科研产出
甘薯褪绿斑病毒山东分离物全基因组扩增及遗传进化分析
《植物病理学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为了解甘薯褪绿斑病毒（sweet potato chlorotic fleck virus, SPCFV）在山东省的发生及遗传进化情况，分别于2019年和2020年采集了131份甘薯样品，针对SPCFV进行病毒检测、全基因序列扩增、序列分析及遗传进化树构建。结果显示：SPCFV两年的检出率分别为7.1%和5.6%,所有SPCFV感染样品中皆为SPCFV与其他病毒的复合侵染。通过RACE和RT-PCR获得CFV-SD1和CFV-SD2两个全基因组序列，全长均为9 105 bp;与已报道分离物核苷酸序列一致性为72.9%～89.5%。全基因组遗传进化分析显示所有SPCFV分离物聚为两簇。且从不同样品中获得6个SPCFV山东分离物的外壳蛋白（coat protein, CP）序列，基于CP氨基酸序列开展遗传进化分析表明，山东分离物均归于亚洲类群的第一簇（Asian isolates 1）。氨基酸偏好性分析显示，CP氨基酸序列N端前35位同样存在多变区。本研究表明了山东省已成为SPCFV的常发区域，且病毒群体存在多样性，研究结果为指导SPCFV的有效防控提供了理论依据。
关键词： 甘薯褪绿斑病毒 山东省 全基因组序列 外壳蛋白 遗传进化分析
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基因10型Ⅰ类新城疫病毒的生物学与基因组学特征
《病毒学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：2013年在新城疫病毒(NDV)的流行病学调查中,从白鹭泄殖腔棉拭子分离到1株Ⅰ类新城疫病毒,命名为SD18/13。为了进一步了解该毒株的生物学特性与基因组学特性,进行了全基因测序、交叉血凝中和试验及动物实验。结果发现分离株SD18/13基因组全长为15 198bp,F蛋白裂解位点的氨基酸组成为112-ERQER/L-117,具有典型的低致病性新城疫病毒的分子特征。F基因的系统进化显示该毒株与法国分离株teal/France/100011/2010同源性最高,属于基因10型I类新城疫病毒。交叉HI试验结果显示该毒株与疫苗株Lasota的抗原同源性为61%,与基因3型Ⅰ类新城疫病毒的抗原同源性为77%~86%。致病性实验发现,该病毒可以在SPF鸡体内较好地复制,在肝脏、腺胃、肠道、脾脏等器官均检出病毒,攻毒后48h各器官的病毒含量达到高峰,以肠道的病毒载量最高,但致病性较弱,在14d观察期内攻毒鸡无明显的临床症状;病理组织学检查发现脾脏淋巴细胞轻微坏死,肾脏充血淤血,肠道粘膜上皮细胞脱落,固有层淋巴细胞浸润增生,气管粘膜固有层轻微出血。SD18/13是我国首次检出的基因10型Ⅰ类新城疫病毒,关于其来源和分布有待于进一步监测和研究。
关键词： 新城疫病毒(NDV) 全基因组序列 系统进化分析 Ⅰ类
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基于全基因组序列的黄瓜绿斑驳花叶病毒重组和系统发育分析
《植物病理学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：通过RT-PCR扩增了黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)济南分离物(CGMMV-JN)的基因组片段。序列测定结果表明CGMMV-JN基因组全长6 424核苷酸(nt),5'-和3'-UTR分别为60和176 nt,含有4个ORF,分别编码129 kDa和186 kDa复制酶相关蛋白、29 kDa移动蛋白及17.4 kDa外壳蛋白。CGMMV-JN与另外29个CGMMV分离物全基因组核苷酸序列一致率为90.0%~99.7%。重组分析发现韩国KOM(AF417243)、以色列EC(KF155231)、印度(DQ767631)和我国河北的CHB(KJ658958)4个分离物在RdRp编码区存在重组。系统发育分析结果表明,这些分离物可分成3个组。选择压力分析结果表明cp基因处于正选择,其它基因处于负选择。本文研究的结果为黄瓜绿斑驳花叶病毒的监测及防控提供了理论依据。
关键词： 黄瓜绿斑驳花叶病毒 重组 系统发育分析 全基因组序列
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