科研产出
苹果α-法尼烯合酶基因的启动子序列及同源基因
《基因组学与应用生物学 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：本文通过设计引物进行PCR扩增α-法尼烯合酶(AFS)基因的5'端区段并测序,获得510bp的‘国光’苹果AFS基因启动子和5'端非翻译区(5'UTR)序列,已在GenBank注册(登录号FJ263961)。序列分析结果表明,该序列具有典型的启动子特征,在转录起始点上游-46bp处有一个TATA盒,-93bp处有一个CAAT盒,-84bp处有一个W盒和-436bp处有一个热胁迫反应顺式作用元件GAAATTTTTT。与‘皇家嘎拉’苹果的AFS基因启动子序列(GenBank登录号AY786553.1)比对,本研究发现‘国光’苹果AFS基因启动子序列中有6个碱基(-186T,-207T,-283C,-301A,-413A和-433A)发生变异,‘皇家嘎拉’苹果AFS基因启动子序列相应位置的碱基分别为碱基缺失、-206C、-282G、-300G、-412G和-432G。重要的是,其中‘国光’苹果-413A碱基变异为G发生在一个热胁迫反应顺式作用元件GAAATTTTTT中,苹果虎皮病发生和AFS基因的转录表达是否受到这一碱基变异的影响值得进一步探讨。本研究结果还表明,在苹果AFS基因启动子和5'UTR序列中存在一个正向重复序列1(R9+IR18+R9),重复单元R9长度9bp,转录起始点位于其长度18bp的IR18区段。有趣的是,本研究新发现了一个与AFS基因启动子和5'UTR序列高度同源的450bp基因片段(GenBank注册登录号FJ469631),该同源片段缺失AFS基因中的27bp序列(R9+IR18,包含转录起始点)。据我们所知,这是果树中存在AFS基因启动子同源序列的首次报道。
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苹果α-法尼烯合酶基因组结构和序列的多态性分析
《园艺学报 》 2007 北大核心 CSCD
摘要：通过设计引物进行PCR扩增、测序、拼接序列,以及与GenBank中的cDNA序列(登录号AY182241)进行比对,获得α-法尼烯合酶基因(AFS)的基因组序列和内含子/外显子结构。获得的AFS基因序列已在GenBank注册(登录号DQ901739),它有6个内含子和7个外显子,编码一个大小为576个氨基酸的蛋白质。间隔外显子的6个内含子相位分别是0、1、2、2、0、0,其大小分别是108、113、>1000、125、220和88bp,7个外显子的推导氨基酸序列大小分别是57、89、127、73、48、83和99。编码的蛋白质中有3个序列模式(motif),RR(X8)W模式的编码基因序列在基因5′端的外显子1上,RxR模式和DDxxD模式的编码基因序列在外显子4上。将获得的AFS基因序列与GenBank中的cDNA序列(登录号AY523409)进行比对,结果发现两序列间有6个单核苷酸多态性,其中4个引起氨基酸突变。有意义的是,1个氨基酸突变(291R→G)发生在RxR模式上,此氨基酸突变以及其它突变是否与苹果α-法尼烯合成能力和虎皮病发生能力有关,值得进一步探讨。
关键词： 苹果 α-法尼烯合酶 基因组DNA 多态性 虎皮病
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