基于转录组测序技术筛选影响蛋鸡产暗斑蛋候选基因的研究

杜元军; 韩海霞; 刘玮; 李大鹏; 雷秋霞; 周艳; 刘杰; 王杰; 李福伟; 陈甫; 《山东农业科学 》 2023 北大核心

摘要：本研究旨在利用转录组测序技术(RNA-seq)筛选鸡十二指肠中与暗斑蛋形成相关的功能基因和信号通路.选取连续产暗斑蛋率低和连续产暗斑蛋率高的济宁百日母鸡各 10 只分别作为对照组和暗斑组,采集十二指肠组织,测定钙代谢相关基因mRNA表达量,利用RNA-seq技术对差异表达基因(differentially ex-pressed genes,DEGs)进行GO(gene ontology)功能注释和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集.结果表明,转录组获得高质量数据 108.75 Gb且所有样本Q30>97%;共筛选得到 471 个DEGs,其中327 个上调,144 个下调,随机选取 7 个DEGs进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证,表达趋势与转录组测序结果基本一致;GO功能注释分析筛选到SLC8A3、SLC24A4、SLC9A2 等DEGs主要富集到线粒体钙离子稳态、钠离子跨膜转运和钙离子结合的过程;KEGG通路富集结果显示,GSTT1、GSTO2、GSTA3、CLDN2、CLDN10等DEGs主要富集到细胞色素P450 介导的外源物代谢通路、药物代谢-细胞色素P450、钙信号通路等;与对照组相比,暗斑组十二指肠钙结合蛋白(CALB1)的mRNA表达量显著下降(P<0.05).综上,蛋鸡十二指肠中GSTT1、GSTO2、GSTA3 基因的上调和SLC8A3、SLC24A4 等基因的下调是影响暗斑蛋形成的关键因素,钙信号通路在暗斑形成中发挥了重要作用.本研究为暗斑蛋的机理研究提供了基础材料.

关键词： 蛋鸡 蛋壳暗斑 十二指肠 差异表达基因 转录组测序