科研产出
大白菜干烧心病原菌Pantoea ananatis的生物学特性及全基因组序列分析
《山东农业科学 》 2020
摘要：大白菜干烧心病主要包括两种类型:细菌性干烧心和缺素(钙元素等)性干烧心.2019年,我们首次报道了泛菌P antoea ananatis能导致大白菜细菌性干烧心病的发生.本研究即对P.ananatis Y2菌株的生物学特性进行分析,并对其进行全基因组测序.结果 表明,发病初期,大白菜内部球叶边缘呈水渍状腐烂,后期所有内部球叶边缘腐烂,而整个发病过程外部球叶无明显发病症状.在NB培养基上培养,P.ananatis呈圆形菌落,菌落直径0.2~0.3 mm,表面较为光滑,边缘整齐;培养初期为乳白色,后期变为深黄色;革兰氏染色阴性,单个菌体呈杆状,大小(0.92~2.87)μm×(0.64~1.25)μm.P.ananatis基因组大小为5.26 Mb,鉴定到4955个编码基因,109个散在重复序列,223个串联重复序列,111个非编码RNA,15个基因岛,6个前噬菌体和1个CRISPR,同时在GO、KEGG和COG数据库中对编码基因进行了通用功能注释.本研究有利于加快大白菜干烧心病的研究进程,对全面揭示大白菜干烧心病的分子机理及培育优质、高产、抗病大白菜品种具有重要意义.
关键词： 大白菜(Brassica rapa L.ssp.pekinensis) 泛菌Pantoea ananatis 细菌性干烧心 生物学特性 全基因组测序
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三株新城疫病毒强毒株的生物学特性及全基因组序列分析
《病毒学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：2009～2011年从北方发病鸡群和鸭群中分离出3株新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)。通过致病性指数测定及交叉血凝抑制试验初步分析了3个毒株的毒力和相互之间的同源性。选取鸡源分离株SDLY01与新城疫疫苗株(LaSota)进行了交叉保护试验,选取鸭源毒株SD03对樱桃谷鸭进行攻毒实验,同时设计引物对3个毒株进行了全基因组测序,并与36株NDV参考株进行了分子进化分析。结果表明3个分离株F蛋白裂解位点的氨基酸序列均为112R-R-Q-K-R-F117符合强毒株的序列特征,并与致病性指数测定结果相符。交叉血凝抑制试验发现3个分离株与疫苗株LaSota的抗原同源性较低为82.5%～89.4%,两个鸡源分离株间的抗原同源性为90%,而鸭源毒株SD03与鸡源毒株SDSG01同源性为100%。交叉保护试验和攻毒实验结果显示传统的LaSota疫苗能对SDLY01流行株提供100%免疫保护,但第5天仍检测到排毒;鸭源毒株SD03对樱桃谷鸭不致病,但能检出排毒,排毒期最长为5d。全基因组测序与分析表明3个毒株基因组长度均为15 192bp,属于基因Ⅶd型毒株,与同期流行的鹅源及鸭源NDV毒株之间全基因组核苷酸序列具有高度的同源性,揭示鸭源、鹅源NDV与鸡源NDV在遗传学和流行病学上密切相关。
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