科研产出
2016年~2018年山东地区25株H9N2亚型禽流感病毒分子分析
《中国预防兽医学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：H9N2亚型禽流感(AI)持续在我国鸡群中广泛流行,为了明确山东及周边养殖场H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的分子进化情况,本研究对2016年~2018年间从山东及周边养殖场病鸡中分离鉴定得到的25株H9N2亚型AIV分别纯化后进行全基因组测序和遗传演化分析,并分析序列中重要氨基酸位点的变异情况.全基因组序列分析显示:25株H9N2 AIV 8个基因节段均属于欧亚谱系,但8个基因节段的分子进化关系呈现出基因多样性:HA、NA基因来自Y280-like,25株分离株HA基因之间的同源性为92.8%~99.9%,NA基因之间的同源性为91.0%~99.9%;PB2基因来自G9-like;PB1、PA、NP、NS基因来自F98-like;M基因来自G1-like.HA蛋白的受体结合位点149、198、234和235位点变异最多,25株分离株HA均出现Q234L突变(相当于H3第226位氨基酸);21株分离株在HA蛋白218~300位糖基化位点缺失,所有分离株均在313~315位出现潜在的糖基化位点;仅3株分离株的NA蛋白在402位出现糖基化位点,而NA蛋白在264位有11株分离株出现了潜在糖基化位点;5株分离株在PB2蛋白的627位点发生变异,1株在PB2蛋白的714位点发生变异.以上结果表明,近3年山东周边地区流行的H9N2 AIV是由不同进化方式而来,部分重要氨基酸位点出现了变异,具有潜在感染哺乳动物的可能性,因此需加强H9N2 AIV的分离鉴定,密切监测其遗传变异情况.
关键词： H9N2亚型禽流感病毒 分子进化 糖基化 突变 HA基因
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光敏色素B基因(PHYB)启动子突变及与大白菜开花时间的关联分析
《农业生物技术学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：光敏色素B(phytochrome B,PHYB)是植物光周期依赖开花途径的关键调控因子之一。本研究对极端晚花和早花大白菜(Brassica rapa L.ssp.pekinensis)自交系06-247与He102的PHYB全基因组序列进行了生物信息学分析。结果表明,二者全长分别是5 986和5 528 bp,均与数据库中Chiifu-401的同源序列有不同程度的差异,表明二者均是大白菜PHYB基因的突变体,并命名为BraphyB1(GenBank登录号:KJ866947)和BraphyB2(GenBank登录号:KJ866948)。二者之间有476个插入/缺失(Inserts/Deletions,InDels)和57个SNPs。启动子区有473个InDels和31个SNPs、编码区有3个InDels和26个SNPs。InDels主要体现为phyB2在启动子区、5'非翻译区和编码区分别缺失445、18和3 bp。phyB2启动子缺失的445bp中包含两个TATABOX4和两处成髓细胞血症(myeloblastosis,MYB)类转录因子结合基序,一处GA响应元件。开发了鉴定phyB1/phyB2中445 bp InDel突变的共显性标记phyB1-762/phyB2-317,用该标记检测了以06-247与He102为亲本杂交构建的F2群体,利用F2代群体植株对抽薹开花时间与标记进行了关联分析,结果表明,phyB1-762/phyB2-317分别与晚花/早花表型显著关联(P<0.05)。荧光定量RT-PCR显示,PHYB基因在He102各个发育阶段的表达水平均显著低于06-247(P<0.01)。上述结果表明,大白菜PHYB基因启动子InDel是造成PHYB基因表达差异和开花期改变的主要原因之一。本研究为系统研究PHYB基因在转录、翻译、蛋白结构等水平突变对大白菜开花时间影响的分子机制提供了线索。
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