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陆地棉KFB基因家族全基因组鉴定与表达分析

文献类型： 中文期刊

作者： 陈鹏云 1 ; 张景霞 2 ; 陈煜 2 ; 刘国栋 2 ; 张传云 2 ; 王芙蓉 2 ; 刘志 1 ; 张军 2 ;

作者机构： 1.湖南农业大学生物科学技术学院

2.农业部黄淮海棉花遗传改良与栽培生理重点实验室/山东棉花研究中心

关键词： 陆地棉;KFB基因家族;生物信息学;基因表达

期刊名称： 棉花学报

ISSN： 1002-7807

年卷期： 2017 年 29 卷 03 期

页码： 222-232

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】KFB(Kelch containing F-box protein)是普遍存在于各种生物体中含有F-box结构域的一类家族蛋白,参与众多生物过程。本研究旨在开展陆地棉KFB家族基因鉴定和表达分析。【方法】利用生物信息学方法从陆地棉(TM-1)基因组中鉴定KFB家族成员,与已知的拟南芥、水稻、大豆等KFB蛋白序列构建系统进化树;进一步针对第Ⅱ亚族进行基因结构、染色体定位和表达分析。【结果】从陆地棉基因组共鉴定出150个KFB家族成员,进化分析表明这些基因可分为7个亚族。陆地棉KFB第Ⅱ亚族24个基因分布在14条染色体上,有9对直系同源基因;该亚族基因结构简单,半数基因只有1个外显子;qRT-PCR结果表明,该亚族基因具有较为广泛的组织表达模式,但在不同组织的表达存在差异。【结论】这些结果显示陆地棉KFB第Ⅱ亚族基因在进化过程中出现了功能分化。

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