基于基因组信息的大蒲莲猪遗传多样性和群体结构变化分析

张鑫; 张婷; 王怀中; 杨晴; 高世超; 王彦平; 王继英; 《农业生物技术学报 》 2024 北大核心 CSCD

摘要：由于系谱错误、留种不均衡和杂种个体混入等原因，地方猪保种过程中可能会出现群体近交系数增速过快、个体间亲缘关系不明等问题。为分析大蒲莲猪（Sus scrofa）保种群的遗传多样性和群体结构，监测保种群2017～2022年期间基因组信息变化情况，本研究利用高密度SNP芯片对110头大蒲莲猪全基因组SNP进行扫描，对比分析了2017年和2022年大蒲莲猪保种核心群样本的遗传多样性、近交系数、系统发生树以及与引进猪的关系。结果表明：1) 2022年大蒲莲猪样本的观察杂合度（observe heterozygosity, HO）（0.356 vs 0.292）、期望杂合度（expected heterozygosity, HE）（0.342 vs 0.285）和遗传距离（0.270 vs 0.233）均高于2017年样本，血缘同源（identity by descent, IBD）比例（0.108 vs 0.127）和基于纯合性片段（runs of homozygosity, ROH）计算的基因组近交系数FROH（0.108 vs. 0.163）低于2017年样本，系统发生树结构与2017年样本相似但家系间的均衡性增加，说明2022年核心群的遗传多样性比2017年有所提高，群体结构有所改善。2) 2022年样本的HO和HE比值（1.041 vs. 1.025）高于2017年样本，与引进品种的主成分分析（PCA）中，2022年样本比2017年样本更偏向于引进品种猪，说明大蒲莲猪中混有一定的其他群体血缘，且2022年大蒲莲猪群体中其他品种的血缘比2017年有所增加。本研究分析了大蒲莲猪群体变化趋势，为大蒲莲猪进一步的保种与科学利用提供参考依据。

关键词： 大蒲莲猪 高密度SNP芯片 遗传多样性 群体结构