点的C、C、G等位基因和IL8RB的938(C/T)、959(C/T)位点的T等位基因均为低SCS、高产奶量的优秀等位基因。另外,IL8RA的CCGAAC单倍型纯合个体的SCS极显著低于CAGGGT和GCAGGC单倍型纯合个体(P<0.01),而其305d产奶量极显著高于另外两种单倍型纯合子;IL8RBCT单倍型纯合个体的SCS显著低于CC、TC和TT单倍型个体,其305d产奶量显著或极显著高于其余3种单倍型。【结论】IL8RA和IL8RB的单倍型CCGAAC和CT在SCS和产奶量方面是优良的单倍型,可作为选择抗乳腺炎的分子标记。
关键词： 中国荷斯坦牛 白介素8受体基因 单倍型 优良等位基因 乳腺炎抗性
全文链接
请求原文
优质鸡MEF2A基因的SNPs检测及其与屠体性状的相关研究
《畜牧兽医学报 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为了解优质鸡MEF2A基因SNPs与屠体性状的相关性,以240只大恒优质肉鸡为材料,应用12对引物,采用PCR-SSCP技术对肌细胞特异性增强子因子2A(MEF2A)基因进行多态性检测。结果在该研究群体中检测到MEF2A基因的3个SNPs位点46 023 nt(C→T,SNP1)、72 626 nt(G→A,SNP2)和89 232 nt(G→T,SNP3)。关联分析结果表明,MEF2A基因3个SNPs位点及其双倍型对部分屠体性状有显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)影响。最小二乘分析结果表明,SNP1中,基因型A2A2个体的活体质量、屠体质量、胸肌质量和腹脂质量最小二乘均值显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)大于A1A1个体;SNP2中,基因型B1B1个体的活体质量、屠体质量、胸肌质量、腿肌质量和腹脂质量的最小二乘均值显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)大于B2B2个体;SNP3中的基因型C1C1个体的半净膛率显著高于基因型C2C2个体(P<0.05)。双倍型H1H2组合的活体质量、屠体质量、胸肌质量和腿肌质量的最小二乘均值均高于其他双倍型组合。H5H5双倍型的活体质量、屠体质量和胸肌质量的最小二乘均值均为最低。初步推断MEF2A基因可以作为影响鸡屠体性状的分子标记。
全文链接
请求原文
