长穗偃麦草ThPLA基因的电子克隆和生物信息学分析

张宴萍; 黄德华; 李鹏; 崔正勇; 何方; 闫百蔷; 《种子 》 2024 北大核心 CSCD

摘要：本研究基于长穗偃麦草高通量测序信息，利用电子克隆方法获得长穗偃麦草磷脂酶基因(ThPLA),结合生物信息学分析方法，从氨基酸理化性质、保守结构域、高级结构、亲水性/疏水性、跨膜结构域、同源性分析及功能表达等方面对该基因gDNA和编码蛋白进行了预测和分析。结果表明，ThPLA基因全长1 620 bp,编码539个氨基酸；与粗山羊草、野生二粒小麦、水稻和玉米的PLA蛋白亲缘关系最近；亚细胞定位和GO term预测ThPLA蛋白质位于叶绿体；综合基因表达预测和转录组数据结果，该基因可能在植物根部对盐胁迫做出响应。

关键词： 长穗偃麦草 ThPLA基因 电子克隆 生物信息学