科研产出
大豆根腐病腐霉病原鉴定
《中国油料作物学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：大豆根腐病是一种严重危害大豆生产的世界性土传病害.大豆根腐病病原复杂,病原鉴定是防治大豆根腐病的前提和基础.2019-2020年从山东省采集大豆根腐病标样432份,采用常规组织分离法对大豆水渍状的根系进行病原菌的分离和纯化,得到了279株菌株,其中52株菌株为腐霉菌(Pythium).对这52株菌株通过形态学特征和ITS、CoxII和β-tubulin序列分析等分子生物学手段鉴定出3种腐霉菌,分别为瓜果腐霉Pythium aphanider?matum、终极腐霉Pythium ultimum和林栖腐霉Pythium sylvaticum.这3种腐霉菌的分离频率分别为:瓜果腐霉P.aphanidermatum占50%,终极腐霉P.ultimum占34.62%,林栖腐霉P.sylvaticum占15.38%,其中瓜果腐霉P.aphanidermatum为优势菌株.对这3种腐霉菌进行了致病性测定,发现3种腐霉菌均可侵染大豆,重复出大豆根腐病的症状.林栖腐霉P.sylvaticum作为大豆成株期根腐病的致病菌在国内是首次报道.研究结果为大豆根腐病的抗病育种及其防治提供了科学依据.
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利用GBS-cpDNA揭示花生属花生区组内种间亲缘关系
《花生学报 》 2018 北大核心
摘要：揭示栽培种花生(Arachis hypogaea L.)与同属花生区组野生种之间的亲缘关系可为野生资源引入和遗传资源保存提供重要参考。本研究基于已公布的栽培种花生叶绿体全基因组序列,以11份花生区组的野生种资源和44份不同类型的栽培种花生为研究材料,利用GBS(Genotyping-by Sequencing)测序结果中能够比对到叶绿体全基因组的序列信息,获得了叶绿体基因组上111个SNP位点和10个InDel位点。根据系统演化树以及主成分判别分析结果显示:与栽培种花生关系最近的野生种是A.monticola,较近的是A.duranensis、A.batizocoi、A.paraguariensist和A.hoehnei,较远的野生种包括A.helodes、A.cardenasii、A.villosa、A.stenosperma。花生区组种间亲缘关系的阐明,对花生远缘杂交育种具有重要意义。
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花生AhCDPK32基因克隆及表达载体的构建
《分子植物育种 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：利用RT-PCR方法,从花生品种"汕油21"成熟种子中克隆了钙依赖蛋白激酶(camcium-dependent protein kinase,CDPK)基因Ah CDPK32,该序列包含1 617 bp开放阅读框,共编码538个氨基酸。核苷酸序列在NCBI中进行Blast比较,结果显示与大豆Gm CDPK32(Gen Bank登录号为XM_003554131)基因同源性为87%。生物信息学分析结果,预测蛋白质分子量为60.807 k D,蛋白质等电点(PI)为6.96,蛋白质信号肽分析和疏水性分析,表明信号肽剪切可能性小,蛋白质具亲水性。我们构建了该基因超表达载体p CambiaAh CDPK32,为进一步研究该基因的功能提供了理论基础。这是第一次在花生中克隆到CDPK基因的报道。
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大豆盐胁迫相关GmNAC基因的鉴定、表达及变异分析
《作物学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：NAC基因在植物的逆境胁迫中发挥着重要作用。本研究参照水稻和拟南芥的逆境相关NAC基因,采用生物信息学方法鉴定了大豆逆境相关GmNAC基因,利用荧光定量PCR技术分析了GmNAC基因在耐盐差异的大豆品种根部、叶片的表达及其对Na Cl胁迫的应答,采用反转录PCR技术克隆了表达差异显著的GmNAC基因。结果表明,大豆GmNAC基因家族包含175个基因,其中11个基因所编码的GmNAC蛋白与水稻和拟南芥的逆境相关NAC蛋白位于同一进化分支,这些蛋白具有高度保守的NAC结构域;这11个GmNAC基因在大豆根部的表达均高于在叶片,而且在叶片和根部均受Na Cl诱导,部分基因在根部和叶片以及品种间表现出不同的表达规律;在大豆品种齐黄34、徐豆10和汾豆95中,Glyma06g11970.1存在3个同义突变和1个非同义突变,Glyma06g16440.2存在1个同义突变。
关键词： 大豆 GmNAC 进化树 NaCl处理 表达分析 序列变异
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山东地区2株基因Ⅶ型新城疫病毒的全基因组测序及其序列分析
《中国兽医学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：测定了基因Ⅶ型新城疫(Newcastle disease,ND)强毒分离株Chicken/China/SD04/2011和Chicken/China/SDWF07/2011的全基因序列,将其与GenBank中已发表的29株基因Ⅶ型新城疫毒株的全基因序列进行比对,同源性在91%～97%之间。2株基因Ⅶ型分离株与中国标准强毒F48E8、国外标准强毒Herts/33及疫苗株chicken/N.Ireland/Ulster/67、B1、Clone30、LaSota、Mukteswar核苷酸序列同源性在83%～87%之间;其F蛋白前体F0裂解位点附近的氨基酸序列均为112 RRQKRF117,符合NDV强毒株的特征;与单抗1E5反应阴性,结合对各蛋白的抗原位点的分析初步推测2株病毒的抗原性可能发生了变化。
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中国樱桃泰山干樱S-RNase基因的克隆及序列分析
《果树学报 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：以中国樱桃品种泰山干樱为试材,利用李属植物C2、C5保守区引物,扩增花柱S-RNase基因,获得4个S等位基因,测序结果表明序列大小分别为:1608、950、796、504bp。根据同源比较发现大小为796bp的等位基因与基因库中登录的S1-RNase为同一基因,其它3个S-RNase基因为首次报道,依序列大小分别命名为S2(1608bp,登陆号EF541168)、S4(950bp,登陆号EF541173)和S6(504bp,登陆号EF541172)。序列分析表明S2-RNase在C3区存在终止密码子,导致翻译提早终止;S4-RNase的C5区前有插入片断;S6-RNase在高变区比其它S等位基因少一个氨基酸残基。氨基酸序列同源性比较分析表明,中国樱桃S-RNase与樱花、扁桃的相似性高。在系统进化树中中国樱桃的4个S-RNase基因的氨基酸序列和樱花、扁桃、甜樱桃、酸樱桃等一起归于李亚科。
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