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黄瓜全基因组SnRK2基因的鉴定和序列特征分析

文献类型： 中文期刊

作者： 李利斌 1 ; 曹齐卫 1 ; 张允楠 2 ; 孙小镭 1 ;

作者机构： 1.山东省农业科学院蔬菜花卉研究所/山东省设施蔬菜生物学重点实验室/国家蔬菜改良中心山东分中心

2.山东农业大学园艺科学与工程学院

关键词： 黄瓜;蔗糖非发酵因子1相关蛋白激酶2;基因组分布;遗传进化;序列特征分析

期刊名称： 核农学报

ISSN： 1000-8551

年卷期： 2014 年 28 卷 05 期

页码： 59-66

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 植物SnRK2基因在逆境应答和ABA信号转导及生长发育过程中具有重要功能。但是有关黄瓜(cucumis satovus L.)SnRK2全基因组水平的研究鲜见报道。本文利用生物信息学的方法从黄瓜基因组中鉴定出9个SnRK2基因,并对这些基因的染色体分布、内含子-外显子结构、系统进化、顺式调控元件等进行了系统分析。结果显示,黄瓜的SnRK2基因不均匀地的分布在基因组中,它们的外显子多数为9,编码区序列长度在909-1140bp之间。它们在遗传上分为3个不同的类群,预测编码的蛋白都具有激酶的典型结构。而且,在SnRK2基因上游调控序列中都含有多个不同激素和逆境应答顺式元件,预示它们在逆境应答和激素信号转导过程中具有一定功能。本文为进一步研究黄瓜SnRK2基因在逆境和激素应答中的功能奠定了基础。

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