科研产出
鸭甲型肝炎病毒的遗传演化分析
《家禽科学 》 2020
摘要：本研究测定了实验室2018～2019年分离的11株鸭甲型肝炎病毒1型(DHAV-1)和37株鸭甲型肝炎病毒3型(DHAV-3)的VP1基因序列,并选取代表毒株与已知阳性血清进行中和试验,分别分析DHAV-1或DHAV-3的遗传和抗原稳定性。结果表明,DHAV-1进化为两个遗传分支,2018～2019年的分离毒株分布在1b分支上,而经典DHAV-1毒株处于不同的1a分支上。DHAV-3进化为两个不同的分支,2018～2019年分离毒株大部分集中在3a分支上,个别毒株分布在3b分支上。DHAV-1或DHAV-3毒株之间均无明显的地理分布差异。血清交叉中和试验结果表明,DHAV-1或DHAV-3同一血清型之间仍具有较好的交叉保护,表明同一血清型的DHAV尚未发生抗原变异。
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中国禽源新城疫病毒(NDV)流行株F和HN基因的遗传演化和变异频率
《微生物学通报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】新城疫(ND)是中国流行最严重的疫病之一,对家禽业可造成巨大的经济损失,疫苗防控是控制ND的重要措施。新城疫病毒(NDV)流行株的遗传演化一直是研究NDV的焦点。本文利用分子信息学手段,通过比较近20年间NDV流行株不同基因型F和HN基因的分子特征和遗传变异频率,解析免疫压力下NDV的演化规律。【方法】利用Lasergene 7.1和MEGA5.1软件,选取本实验室89株NDV分离株,结合从Gen Bank下载的364株NDV流行株以及15株NDV经典毒株的基因序列,对其进行系统发育、分子特征和替代频率分析。【结果】系统发育表明,NDV已经演化为15个基因型。一致性比较显示,NDV流行株相同基因型之间核苷酸(氨基酸)高度同源,而不同基因型之间差异较大且存在明显的氨基酸变异积累。NDV基因型的分布与时间、地域密切相关,VII d亚型为中国NDV优势流行株。为评估NDV变异的频率,以Go/GD/QY/1997株(中国较早发生的基因VII亚型)为参照,1997-2015年间NDV的F/HN基因的年平均核苷酸(氨基酸)替代率为2.31×10~(-3)(2.26×10~(-3))/3.37×10~(-3)(2.35×10~(-3))。其中,1997-2001年(未使用基因VII型疫苗)F/HN基因核苷酸年平均替代率为4.72×10~(-3)/8.28×10~(-3);2002-2015年(疫苗使用后)为1.6×10~(-3)/1.84×10~(-3),显示出基因VII型疫苗在控制NDV变异速度方面具有明显的效果。【结论】生物信息学分析证实:研制出与NDV流行毒株相匹配的新型疫苗是控制当前NDV变异的关键。
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2008—2012年山东省鸡传染性支气管炎病毒遗传演化分析和致病性研究
《畜牧兽医学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：本研究目的在于进一步明确山东省鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)的流行病学和遗传演化规律。自2008—2012年从山东省发病鸡群中分离鉴定了20株IBV,并对其S1、N和M基因进行序列测定分析。在此基础上,选择3个代表性IBV流行株进行了致病性评价。结果显示:根据S1基因绘制的遗传进化树显示,20个IBV分离株和参考株形成4个进化分支。18个IBV分离株属于以QXIBV为代表的基因Ⅰ型,CK/CH/SD09/005和SDIB781/2012两个分离株与参考株形成独立的进化分支———基因Ⅳ型,与其它3个基因型IBV相似性仅为65.1%~67.1%。N基因和M基因序列分析结果显示,基因Ⅳ型分离株CK/CH/SD09/005和SDIB781/2012 N和M基因相似性仅为86.7%和87.9%,而SDIB781/2012 N和M基因分别与QX基因型分离株SDIB764/2012和SDIB702/2012 100%相似,表明2个基因型IBV流行株之间发生了基因重组。致病性试验结果显示,QX基因型分离株SDZB0808、SDIB821/2012和基因Ⅳ型分离株CK/CH/SD09/005对18日龄SPF鸡的致死率为60%~70%,病死鸡主要表现肾肿大和大量白色尿酸盐沉积于心、肾等器官表面,临床症状和病理变化基本一致。研究结果显示,山东省近年来IBV流行株优势基因型为QX,同时出现新型IBV流行株,2个基因型IBV均属于肾型传支。2个基因型IBV流行株之间通过基因重组不断进化,提示必须对IBV进行持续性的流行病学监测。
关键词： 鸡传染性支气管炎病毒 遗传演化 基因型 致病性
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鸭新城疫病毒分离株抗原表位和遗传演化分析
《中国兽医学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：从规模化养殖场鸭群气管和泄殖腔试子分离到新城疫病毒(NDV)27株,用2株针对NDV HN单抗进行抗原表位分析,并选择4个分离株进行F基因高变区(374bp)和HN基因全长序列分析。抗原表位分析结果显示,27个鸭分离株均能与其中一株单抗C3-B7反应,而与另外一株单抗1E5反应为阴性。F基因(374bp)序列分析结果显示,4个鸭分离株均属于NDV ClassⅠ分支,分离株之间核苷酸同源性为99.2%～100%;分离株与NDV ClassⅡ毒株遗传距离为0.9%～9.9%,与NDV ClassⅠ毒株遗传距离为38.5%～41.7%。根据核苷酸序列推导的氨基酸序列表明,4个鸭NDV分离株F蛋白裂解位点氨基酸模式为:112-EROERL-117。HN基因序列分析结果显示,4个鸭NDV分离株HN基因全长1851bp,编码585个氨基酸;同源性比较发现4个鸭NDV分离株之间核苷酸同源性为99.7%～99.8%,与NDV ClassⅡ毒株核苷酸同源性为68.4%～70.5%,与NDV ClassⅠ毒株核苷酸同源性为95.8%～98.0%。本研究结果显示,鸭分离毒均属于NDV ClassⅠ弱毒,在抗原表位和基因序列上与广泛应用的NDV弱毒疫苗株(LaSota)不同,这些毒株的来源有待进一步深入研究。
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