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NCBI和eDNA文库中栽培花生EST-SSR分子标记的开发及其特点

文献类型： 中文期刊

作者： 王金彦 1 ; 潘丽娟 1 ; 杨庆利 1 ; 禹山林 1 ;

作者机构： 1.山东省花生研究所

关键词： 花生;EST―SSR;开发;特点;NCBI和eDNA文库

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2009 年 007 卷 004 期

页码： 806-810

收录情况： CSCD

摘要： 本研究利用NCBI的GenBank数据库中公布的花生86132条EST序列以及利用高油酸品种E12所创建的cDNA文库中的12501条EST序列,对这些序列进行前期处理,总共获得非冗余且拼接较长的singleton 11 260条,contig9972条.通过MISA软件分析发现两个EST库中共包含有3104个SSR位点,占到总共非冗余序列的11.08％.这些SSR位点被分成二核苷酸重复、三核苷酸重复、四核苷酸重复、五核苷酸重复、六核苷酸重复以及混合核苷酸重复等,其中三核苷酸重复占的比例最多,分别占到NCBI和eDNA文库的43.0％和56.8％,二核苷酸和五核苷酸重复占到所有重复位点的第二位和第三位,六核苷酸重复的比例最少.在所有重复基序中,AG/TC重复的数量最多,分别占到NCBI和cDNA文库的8.65％和13.42％.在三核苷酸重复中,CTT/GAA出现的频率最大,分别占到6.7％和13.42％.所有这些SSR基序的长度在4~51个之间.

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[1]NCBI和cDNA文库中栽培花生EST-SSR分子标记的开发及其特点(英文). 王金彦,潘丽娟,杨庆利,禹山林. 2009

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